More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1695 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1695  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 324 aa  646    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.674415  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0150  AraC family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 312 aa  267  2e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291508 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4320  AraC family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 333 aa  192  6e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4308  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 321 aa  172  9e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0968012 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0986  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 329 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.613317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4321  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 323 aa  149  9e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0994  AraC family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 318 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3797  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 335 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2542  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 320 aa  120  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0210  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5215  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.75 
 
 		 311 aa  112  7.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.329333  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4767  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.179878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3576  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 321 aa  108  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3504  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 319 aa  103  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3516  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 330 aa  100  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000673643 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3279  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 325 aa  100  4e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.853616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6548  AraC family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 347 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5389  transcriptional regulator, AraC family  28.94 
 
 		 335 aa  93.2  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112757 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4078  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 346 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0173878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4288  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 346 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.473251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3229  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 346 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0808896  normal  0.115226 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6262  AraC family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 352 aa  92.4  9e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.330123 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1165  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 305 aa  89.7  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4032  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.42 
 
 		 299 aa  89.4  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000774169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3736  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 337 aa  88.2  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3975  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 332 aa  87  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3348  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 389 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.125863  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 331 aa  84  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2658  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 368 aa  83.6  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4410  helix-turn-helix domain-containing protein  27.13 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.316774 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3662  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0044  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 319 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2670  AraC family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.422994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0263  AraC family transcription regulator  26.11 
 
 		 319 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0051  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0050  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 		 319 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2709  AraC family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 318 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.519621  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1843  AraC family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 318 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3284  AraC family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 318 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7852  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 338 aa  79.3  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40387  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3102  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2823  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 332 aa  79.7  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.599889  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2213  helix-turn-helix, AraC type  26.49 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3969  AraC family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 330 aa  78.2  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.806677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5123  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 348 aa  77.4  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7635  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  23.31 
 
 		 288 aa  77  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2002  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 340 aa  77  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1518  helix-turn-helix domain-containing protein  25.33 
 
 		 317 aa  76.6  0.0000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.791773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2219  DNA-binding transcriptional activator FeaR  26.73 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0008  helix-turn-helix, AraC type  21.94 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0683899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3660  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 332 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.954099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3779  AraC family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 339 aa  74.3  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0505426 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5093  AraC family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0650203 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0984  DNA-binding transcriptional activator FeaR  24.73 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4851  AraC family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 322 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7818  AraC family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 342 aa  72.4  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4895  AraC family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 354 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4762  AraC-type DNA-binding domain-containing protein- like protein  27.67 
 
 		 353 aa  71.6  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.505446 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1928  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 325 aa  71.2  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0979151  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3137  AraC family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 316 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.806446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4995  AraC family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3143  AraC family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 324 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1867  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 312 aa  70.5  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.122856  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01356  DNA-binding transcriptional dual regulator  23.23 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1471  DNA-binding transcriptional activator FeaR  23.23 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2271  DNA-binding transcriptional activator FeaR  23.23 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01369  hypothetical protein  23.23 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2259  helix-turn-helix domain-containing protein  23.66 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3516  AraC family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5148  AraC family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 791 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.113403  normal  0.388231 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2880  AraC family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 336 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.560764 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2261  transcriptional regulator, AraC family  22.9 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00485013  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1569  DNA-binding transcriptional activator FeaR  22.9 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4587  transcriptional regulator, AraC family  24.04 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0602  transcriptional regulator  24.9 
 
 		 791 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.459823 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  23.64 
 
 		 319 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4721  helix-turn-helix domain-containing protein  26.65 
 
 		 340 aa  66.6  0.0000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4347  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 307 aa  66.2  0.0000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.378595 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5130  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4494  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5729  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2962  AraC family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 338 aa  65.5  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0231  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.16 
 
 		 342 aa  65.5  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.13333  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2412  AraC family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 318 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5309  AraC family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 314 aa  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0311783  normal  0.649515 
 
 
-
 
NC_004310  BR0550  AraC family transcriptional regulator  22.12 
 
 		 356 aa  64.7  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.713955  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0219  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.26 
 
 		 385 aa  62.8  0.000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7915  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 330 aa  62.8  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0435476  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0552  AraC family transcriptional regulator  21.79 
 
 		 356 aa  62.4  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3834  helix-turn-helix domain-containing protein  22.43 
 
 		 340 aa  62  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3261  helix-turn-helix domain-containing protein  27.76 
 
 		 339 aa  61.6  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0000231694  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2620  AraC family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 317 aa  61.2  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.72884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6507  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 777 aa  61.6  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2723  helix-turn-helix domain-containing protein  21.94 
 
 		 313 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3050  transcriptional regulator, AraC family  23.77 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.239612  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 336 aa  60.8  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0981  helix-turn-helix domain-containing protein  29.14 
 
 		 791 aa  60.5  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300542 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3145  AraC family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  45.24 
 
 		 335 aa  59.3  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>