More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4514 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4514  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  655    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17802  normal  0.303471 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0455  LysR family transcriptional regulator  55.08 
 
 		 310 aa  322  6e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  41.03 
 
 		 316 aa  113  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 329 aa  113  4.0000000000000004e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  37.91 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 329 aa  113  5e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 315 aa  112  8.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  35.03 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 314 aa  106  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  38.46 
 
 		 314 aa  106  6e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 336 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2008  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0820401  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0454  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 319 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 307 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 326 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  33.73 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 302 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  33.73 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 316 aa  99  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 321 aa  99  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  34.39 
 
 		 302 aa  99  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 317 aa  98.6  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 308 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 323 aa  97.4  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 313 aa  95.9  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 313 aa  95.9  8e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 310 aa  95.9  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 313 aa  95.9  9e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 313 aa  95.5  9e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5941  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.122613 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 329 aa  95.5  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  36.49 
 
 		 311 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 311 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 311 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  25.57 
 
 		 304 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 314 aa  94.7  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 309 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.57 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 345 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 313 aa  91.7  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4515  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 314 aa  92  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.304584 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  28.48 
 
 		 316 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 331 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 342 aa  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 328 aa  91.3  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 302 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  28.44 
 
 		 319 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 307 aa  90.9  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 316 aa  90.9  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6212  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 319 aa  90.5  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 243 aa  90.1  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 314 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 314 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 315 aa  90.1  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 309 aa  89.7  5e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 322 aa  90.1  5e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 322 aa  89.4  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 314 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 308 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  36.53 
 
 		 306 aa  89  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  35.42 
 
 		 312 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 327 aa  89  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 333 aa  88.6  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 316 aa  89  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5360  putative LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 331 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00393465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  32.7 
 
 		 327 aa  89  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 310 aa  89  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 316 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 314 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 320 aa  87.4  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 332 aa  87  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 330 aa  87.4  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1932  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 302 aa  86.7  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.795465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5069  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 344 aa  87  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.256969 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  33.96 
 
 		 306 aa  86.7  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5485  transcriptional regulator LysR family  31.37 
 
 		 318 aa  86.7  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.781611  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.31 
 
 		 309 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 319 aa  86.3  6e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 302 aa  86.3  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 314 aa  86.3  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 323 aa  86.3  6e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  29.38 
 
 		 309 aa  86.3  7e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>