More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3052 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 209 aa  420  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  71.11 
 
 		 236 aa  279  2e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  71.75 
 
 		 242 aa  275  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  69.44 
 
 		 254 aa  270  9e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  75.56 
 
 		 250 aa  263  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  73.63 
 
 		 239 aa  263  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  67.72 
 
 		 203 aa  263  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  70.86 
 
 		 238 aa  261  4e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  72.22 
 
 		 239 aa  255  3e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  66.84 
 
 		 247 aa  254  6e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  65.03 
 
 		 241 aa  254  7e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  65.78 
 
 		 246 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  67.98 
 
 		 242 aa  253  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  58.22 
 
 		 278 aa  253  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  66.29 
 
 		 248 aa  250  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  65.73 
 
 		 248 aa  248  6e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  64.97 
 
 		 260 aa  244  6e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  60.5 
 
 		 251 aa  241  5e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  63.19 
 
 		 275 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  64.32 
 
 		 249 aa  238  5e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  64.32 
 
 		 246 aa  238  5.999999999999999e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  63.19 
 
 		 275 aa  237  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  64.32 
 
 		 249 aa  235  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  65.29 
 
 		 263 aa  233  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  67.93 
 
 		 248 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  61.71 
 
 		 230 aa  226  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  58.82 
 
 		 254 aa  220  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  58.05 
 
 		 257 aa  218  7e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  59.77 
 
 		 223 aa  216  1e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  61.18 
 
 		 254 aa  217  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  60.82 
 
 		 226 aa  215  5e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  59.77 
 
 		 258 aa  214  9e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  64.12 
 
 		 261 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  59.43 
 
 		 243 aa  209  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  53.45 
 
 		 265 aa  207  8e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  55.79 
 
 		 196 aa  207  8e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  57.89 
 
 		 255 aa  198  3.9999999999999996e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  52.57 
 
 		 273 aa  192  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  50.56 
 
 		 272 aa  182  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  51.16 
 
 		 246 aa  175  4e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  43.65 
 
 		 245 aa  164  5.9999999999999996e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  47.37 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  39.18 
 
 		 224 aa  148  6e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  36.26 
 
 		 230 aa  148  6e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  36 
 
 		 230 aa  144  7.0000000000000006e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  51.81 
 
 		 253 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0210  DNA repair protein RadC  41.81 
 
 		 244 aa  137  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567078  normal  0.0524973 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  37.08 
 
 		 228 aa  134  7.000000000000001e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  46.43 
 
 		 223 aa  134  9e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  42.13 
 
 		 225 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  40.35 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  38.07 
 
 		 226 aa  129  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  40.59 
 
 		 225 aa  125  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  37.43 
 
 		 272 aa  123  2e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  40.8 
 
 		 228 aa  123  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  37.43 
 
 		 275 aa  123  2e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  42.7 
 
 		 225 aa  123  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  36.84 
 
 		 271 aa  122  3e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  64.71 
 
 		 138 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  41.57 
 
 		 225 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  36.84 
 
 		 253 aa  115  5e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  32.95 
 
 		 227 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  35.29 
 
 		 223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  39.08 
 
 		 229 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  38.37 
 
 		 241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  34.29 
 
 		 232 aa  107  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  40.67 
 
 		 221 aa  106  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0793  DNA repair protein RadC  52 
 
 		 128 aa  106  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.542741 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  36.9 
 
 		 253 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  37.28 
 
 		 242 aa  102  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  37.28 
 
 		 224 aa  102  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  53.12 
 
 		 162 aa  102  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  36.97 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 224 aa  101  7e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  37.58 
 
 		 224 aa  100  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  36.41 
 
 		 228 aa  100  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 224 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  36.9 
 
 		 224 aa  97.8  9e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  36.9 
 
 		 224 aa  97.8  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  36.9 
 
 		 224 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  32.73 
 
 		 221 aa  96.7  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  32.73 
 
 		 221 aa  96.3  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  32.73 
 
 		 221 aa  96.3  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  32.73 
 
 		 221 aa  96.3  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  37.58 
 
 		 224 aa  96.3  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  32.73 
 
 		 221 aa  96.3  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  36.31 
 
 		 224 aa  95.9  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  31.52 
 
 		 222 aa  95.5  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  35.71 
 
 		 224 aa  95.1  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  35.71 
 
 		 224 aa  95.1  7e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  35.12 
 
 		 224 aa  94.7  8e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  31.52 
 
 		 214 aa  94.7  8e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  31.52 
 
 		 222 aa  94.7  8e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  31.52 
 
 		 222 aa  94.7  9e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  32.45 
 
 		 221 aa  94.7  9e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  31.52 
 
 		 222 aa  94.7  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  30.3 
 
 		 227 aa  94.7  9e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  31.52 
 
 		 222 aa  94.7  9e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  31.52 
 
 		 222 aa  94.4  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0625  DNA repair protein RadC, putative  27.98 
 
 		 218 aa  94.7  1e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.42242  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>