More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1981 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1981  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 
463 aa  915    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1756  D-amino-acid dehydrogenase  47.71 
 
 
419 aa  412  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.141509 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2697  D-amino-acid dehydrogenase  45.75 
 
 
419 aa  404  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.402587  normal  0.380863 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2597  D-amino-acid dehydrogenase  44.2 
 
 
417 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1987  D-amino-acid dehydrogenase  43.64 
 
 
408 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.312854  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0309  D-amino-acid dehydrogenase  44.13 
 
 
430 aa  345  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0385  D-amino-acid dehydrogenase  42.98 
 
 
433 aa  342  9e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2701  D-amino-acid dehydrogenase  42.54 
 
 
433 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0406  D-amino-acid dehydrogenase  42.54 
 
 
433 aa  341  1e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3504  D-amino-acid dehydrogenase  42.45 
 
 
438 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3589  D-amino-acid dehydrogenase  41.7 
 
 
424 aa  333  3e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0959455  hitchhiker  0.00000935542 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0369  D-amino-acid dehydrogenase  41.89 
 
 
421 aa  332  9e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621585  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2852  D-amino-acid dehydrogenase  45.96 
 
 
455 aa  329  7e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.196482 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2587  D-amino-acid dehydrogenase  41.36 
 
 
415 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.701907  normal  0.227233 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1877  FAD dependent oxidoreductase  41.63 
 
 
429 aa  305  8.000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000325686  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1221  D-amino-acid dehydrogenase  40.7 
 
 
415 aa  301  1e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1822  D-amino-acid dehydrogenase  41.36 
 
 
415 aa  290  3e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.51 
 
 
416 aa  290  4e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.66 
 
 
421 aa  286  5.999999999999999e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.11 
 
 
416 aa  286  7e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.91 
 
 
436 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  39.17 
 
 
436 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.56 
 
 
429 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.54 
 
 
416 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.06 
 
 
429 aa  281  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.62 
 
 
429 aa  280  4e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.89 
 
 
416 aa  278  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  34.92 
 
 
439 aa  277  3e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.92 
 
 
416 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.92 
 
 
425 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.77 
 
 
428 aa  273  6e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.74 
 
 
441 aa  272  8.000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.86 
 
 
428 aa  272  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.35 
 
 
416 aa  271  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.35 
 
 
416 aa  271  2e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.37 
 
 
421 aa  271  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.5 
 
 
428 aa  271  2e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.57 
 
 
434 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  34.38 
 
 
434 aa  270  4e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.77 
 
 
428 aa  270  5e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.77 
 
 
428 aa  270  5e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.77 
 
 
428 aa  270  5e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.64 
 
 
428 aa  270  5e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.2 
 
 
416 aa  270  5e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.77 
 
 
428 aa  270  5e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.77 
 
 
428 aa  270  5e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.62 
 
 
428 aa  269  8e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.62 
 
 
428 aa  269  8e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.91 
 
 
428 aa  269  8e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.55 
 
 
432 aa  269  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.55 
 
 
432 aa  269  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.55 
 
 
432 aa  269  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.55 
 
 
432 aa  269  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.55 
 
 
432 aa  269  8.999999999999999e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.38 
 
 
428 aa  269  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.38 
 
 
428 aa  269  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.27 
 
 
433 aa  268  1e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.35 
 
 
434 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.35 
 
 
434 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.35 
 
 
434 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.76 
 
 
434 aa  265  1e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.76 
 
 
434 aa  265  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.21 
 
 
418 aa  265  1e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.97 
 
 
434 aa  265  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.76 
 
 
434 aa  265  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.97 
 
 
434 aa  265  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.97 
 
 
432 aa  265  2e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  32.97 
 
 
432 aa  265  2e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.41 
 
 
434 aa  265  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.97 
 
 
432 aa  265  2e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.97 
 
 
432 aa  265  2e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.97 
 
 
432 aa  265  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  32.97 
 
 
432 aa  265  2e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.76 
 
 
432 aa  263  4e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  34.42 
 
 
421 aa  262  8e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.44 
 
 
432 aa  262  8e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.33 
 
 
433 aa  262  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  31 
 
 
418 aa  261  1e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  36.09 
 
 
419 aa  261  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.62 
 
 
432 aa  261  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.7 
 
 
433 aa  261  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  34.13 
 
 
433 aa  260  4e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.97 
 
 
416 aa  259  8e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.23 
 
 
428 aa  258  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.48 
 
 
419 aa  257  2e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.19 
 
 
434 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.26 
 
 
428 aa  258  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.84 
 
 
433 aa  257  3e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.92 
 
 
417 aa  257  3e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.19 
 
 
432 aa  257  4e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.26 
 
 
429 aa  256  5e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.75 
 
 
434 aa  256  8e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.16 
 
 
428 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  37.34 
 
 
416 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.14 
 
 
417 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.76 
 
 
432 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.1 
 
 
432 aa  254  3e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.76 
 
 
432 aa  254  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  32.03 
 
 
419 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.93 
 
 
428 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>