More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_3484 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  612  9.999999999999999e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 293 aa  159  6e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.56 
 
 		 311 aa  148  9e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 303 aa  148  9e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 291 aa  143  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 386 aa  142  6e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 287 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 287 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 300 aa  139  7.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 294 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 316 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 291 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 299 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 290 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  30.68 
 
 		 288 aa  129  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 286 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  35.58 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  28.25 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 321 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 291 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  28.91 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  28.91 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.1 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 292 aa  112  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  30.62 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 292 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  32.35 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 291 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 297 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 295 aa  102  8e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.81 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5230  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 212 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.957267  normal  0.114688 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 328 aa  99.8  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  26.47 
 
 		 316 aa  99.8  5e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.99 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 291 aa  99.4  7e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 316 aa  99  8e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  32.69 
 
 		 294 aa  98.2  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 288 aa  98.2  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2061  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 306 aa  98.2  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  24.07 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 316 aa  97.4  3e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  27.9 
 
 		 325 aa  97.1  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 295 aa  97.1  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 310 aa  96.3  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  96.7  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>