More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3630 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_3753  RND efflux system outer membrane lipoprotein  93.12 
 
 
480 aa  837    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.111233 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5484  RND efflux system outer membrane lipoprotein  98.54 
 
 
484 aa  926    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.213646  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4977  RND efflux system outer membrane lipoprotein  85.59 
 
 
476 aa  723    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2346  RND efflux system outer membrane lipoprotein  93.07 
 
 
478 aa  805    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3630  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
480 aa  941    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.844951  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3770  RND efflux system outer membrane lipoprotein  93.12 
 
 
480 aa  837    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0658463 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4610  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  93.12 
 
 
480 aa  837    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4418  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  65.67 
 
 
477 aa  588  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.641884  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0738  major facilitator superfamily multidrug efflux pump, outer membrane lipoprotein  67.63 
 
 
477 aa  588  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.280425  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4496  RND efflux system outer membrane lipoprotein  63.43 
 
 
484 aa  532  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.129506  normal  0.194485 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  32.57 
 
 
569 aa  206  7e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  34.03 
 
 
479 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  32.72 
 
 
479 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.17 
 
 
457 aa  201  1.9999999999999998e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.82 
 
 
511 aa  200  6e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.57 
 
 
497 aa  199  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.8 
 
 
470 aa  199  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  32.85 
 
 
511 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  28.86 
 
 
489 aa  198  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  32.7 
 
 
503 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.71 
 
 
501 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.46 
 
 
517 aa  197  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  32.7 
 
 
479 aa  196  7e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
486 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.24 
 
 
486 aa  196  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  28.72 
 
 
479 aa  194  2e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.06 
 
 
521 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.26 
 
 
495 aa  192  8e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.08 
 
 
486 aa  192  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.74 
 
 
483 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.12 
 
 
513 aa  189  7e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  32.84 
 
 
479 aa  189  7e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.2 
 
 
512 aa  189  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  30.63 
 
 
558 aa  188  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.33 
 
 
472 aa  188  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.43 
 
 
515 aa  188  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  34.63 
 
 
486 aa  186  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.16 
 
 
488 aa  186  7e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0955  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.98 
 
 
472 aa  186  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.75 
 
 
483 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.45 
 
 
504 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.71 
 
 
484 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2485  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.92 
 
 
487 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.072827  normal  0.13209 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.49 
 
 
493 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.39 
 
 
496 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.39 
 
 
496 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.3 
 
 
485 aa  183  6e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
502 aa  183  7e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.54 
 
 
490 aa  183  8.000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5642  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.21 
 
 
481 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20764  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.87 
 
 
477 aa  182  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.42 
 
 
484 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  29.2 
 
 
520 aa  181  2e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  29.4 
 
 
520 aa  182  2e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.14 
 
 
504 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.84 
 
 
487 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.88 
 
 
531 aa  180  4e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.18 
 
 
483 aa  180  4e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.72 
 
 
509 aa  181  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.99 
 
 
512 aa  180  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.87 
 
 
482 aa  180  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3549  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.4 
 
 
486 aa  179  8e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.504224  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.65 
 
 
541 aa  178  2e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5748  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.45 
 
 
508 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472679  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.72 
 
 
461 aa  177  3e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6853  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.35 
 
 
491 aa  177  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.23 
 
 
569 aa  177  5e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2954  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.28 
 
 
534 aa  176  6e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.66 
 
 
483 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5685  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.13 
 
 
488 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.166803 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.43 
 
 
494 aa  176  8e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.14 
 
 
475 aa  176  8e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4619  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.38 
 
 
488 aa  176  8e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.573778  normal  0.397239 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3749  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.38 
 
 
488 aa  176  8e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.202049  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3318  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.23 
 
 
492 aa  176  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1456  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.56 
 
 
480 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000857275 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.83 
 
 
533 aa  173  5.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.09 
 
 
489 aa  173  7.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2524  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.34 
 
 
489 aa  172  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670028  normal  0.773524 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.52 
 
 
503 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.57 
 
 
501 aa  172  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4316  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.36 
 
 
511 aa  172  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.138583 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.67 
 
 
491 aa  172  1e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.4 
 
 
532 aa  172  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.53 
 
 
521 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00362376  normal  0.387542 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.52 
 
 
503 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.85 
 
 
461 aa  172  2e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.82 
 
 
481 aa  171  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.52 
 
 
503 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1001  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.14 
 
 
492 aa  171  4e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.06 
 
 
464 aa  171  4e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0745  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.78 
 
 
477 aa  170  5e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.321053 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2718  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.12 
 
 
531 aa  169  7e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.78 
 
 
495 aa  169  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.728729  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2756  outer membrane efflux protein  30.52 
 
 
490 aa  169  9e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158368  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3473  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.98 
 
 
525 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0809824  normal  0.12883 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.98 
 
 
525 aa  169  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.19 
 
 
492 aa  169  1e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.37 
 
 
477 aa  169  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.8 
 
 
507 aa  168  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>