217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3650 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3650  glycine oxidase ThiO  100 
 
 		 324 aa  658    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0914  glycine oxidase ThiO  66.15 
 
 		 325 aa  416  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.173839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0208  glycine oxidase ThiO  60.78 
 
 		 334 aa  371  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.642429  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0041  FAD dependent oxidoreductase  59.51 
 
 		 325 aa  371  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.161257  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0217  D-amino acid oxidase family protein  60.78 
 
 		 334 aa  371  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0284  glycine oxidase ThiO  60.32 
 
 		 334 aa  369  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2562  glycine oxidase ThiO  54.46 
 
 		 331 aa  326  3e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.185136  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1414  glycine oxidase ThiO  53.66 
 
 		 339 aa  315  6e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2166  glycine oxidase ThiO  52.57 
 
 		 337 aa  313  2.9999999999999996e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.232699  normal  0.765835 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4173  glycine oxidase ThiO  55.56 
 
 		 334 aa  309  4e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.269428 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5918  glycine oxidase ThiO  51.76 
 
 		 330 aa  306  2.0000000000000002e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.669561  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0009  glycine oxidase ThiO  51.08 
 
 		 338 aa  306  3e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.363265 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6396  glycine oxidase ThiO  52.4 
 
 		 316 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2166  glycine oxidase ThiO  53.11 
 
 		 346 aa  298  9e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.402403 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1958  glycine oxidase ThiO  52.83 
 
 		 338 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0655991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3428  glycine oxidase ThiO  52.24 
 
 		 369 aa  294  1e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4092  FAD dependent oxidoreductase  51.28 
 
 		 368 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0346042  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0445  thiamine biosynthesis oxidoreductase  48.55 
 
 		 316 aa  291  1e-77  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2891  glycine oxidase ThiO  51.8 
 
 		 338 aa  283  4.0000000000000003e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.894969  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2464  FAD dependent oxidoreductase  50.49 
 
 		 338 aa  274  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.750874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6222  thiamine biosynthesis oxidoreductase thiO  48.56 
 
 		 338 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.787474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0452  FAD-dependent oxidoreductase  36.6 
 
 		 354 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0570  FAD dependent oxidoreductase  35.21 
 
 		 353 aa  207  2e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1748  glycine oxidase  35.36 
 
 		 340 aa  203  3e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0438  glycine oxidase ThiO  35.36 
 
 		 340 aa  203  3e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017801  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0147  FAD dependent oxidoreductase  37.27 
 
 		 350 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1936  FAD dependent oxidoreductase  38.62 
 
 		 374 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.969419  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2464  FAD dependent oxidoreductase  39.45 
 
 		 358 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.112989  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1932  FAD dependent oxidoreductase  33.25 
 
 		 410 aa  196  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1786  FAD dependent oxidoreductase  38.37 
 
 		 374 aa  195  7e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0563944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4314  FAD dependent oxidoreductase  37.9 
 
 		 378 aa  195  9e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.274376  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1460  hypothetical protein  34.31 
 
 		 356 aa  194  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1523  hypothetical protein  34.9 
 
 		 356 aa  192  6e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3068  FAD dependent oxidoreductase  37.99 
 
 		 372 aa  191  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0186757  normal  0.325054 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3293  FAD dependent oxidoreductase  38.96 
 
 		 398 aa  189  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204133 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2697  FAD dependent oxidoreductase  39.13 
 
 		 378 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0410  FAD dependent oxidoreductase  39.13 
 
 		 378 aa  189  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.533271  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0947  FAD dependent oxidoreductase  36.8 
 
 		 374 aa  189  8e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0251  oxidoreductase, FAD-dependent  32.2 
 
 		 393 aa  186  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1456  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.03 
 
 		 394 aa  186  4e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.712312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2774  FAD dependent oxidoreductase  37.23 
 
 		 386 aa  185  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.300759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2398  FAD dependent oxidoreductase  38.82 
 
 		 363 aa  185  8e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0895  FAD dependent oxidoreductase  35.71 
 
 		 365 aa  185  9e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00321446  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0337  FAD dependent oxidoreductase  39.75 
 
 		 378 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.324335 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0163  FAD dependent oxidoreductase  38.22 
 
 		 410 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.550604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0206  FAD dependent oxidoreductase  38.4 
 
 		 402 aa  183  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.573991  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0328  FAD dependent oxidoreductase  39.44 
 
 		 378 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3575  FAD dependent oxidoreductase  38.15 
 
 		 376 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.747856  hitchhiker  0.00000218413 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3508  FAD dependent oxidoreductase  39.38 
 
 		 378 aa  182  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.544782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0020  glycine oxidase ThiO  36.63 
 
