More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1877 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1877  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
429 aa  868    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000325686  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0369  D-amino-acid dehydrogenase  57.48 
 
 
421 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621585  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3589  D-amino-acid dehydrogenase  57.01 
 
 
424 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0959455  hitchhiker  0.00000935542 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2701  D-amino-acid dehydrogenase  55.61 
 
 
433 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0406  D-amino-acid dehydrogenase  55.61 
 
 
433 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0385  D-amino-acid dehydrogenase  55.61 
 
 
433 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0309  D-amino-acid dehydrogenase  55.76 
 
 
430 aa  456  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3504  D-amino-acid dehydrogenase  54.07 
 
 
438 aa  451  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2597  D-amino-acid dehydrogenase  48.58 
 
 
417 aa  394  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  47.33 
 
 
425 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0808  D-amino acid dehydrogenase small subunit  48.83 
 
 
416 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2697  D-amino-acid dehydrogenase  48.24 
 
 
419 aa  376  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.402587  normal  0.380863 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1813  FAD dependent oxidoreductase  48.11 
 
 
417 aa  375  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  46.95 
 
 
418 aa  375  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1756  D-amino-acid dehydrogenase  46.14 
 
 
419 aa  374  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.141509 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.33 
 
 
416 aa  372  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  46.85 
 
 
433 aa  373  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.22 
 
 
432 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.69 
 
 
433 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.39 
 
 
416 aa  364  1e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.39 
 
 
416 aa  364  2e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  44.84 
 
 
434 aa  364  2e-99  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.72 
 
 
432 aa  364  2e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  45.67 
 
 
439 aa  363  3e-99  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.72 
 
 
432 aa  363  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  48.01 
 
 
441 aa  363  4e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.6 
 
 
434 aa  362  1e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  47.1 
 
 
432 aa  359  4e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  45.31 
 
 
419 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  46.14 
 
 
421 aa  357  2.9999999999999997e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.54 
 
 
432 aa  356  3.9999999999999996e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.03 
 
 
432 aa  355  8.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.79 
 
 
416 aa  355  8.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.03 
 
 
432 aa  355  8.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.09 
 
 
416 aa  355  8.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.96 
 
 
428 aa  355  1e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  44.73 
 
 
433 aa  354  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.79 
 
 
432 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.82 
 
 
434 aa  353  2e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.79 
 
 
432 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.79 
 
 
432 aa  354  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.07 
 
 
416 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.82 
 
 
434 aa  353  2.9999999999999997e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.82 
 
 
434 aa  353  2.9999999999999997e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.13 
 
 
433 aa  352  5e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.67 
 
 
419 aa  352  5e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.26 
 
 
428 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  44.86 
 
 
417 aa  352  5.9999999999999994e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.6 
 
 
428 aa  352  8e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.43 
 
 
434 aa  352  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.43 
 
 
433 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.5 
 
 
428 aa  351  1e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.5 
 
 
428 aa  351  1e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.39 
 
 
429 aa  352  1e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.43 
 
 
434 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.39 
 
 
429 aa  351  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.43 
 
 
434 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.62 
 
 
434 aa  348  7e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.26 
 
 
428 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.03 
 
 
428 aa  348  1e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.26 
 
 
428 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.26 
 
 
428 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.26 
 
 
428 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.26 
 
 
428 aa  348  1e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.03 
 
 
428 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.03 
 
 
428 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.19 
 
 
432 aa  346  4e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.08 
 
 
429 aa  345  6e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.89 
 
 
421 aa  345  7e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.68 
 
 
418 aa  345  7e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.76 
 
 
434 aa  343  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03073  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.84 
 
 
428 aa  344  2e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3113  D-amino acid dehydrogenase small subunit  46.62 
 
 
436 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3842  D-amino acid dehydrogenase small subunit  46.62 
 
 
436 aa  343  4e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.190955  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.66 
 
 
434 aa  342  5e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.66 
 
 
434 aa  342  5e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.66 
 
 
432 aa  342  5.999999999999999e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  42.66 
 
 
432 aa  342  5.999999999999999e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.66 
 
 
432 aa  342  5.999999999999999e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.66 
 
 
432 aa  342  5.999999999999999e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.66 
 
 
432 aa  342  5.999999999999999e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  42.66 
 
 
432 aa  342  5.999999999999999e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.19 
 
 
417 aa  341  1e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.42 
 
 
432 aa  341  1e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  45.08 
 
 
418 aa  341  1e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.96 
 
 
417 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.2 
 
 
416 aa  335  9e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1094  FAD dependent oxidoreductase  45.04 
 
 
421 aa  333  4e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.293126  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2082  D-amino-acid dehydrogenase  40.56 
 
 
418 aa  332  5e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0152588  normal  0.581205 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0940  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.83 
 
 
428 aa  332  8e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.54 
 
 
421 aa  332  9e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0944  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.83 
 
 
428 aa  332  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972933  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2982  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.93 
 
 
428 aa  331  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00652065 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  40.6 
 
 
417 aa  330  2e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.66 
 
 
416 aa  330  3e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2363  D-amino acid dehydrogenase small subunit  43.13 
 
 
432 aa  330  4e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.28713  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2122  D-amino-acid dehydrogenase  45.43 
 
 
421 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17481  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0765  D-amino acid dehydrogenase small subunit  44.17 
 
 
428 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.555163 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0558  D-amino-acid dehydrogenase small subunit  40.61 
 
 
419 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  42.72 
 
 
417 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>