More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0658 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0612  FAD dependent oxidoreductase  96.44 
 
 
365 aa  696    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4550  glycine oxidase ThiO  92.88 
 
 
365 aa  652    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.387961  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0652  FAD dependent oxidoreductase  96.44 
 
 
365 aa  692    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.139028  normal  0.321624 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0658  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
365 aa  733    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4841  FAD dependent oxidoreductase  80.29 
 
 
366 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.388467  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0817  oxidoreductase, FAD-binding protein  76 
 
 
367 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0721  FAD dependent oxidoreductase  76.29 
 
 
367 aa  549  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0964  glycine oxidase ThiO  72.85 
 
 
361 aa  543  1e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0437682  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11880  FAD-dependent glycine oxidase  74.59 
 
 
363 aa  530  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274663  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5188  glycine oxidase ThiO  71.43 
 
 
404 aa  509  1e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60270  putative glycine/D-amino acid oxidases  70.57 
 
 
364 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000302001 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0494  glycine oxidase ThiO  50 
 
 
375 aa  358  9.999999999999999e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3234  glycine oxidase ThiO  47.19 
 
 
372 aa  302  6.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2269  FAD dependent oxidoreductase  46.63 
 
 
376 aa  300  2e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2715  oxidoreductase, FAD-binding  47.62 
 
 
361 aa  299  5e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.725073  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1624  FAD dependent oxidoreductase  40.95 
 
 
363 aa  263  4.999999999999999e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.909673  hitchhiker  0.0000164974 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1956  oxidoreductase, FAD-binding  40.95 
 
 
363 aa  263  4.999999999999999e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.034563  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1866  putative D-amino acid oxidase  41.94 
 
 
368 aa  256  6e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0801  glycine oxidase ThiO  40.91 
 
 
367 aa  243  5e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0136  FAD dependent oxidoreductase  36.81 
 
 
361 aa  237  2e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2723  FAD dependent oxidoreductase  38.95 
 
 
378 aa  233  5e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0462  glycine oxidase  33.15 
 
 
378 aa  162  1e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0800  glycine oxidase  27.64 
 
 
369 aa  161  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0696  glycine oxidase  28.77 
 
 
369 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0730  glycine oxidase  28.77 
 
 
369 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0139  glycine oxidase ThiO  34.93 
 
 
376 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0787  glycine oxidase ThiO  28.77 
 
 
369 aa  160  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.564699  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0884  glycine oxidase ThiO  28.49 
 
 
369 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4544  glycine oxidase ThiO  28.49 
 
 
369 aa  160  3e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.569361 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0646  glycine oxidase ThiO  27.35 
 
 
369 aa  158  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0640  glycine oxidase  28.41 
 
 
369 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0807  glycine oxidase ThiO  28.41 
 
 
369 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.35515e-47 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0617  glycine oxidase ThiO  27.45 
 
 
369 aa  155  9e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0640  glycine oxidase  27.84 
 
 
369 aa  152  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2099  glycine oxidase ThiO  32.16 
 
 
374 aa  150  4e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.119028  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2483  glycine oxidase ThiO  34.15 
 
 
385 aa  144  3e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0143  glycine oxidase ThiO  33.87 
 
 
375 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.23525 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2172  FAD dependent oxidoreductase  25.41 
 
 
380 aa  140  3.9999999999999997e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3514  FAD dependent oxidoreductase  30.48 
 
 
419 aa  139  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.137187  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0146  glycine oxidase ThiO  34.4 
 
 
376 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.473112  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2223  glycine oxidase ThiO  32.09 
 
 
401 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.210224 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1735  glycine oxidase ThiO  31.32 
 
 
368 aa  136  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0157  glycine oxidase ThiO  34.4 
 
 
376 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2192  FAD dependent oxidoreductase  28.07 
 
 
375 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36310  hydrogen cyanide synthase HcnC  28.86 
 
 
417 aa  133  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.134451 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2071  glycine oxidase, putative  26.11 
 
 
372 aa  132  6e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00506599  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0605  glycine oxidase ThiO  32.88 
 
