201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6189 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6189  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 298 aa  607  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.35302  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3872  GntR family transcriptional regulator  74.16 
 
 		 311 aa  433  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.600353  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_003296  RS00705  putative transcription regulator protein  72.3 
 
 		 298 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0312291  normal  0.40859 
 
 
-
 
NC_003296  RS04697  putative transcription regulator protein  70.03 
 
 		 298 aa  390  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.650808  normal  0.192207 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6879  GntR family transcriptional regulator  70.75 
 
 		 297 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0423677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4554  GntR family transcriptional regulator  64.53 
 
 		 325 aa  358  5e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.189938  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05438  transcription regulator protein  39.15 
 
 		 311 aa  203  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.185679  normal  0.066253 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1000  transcriptional regulator, GntR family  40.07 
 
 		 313 aa  199  6e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.801369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0364  GntR domain-containing protein  39.55 
 
 		 272 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.225657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1381  transcriptional regulator, GntR family  35.07 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2840  transcriptional regulator, GntR family  33.57 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3072  GntR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 290 aa  166  5e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1206  transcriptional regulator, GntR family  33.57 
 
 		 309 aa  149  5e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4258  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0491  transcriptional regulator, GntR family  25.34 
 
 		 294 aa  59.7  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0328606  normal  0.0298218 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  29.69 
 
 		 227 aa  57.8  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 252 aa  55.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5768  GntR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 221 aa  55.1  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5798  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 234 aa  55.1  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6983  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 243 aa  54.7  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3939  regulatory protein, GntR  27.11 
 
 		 359 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0108432 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 222 aa  53.9  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  28.11 
 
 		 238 aa  53.1  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 237 aa  52.4  0.000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  26.06 
 
 		 244 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0403  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 238 aa  51.6  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000148823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  26.46 
 
 		 234 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2049  GntR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 214 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.384927  normal  0.298494 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0705  transcriptional regulator, GntR family  26.47 
 
 		 243 aa  50.4  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000407645 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0992  GntR family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 336 aa  49.7  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0236  GntR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 228 aa  49.7  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5236  transcriptional regulator, GntR family  27.09 
 
 		 252 aa  49.7  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27643  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  39.34 
 
 		 233 aa  49.7  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2539  transcriptional regulator  25.37 
 
 		 229 aa  49.3  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.824223  normal  0.562288 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 239 aa  49.3  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2904  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 216 aa  48.9  0.00009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5785  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 231 aa  48.9  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.827146  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 233 aa  48.9  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3147  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 246 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3471  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 290 aa  48.5  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3474  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 246 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0680  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 226 aa  48.5  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.231512  normal  0.107075 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 255 aa  48.5  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 242 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4205  transcriptional regulator, GntR family  29.89 
 
 		 333 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3280  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 230 aa  48.1  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3666  transcriptional regulator, GntR family  36 
 
 		 260 aa  48.1  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216999  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3445  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 230 aa  48.1  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4102  GntR domain protein  23.62 
 
 		 243 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3432  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 216 aa  47.8  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.132656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2652  regulatory protein GntR, HTH  43.75 
 
 		 256 aa  48.1  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3530  transcriptional regulator GntR  30.91 
 
 		 239 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.331945 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  21.18 
 
 		 247 aa  47.4  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1402  GntR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 341 aa  47.4  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2117  transcription regulator protein  27.23 
 
 		 250 aa  47  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.930818 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3276  transcription regulator protein  36.11 
 
 		 229 aa  47  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31590  transcriptional regulator, GntR family  25.15 
 
 		 244 aa  47  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  29.9 
 
 		 227 aa  47  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 255 aa  47  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2257  transcriptional regulator, GntR family  26.67 
 
 		 252 aa  46.6  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.968354 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3949  transcriptional regulator, GntR family  37.66 
 
 		 234 aa  46.6  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 229 aa  46.6  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  40.98 
 
 		 222 aa  46.6  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 221 aa  46.6  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 		 249 aa  46.6  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2014  GntR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 228 aa  46.6  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3664  transcriptional regulator, GntR family  35.62 
 
 		 249 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  43.4 
 
 		 225 aa  46.2  0.0006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 218 aa  46.2  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 284 aa  46.2  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  24 
 
 		 240 aa  46.6  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5871  transcriptional regulator GntR family  22.91 
 
 		 332 aa  46.2  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4588  GntR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 304 aa  46.2  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111932  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 226 aa  46.2  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 233 aa  46.2  0.0007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 216 aa  46.2  0.0007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3403  GntR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 237 aa  46.2  0.0007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  24.75 
 
 		 227 aa  45.8  0.0009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0483  transcriptional regulator, GntR family  36.84 
 
 		 227 aa  45.4  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1873  transcriptional regulator, GntR family  29.91 
 
 		 231 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.561866  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  26.28 
 
 		 222 aa  45.4  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 222 aa  45.8  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 230 aa  45.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  24.71 
 
 		 239 aa  45.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  41.54 
 
 		 231 aa  45.4  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8055  transcriptional regulator, GntR family  42.86 
 
 		 250 aa  45.4  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  38.1 
 
 		 237 aa  45.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 219 aa  45.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8476  transcriptional regulator, GntR family  38.71 
 
 		 246 aa  45.8  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.610669  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  27.49 
 
 		 253 aa  45.4  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  25.73 
 
 		 228 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1793  GntR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 254 aa  44.3  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 239 aa  44.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 230 aa  44.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  24.62 
 
 		 254 aa  44.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 219 aa  45.1  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1233  transcriptional regulator, GntR family  36.14 
 
 		 230 aa  44.3  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0471  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 221 aa  44.7  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.915136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3813  putative transcriptional regulator  34.25 
 
 		 259 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.12567  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>