More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1987 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1987  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 		 408 aa  823    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.312854  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2697  D-amino-acid dehydrogenase  62.05 
 
 		 419 aa  532  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.402587  normal  0.380863 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1756  D-amino-acid dehydrogenase  59.43 
 
 		 419 aa  501  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.141509 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2597  D-amino-acid dehydrogenase  57.35 
 
 		 417 aa  474  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2587  D-amino-acid dehydrogenase  46.63 
 
 		 415 aa  342  5.999999999999999e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.701907  normal  0.227233 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1981  D-amino-acid dehydrogenase  43.64 
 
 		 463 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1221  D-amino-acid dehydrogenase  46.15 
 
 		 415 aa  337  2.9999999999999997e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1822  D-amino-acid dehydrogenase  47.61 
 
 		 415 aa  325  1e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3589  D-amino-acid dehydrogenase  41.43 
 
 		 424 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0959455  hitchhiker  0.00000935542 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0369  D-amino-acid dehydrogenase  41.67 
 
 		 421 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2701  D-amino-acid dehydrogenase  40.46 
 
 		 433 aa  292  9e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0406  D-amino-acid dehydrogenase  40.46 
 
 		 433 aa  292  9e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0309  D-amino-acid dehydrogenase  41.2 
 
 		 430 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0385  D-amino-acid dehydrogenase  40.46 
 
 		 433 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1877  FAD dependent oxidoreductase  40.8 
 
 		 429 aa  282  7.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000325686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3504  D-amino-acid dehydrogenase  39.09 
 
 		 438 aa  278  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4949  D-amino-acid dehydrogenase  40.09 
 
 		 423 aa  267  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.468789 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.34 
 
 		 428 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.34 
 
 		 428 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.34 
 
 		 428 aa  261  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.34 
 
 		 428 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.34 
 
 		 428 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.34 
 
 		 428 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.34 
 
 		 428 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.34 
 
 		 428 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  35 
 
 		 418 aa  260  2e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.1 
 
 		 428 aa  257  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.1 
 
 		 428 aa  257  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.54 
 
 		 425 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  33.17 
 
 		 417 aa  253  6e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.62 
 
 		 428 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.62 
 
 		 428 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.62 
 
 		 428 aa  250  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.62 
 
 		 421 aa  248  9e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  35.56 
 
 		 439 aa  248  2e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.07 
 
 		 421 aa  247  2e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.62 
 
 		 416 aa  247  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.89 
 
 		 416 aa  246  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  33.57 
 
 		 419 aa  246  8e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1813  FAD dependent oxidoreductase  36.21 
 
 		 417 aa  245  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.58 
 
 		 416 aa  244  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2852  D-amino-acid dehydrogenase  36.48 
 
 		 455 aa  242  7.999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.196482 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.1 
 
 		 432 aa  242  1e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.49 
 
 		 434 aa  242  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.51 
 
 		 418 aa  241  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.07 
 
 		 428 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.07 
 
 		 428 aa  240  4e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.65 
 
 		 416 aa  239  5e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.98 
 
 		 436 aa  239  8e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  32.7 
 
 		 434 aa  239  9e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.65 
 
 		 416 aa  238  1e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  37.98 
 
 		 436 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.17 
 
 		 434 aa  238  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.08 
 
 		 417 aa  238  2e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.17 
 
 		 434 aa  238  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.17 
 
 		 434 aa  238  2e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  34.75 
 
 		 418 aa  238  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.65 
 
 		 416 aa  238  2e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.45 
 
 		 416 aa  238  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.78 
 
 		 429 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.78 
 
 		 429 aa  236  7e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.3 
 
 		 434 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0763537 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.46 
 
 		 432 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  32.46 
 
 		 432 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.46 
 
 		 434 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.46 
 
 		 432 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.46 
 
 		 432 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.46 
 
 		 432 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.41 
 
 		 428 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.46 
 
 		 434 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  32.46 
 
 		 432 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.41 
 
 		 429 aa  234  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.835424 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.46 
 
 		 432 aa  234  3e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.73 
 
 		 428 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.06 
 
 		 434 aa  233  6e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  35.08 
 
 		 416 aa  233  6e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.22 
 
 		 429 aa  232  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.06 
 
 		 434 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  32.54 
 
 		 433 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.81 
 
 		 433 aa  231  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.86 
 
 		 432 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.86 
 
 		 432 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.22 
 
 		 434 aa  230  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.81 
 
 		 433 aa  230  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.74 
 
 		 433 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.62 
 
 		 432 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.62 
 
 		 432 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.62 
 
 		 432 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.5 
 
 		 428 aa  229  5e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.82 
 
 		 434 aa  229  9e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  35.24 
 
 		 421 aa  229  9e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.69 
 
 		 416 aa  228  1e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.78 
 
 		 433 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.57 
 
 		 419 aa  228  2e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.98 
 
 		 434 aa  228  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.97 
 
 		 432 aa  228  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  35.65 
 
 		 419 aa  227  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.74 
 
 		 417 aa  224  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.81 
 
 		 441 aa  224  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.98 
 
 		 417 aa  224  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>