More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3666 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3666  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
260 aa  523  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216999  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3471  GntR family transcriptional regulator  69.73 
 
 
259 aa  355  5e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1419  GntR family transcriptional regulator  54.42 
 
 
231 aa  240  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.17694 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0236  GntR family transcriptional regulator  54.67 
 
 
228 aa  234  7e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3949  transcriptional regulator, GntR family  53.36 
 
 
234 aa  234  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1099  GntR family transcriptional regulator  54.63 
 
 
231 aa  232  5e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.322979  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5540  transcriptional regulator, GntR family  46.61 
 
 
245 aa  195  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.347877 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1281  GntR family transcriptional regulator  49.25 
 
 
249 aa  186  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3474  transcriptional regulator, GntR family  38.16 
 
 
246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3147  transcriptional regulator, GntR family  37.72 
 
 
246 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3276  transcription regulator protein  38.42 
 
 
229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.693233  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3280  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
230 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1101  GntR family transcriptional regulator  42.72 
 
 
259 aa  145  6e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.178895 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1112  GntR family transcriptional regulator  39.07 
 
 
221 aa  145  9e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2111  GntR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
225 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.277645  normal  0.0294068 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0778  GntR family transcriptional regulator  41.83 
 
 
253 aa  144  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3445  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3926  transcriptional regulator, GntR family  38.25 
 
 
224 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1425  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 
221 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.195614 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4275  transcriptional regulator, GntR family  38.1 
 
 
235 aa  135  6.0000000000000005e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1118  GntR family transcriptional regulator  40.53 
 
 
225 aa  135  8e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.232597  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1038  transcriptional regulator, GntR family  40.53 
 
 
225 aa  135  8e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1922  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 
245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.430018 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0737  GntR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
242 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.268562  normal  0.925546 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1303  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
238 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153269  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2332  transcriptional regulator, GntR family  37.62 
 
 
246 aa  125  9e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.738063 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5281  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
234 aa  124  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0412197 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1990  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
234 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.964349 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6111  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 
234 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1966  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 
234 aa  123  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
231 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
231 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
231 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
231 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
231 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
231 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1934  transcriptional regulator, GntR family  34.7 
 
 
252 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0424955 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
231 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2257  transcriptional regulator, GntR family  34.7 
 
 
252 aa  122  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.968354 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
234 aa  122  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2117  transcription regulator protein  37.44 
 
 
250 aa  121  9e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.930818 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3141  GntR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
229 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.167888  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3847  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.458014 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  37.62 
 
 
231 aa  119  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1585  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.640337  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1007  GntR family transcriptional regulator  35.51 
 
 
234 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.511541  hitchhiker  0.00101659 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0680  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
226 aa  119  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.231512  normal  0.107075 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1096  GntR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
277 aa  119  6e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3609  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
251 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.376641  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3937  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 
251 aa  118  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0563072  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1052  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
248 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0904043 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3813  putative transcriptional regulator  33.47 
 
 
259 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.12567  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5787  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00572916 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0549  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
255 aa  116  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3272  GntR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
236 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2079  GntR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
245 aa  115  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.420159  normal  0.766393 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2660  transcriptional regulator, GntR family  37.14 
 
 
236 aa  115  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.182279  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44780  putative transcriptional regulator  33.05 
 
 
259 aa  115  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.13802  normal  0.152718 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4283  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
251 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0169615  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2755  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
255 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.253691 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0334  GntR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.389251  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1793  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1954  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
234 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2435  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
252 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.410895  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1881  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
234 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.249163 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0428  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 
255 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3339  GntR family transcriptional regulator  36.53 
 
 
237 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4065  GntR family transcriptional regulator  36.53 
 
 
237 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0884  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.216104  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3443  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
235 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0659534  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0403  GntR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
238 aa  108  8.000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000148823  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3371  GntR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
244 aa  108  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.302554 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5667  transcriptional regulator, GntR family  32.65 
 
 
260 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2921  transcriptional regulator, GntR family  36.02 
 
 
236 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.277929  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6280  transcriptional regulator GntR family  34.58 
 
 
236 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3833  GntR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
242 aa  106  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.644681  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3638  hypothetical protein  35.68 
 
 
230 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.513406  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4320  GntR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
247 aa  106  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.196319  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0069  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
247 aa  106  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1873  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 
231 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.561866  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0459  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
235 aa  105  7e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0399  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
235 aa  105  7e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5905  GntR family transcriptional regulator  32.49 
 
 
244 aa  105  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3609  GntR family transcriptional regulator  36.62 
 
 
246 aa  104  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3530  transcriptional regulator GntR  33.66 
 
 
239 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.331945 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1811  transcriptional regulator GntR  32.67 
 
 
249 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148562  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5872  GntR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
255 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2161  GntR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
231 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.111337  normal  0.915655 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0727  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
232 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4418  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
236 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.494465  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1364  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
244 aa  102  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0686539 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5254  transcriptional regulator, GntR family  33.85 
 
 
250 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.506774 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3664  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 
249 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0494  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
245 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.708073 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5617  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
232 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.222304  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0834  transcriptional regulator, GntR family  31.58 
 
 
247 aa  101  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2253  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
222 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218359  normal  0.132912 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3189  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
268 aa  98.2  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4006  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
259 aa  97.8  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.477565  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1296  transcriptional regulator, GntR family  32.56 
 
 
233 aa  97.4  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.032312  normal  0.299541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>