 
440 aa  133  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.14254  normal  0.0463062 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3032  FAD dependent oxidoreductase  35.74 
 
 
437 aa  132  9e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.451614  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2406  FAD dependent oxidoreductase  32.09 
 
 
379 aa  130  3e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.000101651  normal  0.0131925 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3101  hydrogen cyanide synthase HcnC  28.11 
 
 
417 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.124285  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1415  glycine oxidase ThiO  29.38 
 
 
377 aa  127  3e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0616  glycine oxidase ThiO  32.97 
 
 
411 aa  127  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121955 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2933  glycine oxidase ThiO  28 
 
 
371 aa  126  5e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.789116  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2732  oxidoreductase, DadA family  26.88 
 
 
371 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.909372  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2777  oxidoreductase, DadA family  26.59 
 
 
371 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.848486  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3033  glycine oxidase ThiO  31.15 
 
 
382 aa  125  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000572882  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2529  DadA family oxidoreductase  26.59 
 
 
371 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0933493  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2715  DadA family oxidoreductase  26.59 
 
 
371 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2569  oxidoreductase, DadA family  26.88 
 
 
371 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0599885 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7518  glycine oxidase ThiO  31.49 
 
 
402 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.316675  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  29.02 
 
 
416 aa  124  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2728  oxidoreductase, DadA family  26.59 
 
 
371 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000981681 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2489  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  26.3 
 
 
371 aa  124  3e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000926626  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2430  FAD dependent oxidoreductase  26.63 
 
 
371 aa  124  3e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0834847  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1848  FAD dependent oxidoreductase  26.63 
 
 
373 aa  124  3e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.344381  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2742  DadA family oxidoreductase  26.88 
 
 
371 aa  123  4e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00153462  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2454  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.3 
 
 
371 aa  123  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.295637  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2498  putative thiamine biosynthesis oxidoreductase  33.21 
 
 
355 aa  123  4e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.373577  normal  0.49294 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4885  glycine oxidase ThiO  33.16 
 
 
384 aa  122  7e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  27.4 
 
 
441 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0577  glycine oxidase ThiO  30.94 
 
 
405 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0989  glycine oxidase ThiO  33.15 
 
 
404 aa  119  9e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.136129  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0750  glycine oxidase ThiO  27.59 
 
 
365 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1426  FAD dependent oxidoreductase  27.76 
 
 
374 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0313349  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5997  glycine oxidase ThiO  32.01 
 
 
388 aa  115  8.999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.217156 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3888  glycine oxidase ThiO  30.38 
 
 
385 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3433  FAD dependent oxidoreductase  26.97 
 
 
414 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0773  glycine oxidase ThiO  31.54 
 
 
392 aa  114  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2170  aromatic-ring hydroxylase  28.85 
 
 
371 aa  115  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2389  D-amino-acid dehydrogenase  28.26 
 
 
439 aa  114  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  26.52 
 
 
440 aa  113  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3709  FAD dependent oxidoreductase  26.09 
 
 
416 aa  113  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189981  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5036  glycine oxidase ThiO  28.53 
 
 
360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2070  FAD dependent oxidoreductase  25.12 
 
 
413 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0259945 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6771  glycine oxidase ThiO  30.77 
 
 
410 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1568  glycine oxidase ThiO  32.69 
 
 
652 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.272773 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.3 
 
 
433 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2712  FAD dependent oxidoreductase  27.89 
 
 
415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  25.67 
 
 
415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.81 
 
 
418 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0284  glycine oxidase ThiO  27.65 
 
 
367 aa  110  3e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00610276 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.19 
 
 
441 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2783  glycine oxidase ThiO  33.78 
 
 
372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.256999  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  25.23 
 
 
462 aa  109  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  35.96 
 
 
415 aa  109  6e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1649  FAD dependent oxidoreductase  26.35 
 
 
441 aa  109  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.756737  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.65 
 
 
432 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0964  glycine oxidase ThiO  29.8 
 
 
373 aa  108  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6437  FAD dependent oxidoreductase  26.83 
 
 
441 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6270  FAD dependent oxidoreductase  27.07 
 
 
441 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.119616 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>