 		 355 aa  182  7e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.504997 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0389  FAD dependent oxidoreductase  38.96 
 
 		 378 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0383  putative D-amino acid oxidase flavoprotein  39.08 
 
 		 376 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0313  FAD dependent oxidoreductase  38.2 
 
 		 378 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.235316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0038  FAD dependent oxidoreductase  36.34 
 
 		 353 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1609  thiamine biosynthesis oxidoreductase ThiO, putative  36.45 
 
 		 360 aa  176  4e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.575711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3008  oxidoreductase, FAD-binding  36.92 
 
 		 377 aa  176  5e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2730  oxidoreductase, FAD-binding  37.96 
 
 		 377 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0112  putative D-amino acid oxidase flavoprotein oxidoreductase  38.91 
 
 		 379 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.333695  normal  0.56231 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3710  oxidoreductase, FAD-binding  37.96 
 
 		 377 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3224  glycine oxidase ThiO  37.96 
 
 		 377 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1773  glycine oxidase ThiO  37.96 
 
 		 377 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3681  glycine oxidase ThiO  37.96 
 
 		 377 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2780  glycine oxidase ThiO  37.96 
 
 		 377 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3643  FAD dependent oxidoreductase  37.46 
 
 		 381 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2431  FAD dependent oxidoreductase  36.23 
 
 		 367 aa  170  3e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.779457 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3739  glycine oxidase ThiO  37.96 
 
 		 377 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3319  FAD dependent oxidoreductase  37.46 
 
 		 381 aa  170  4e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3748  glycine oxidase ThiO  34.39 
 
 		 342 aa  129  7.000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34650  glycine oxidase  32.66 
 
 		 375 aa  124  2e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.048332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3033  glycine oxidase ThiO  33.8 
 
 		 382 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000572882  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0708  glycine oxidase ThiO  34.76 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.740866  normal  0.0447216 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3405  glycine oxidase ThiO  32.86 
 
 		 371 aa  107  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.289575  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1340  glycine oxidase ThiO  32.19 
 
 		 375 aa  107  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.55181  hitchhiker  0.0035061 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1152  glycine oxidase ThiO  33.9 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10420  thiamine biosynthesis oxidoreductase thiO  32.09 
 
 		 340 aa  105  2e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.219353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2099  glycine oxidase ThiO  29.81 
 
 		 374 aa  99.8  6e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.119028  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3888  glycine oxidase ThiO  32.08 
 
 		 385 aa  99.8  6e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2783  glycine oxidase ThiO  34.06 
 
 		 372 aa  98.6  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.256999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0197  glycine oxidase ThiO  34.85 
 
 		 342 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4885  glycine oxidase ThiO  31.37 
 
 		 384 aa  95.1  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0989  glycine oxidase ThiO  31.15 
 
 		 404 aa  94  3e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.136129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0912  glycine oxidase ThiO  29.57 
 
 		 349 aa  93.6  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.970325  normal  0.149805 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0545  glycine oxidase ThiO  32.01 
 
 		 338 aa  93.6  4e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0557  glycine oxidase ThiO  32.01 
 
 		 338 aa  93.6  4e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.959703  normal  0.488282 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0535  glycine oxidase ThiO  32.01 
 
 		 338 aa  93.6  4e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5997  glycine oxidase ThiO  29.94 
 
 		 388 aa  91.7  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.217156 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2406  FAD dependent oxidoreductase  30.42 
 
 		 379 aa  92  1e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.000101651  normal  0.0131925 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4390  glycine oxidase ThiO  32.94 
 
 		 361 aa  90.5  4e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1044  thiamine biosynthesis oxidoreductase ThiO  31.74 
 
 		 391 aa  89  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0773  glycine oxidase ThiO  31.44 
 
 		 392 aa  88.6  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1286  glycine oxidase ThiO  29.38 
 
 		 356 aa  85.5  0.000000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0577  glycine oxidase ThiO  28.09 
 
 		 405 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2502  glycine oxidase ThiO  28.4 
 
 		 454 aa  83.6  0.000000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000131028 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0408  glycine oxidase ThiO  31 
 
 		 335 aa  82  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0882665  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4279  glycine oxidase ThiO  31.88 
 
 		 398 aa  81.6  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.196313  hitchhiker  0.00513964 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0616  glycine oxidase ThiO  28.97 
 
 		 411 aa  79.7  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.121955 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0605  glycine oxidase ThiO  29.48 
 
 		 440 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.14254  normal  0.0463062 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0964  glycine oxidase ThiO  27.33 
 
 		 373 aa  78.6  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3116  glycine oxidase ThiO  29.48 
 
 		 393 aa  78.6  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.248059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0139  glycine oxidase ThiO  28.89 
 
 		 376 aa  78.2  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>