More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4139 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0786  MscS Mechanosensitive ion channel  52.06 
 
 		 840 aa  679    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0857  MscS mechanosensitive ion channel  51.94 
 
 		 840 aa  673    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  53.44 
 
 		 835 aa  720    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  52.66 
 
 		 856 aa  702    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4139  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 815 aa  1597    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  41.3 
 
 		 806 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2215  MscS mechanosensitive ion channel  42.16 
 
 		 820 aa  491  1e-137  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311174 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  41.44 
 
 		 807 aa  492  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  39.63 
 
 		 804 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  39.59 
 
 		 803 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  38.81 
 
 		 803 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  39.63 
 
 		 855 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  38.96 
 
 		 799 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  39.23 
 
 		 803 aa  445  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2869  MscS Mechanosensitive ion channel  34.34 
 
 		 815 aa  418  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266209  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  36 
 
 		 803 aa  413  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1293  MscS Mechanosensitive ion channel  35.17 
 
 		 814 aa  411  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1404  MscS Mechanosensitive ion channel  36.21 
 
 		 817 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  35.45 
 
 		 817 aa  400  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  34.11 
 
 		 815 aa  398  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  33.42 
 
 		 794 aa  388  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  38.4 
 
 		 773 aa  388  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5154  MscS mechanosensitive ion channel  35.61 
 
 		 814 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0457644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  34.7 
 
 		 832 aa  389  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4029  putative mechanosensitive ion channel  35.35 
 
 		 832 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  35.22 
 
 		 816 aa  381  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  35.04 
 
 		 809 aa  380  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3100  MscS mechanosensitive ion channel  34.88 
 
 		 820 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.416731  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5267  MscS mechanosensitive ion channel  34.88 
 
 		 820 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  34.75 
 
 		 814 aa  376  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.37 
 
 		 809 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  37.37 
 
 		 809 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  36.86 
 
 		 808 aa  372  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2070  mechanosensitive ion channel family protein  37.24 
 
 		 809 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563687  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  35.85 
 
 		 813 aa  362  1e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  34.54 
 
 		 853 aa  348  2e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  32.42 
 
 		 866 aa  329  1.0000000000000001e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  31.59 
 
 		 879 aa  306  8.000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  33.01 
 
 		 883 aa  301  3e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  32.5 
 
 		 909 aa  300  8e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  32.3 
 
 		 860 aa  294  4e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  31.34 
 
 		 909 aa  292  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  31.35 
 
 		 947 aa  291  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  32.22 
 
 		 910 aa  279  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  30.79 
 
 		 859 aa  278  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  29.13 
 
 		 874 aa  248  4e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  27.59 
 
 		 825 aa  246  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  29.81 
 
 		 832 aa  241  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  30.79 
 
 		 867 aa  224  4e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  29.18 
 
 		 845 aa  223  9.999999999999999e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  29.14 
 
 		 825 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  28.37 
 
 		 843 aa  207  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  28.65 
 
 		 844 aa  203  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  32.25 
 
 		 840 aa  194  6e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  28.15 
 
 		 830 aa  192  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  32.56 
 
 		 868 aa  177  6e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  31.33 
 
 		 796 aa  166  2.0000000000000002e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  34.69 
 
 		 847 aa  162  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  30.59 
 
 		 849 aa  160  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  34.32 
 
 		 847 aa  159  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  29.95 
 
 		 752 aa  154  5e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3756  hypothetical protein  33.46 
 
 		 1107 aa  148  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3934  hypothetical protein  33.82 
 
 		 1107 aa  148  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  33.85 
 
 		 806 aa  147  6e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  33.97 
 
 		 785 aa  145  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  33.97 
 
 		 891 aa  145  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0384  hypothetical protein  36.96 
 
 		 1107 aa  145  4e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  36.92 
 
 		 1115 aa  144  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04029  predicted mechanosensitive channel  38.07 
 
 		 1107 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.475668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3831  MscS Mechanosensitive ion channel  38.07 
 
 		 1107 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.915765  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4401  hypothetical protein  38.07 
 
 		 1107 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.199255  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4716  hypothetical protein  38.07 
 
 		 1107 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00612141  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03991  hypothetical protein  38.07 
 
 		 1107 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.391275  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4630  hypothetical protein  38.07 
 
 		 1107 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.250026  normal  0.0442574 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5675  hypothetical protein  38.07 
 
 		 1107 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00234961  normal  0.548719 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3851  hypothetical protein  38.07 
 
 		 1107 aa  143  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00332968 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4691  hypothetical protein  38.07 
 
 		 1107 aa  143  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00421616  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  36.32 
 
 		 1120 aa  140  8.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  36.32 
 
 		 1120 aa  140  8.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  36.32 
 
 		 1120 aa  140  8.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  33.96 
 
 		 1115 aa  138  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  37.06 
 
 		 1133 aa  137  8e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0473  hypothetical protein  35.02 
 
 		 1104 aa  136  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  31.36 
 
 		 1118 aa  135  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  37.16 
 
 		 1108 aa  135  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  36.8 
 
 		 1117 aa  135  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  37.16 
 
 		 1108 aa  135  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  37.16 
 
 		 1108 aa  135  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  37.16 
 
 		 1108 aa  135  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  37.16 
 
 		 1108 aa  135  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  31.36 
 
 		 1118 aa  135  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  35.51 
 
 		 1103 aa  135  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  0.00000473028 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  34.98 
 
 		 1118 aa  135  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  34.98 
 
 		 1120 aa  134  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  31.36 
 
 		 1120 aa  134  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  34.98 
 
 		 1120 aa  134  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  34.98 
 
 		 1120 aa  134  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  34.98 
 
 		 1120 aa  134  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  34.98 
 
 		 1120 aa  134  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  31.36 
 
 		 1120 aa  134  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>