More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2852 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2852  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 
455 aa  898    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.196482 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1981  D-amino-acid dehydrogenase  46.29 
 
 
463 aa  323  4e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0772437 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2597  D-amino-acid dehydrogenase  40.72 
 
 
417 aa  278  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1756  D-amino-acid dehydrogenase  37.99 
 
 
419 aa  271  2e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.141509 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2697  D-amino-acid dehydrogenase  37.77 
 
 
419 aa  266  5.999999999999999e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.402587  normal  0.380863 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0309  D-amino-acid dehydrogenase  36.17 
 
 
430 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0385  D-amino-acid dehydrogenase  35.75 
 
 
433 aa  242  9e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1987  D-amino-acid dehydrogenase  36.7 
 
 
408 aa  241  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.312854  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3504  D-amino-acid dehydrogenase  35.45 
 
 
438 aa  239  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2701  D-amino-acid dehydrogenase  34.71 
 
 
433 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0406  D-amino-acid dehydrogenase  34.71 
 
 
433 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1877  FAD dependent oxidoreductase  37.81 
 
 
429 aa  238  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000325686  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0369  D-amino-acid dehydrogenase  34.87 
 
 
421 aa  236  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621585  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2587  D-amino-acid dehydrogenase  37.55 
 
 
415 aa  231  2e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.701907  normal  0.227233 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.84 
 
 
419 aa  227  4e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1221  D-amino-acid dehydrogenase  37.12 
 
 
415 aa  225  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3589  D-amino-acid dehydrogenase  33.55 
 
 
424 aa  224  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0959455  hitchhiker  0.00000935542 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.04 
 
 
416 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.53 
 
 
421 aa  210  4e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.04 
 
 
416 aa  208  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.41 
 
 
416 aa  208  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.11 
 
 
416 aa  208  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1822  D-amino-acid dehydrogenase  38.51 
 
 
415 aa  208  2e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  33.05 
 
 
421 aa  206  6e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.43 
 
 
436 aa  204  3e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.77 
 
 
429 aa  202  7e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31 
 
 
429 aa  202  7e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.97 
 
 
421 aa  202  9.999999999999999e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  35.22 
 
 
436 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  30.35 
 
 
419 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.07 
 
 
417 aa  201  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.92 
 
 
416 aa  200  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.92 
 
 
416 aa  200  3.9999999999999996e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.55 
 
 
417 aa  200  5e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.63 
 
 
417 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.07 
 
 
416 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.39 
 
 
425 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  32.73 
 
 
433 aa  196  5.000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.1 
 
 
434 aa  196  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.63 
 
 
418 aa  196  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.47 
 
 
434 aa  195  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  31.78 
 
 
415 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.47 
 
 
434 aa  195  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  29.91 
 
 
417 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1813  FAD dependent oxidoreductase  33.04 
 
 
417 aa  195  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  34.41 
 
 
421 aa  195  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.47 
 
 
434 aa  195  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.09 
 
 
429 aa  194  4e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0740  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.24 
 
 
434 aa  193  5e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.968608  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.15 
 
 
432 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.15 
 
 
432 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.15 
 
 
432 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.15 
 
 
432 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.15 
 
 
432 aa  191  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.02 
 
 
432 aa  189  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  30.02 
 
 
432 aa  189  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  30.02 
 
 
432 aa  189  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.02 
 
 
432 aa  189  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.02 
 
 
432 aa  189  1e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.02 
 
 
432 aa  189  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.02 
 
 
434 aa  189  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.02 
 
 
434 aa  189  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.02 
 
 
432 aa  188  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  28.1 
 
 
418 aa  188  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  33.12 
 
 
432 aa  186  6e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0948  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  33.55 
 
 
415 aa  186  9e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.61 
 
 
416 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  31.51 
 
 
418 aa  185  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  32.1 
 
 
419 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.03 
 
 
428 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  30.32 
 
 
439 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1933  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  33.55 
 
 
415 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1670  hypothetical protein  33.55 
 
 
415 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  32.59 
 
 
421 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2211  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  33.55 
 
 
415 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.31 
 
 
434 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0305  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  33.55 
 
 
415 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1236  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  33.55 
 
 
415 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.8 
 
 
428 aa  184  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.8 
 
 
428 aa  184  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0223  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  33.55 
 
 
445 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.58 
 
 
428 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.58 
 
 
428 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.58 
 
 
428 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.58 
 
 
428 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.58 
 
 
428 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.58 
 
 
428 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.58 
 
 
428 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0215  putative D-amino acid dehydrogenase 2, small subunit  33.33 
 
 
415 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1408  D-amino-acid dehydrogenase  34.76 
 
 
422 aa  182  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  30.77 
 
 
434 aa  182  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.32 
 
 
416 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.87 
 
 
428 aa  180  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.8 
 
 
428 aa  180  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  32.39 
 
 
416 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.17 
 
 
433 aa  179  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.09 
 
 
428 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.09 
 
 
428 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.6 
 
 
418 aa  178  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.59 
 
 
434 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>