More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0892 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_3646  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.07 
 
 
419 aa  654    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0840  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.55 
 
 
419 aa  649    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0947  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.76 
 
 
420 aa  647    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2742  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.27 
 
 
613 aa  644    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0887  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.59 
 
 
419 aa  655    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3527  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.81 
 
 
419 aa  652    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0890  ATP-dependent RNA helicase SrmB  93.98 
 
 
408 aa  782    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0724766 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0892  ATP-dependent RNA helicase SrmB  100 
 
 
408 aa  837    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.9005  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0802  ATP-dependent RNA helicase SrmB  87.63 
 
 
411 aa  698    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3336  ATP-dependent RNA helicase SrmB  77.46 
 
 
419 aa  637    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0744  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.55 
 
 
411 aa  641    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0767  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.02 
 
 
419 aa  634    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0735156 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3452  ATP-dependent RNA helicase SrmB  78.81 
 
 
419 aa  652    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0790  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.02 
 
 
420 aa  649    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3233  ATP-dependent RNA helicase SrmB  79.27 
 
 
420 aa  652    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0660  ATP-dependent RNA helicase SrmB  80.26 
 
 
406 aa  659    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3284  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.95 
 
 
412 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3036  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  57.18 
 
 
453 aa  452  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4097  ATP-dependent RNA helicase SrmB  56.66 
 
 
417 aa  445  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.872576  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0191  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.45 
 
 
423 aa  441  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03093  ATP-dependent RNA helicase SrmB  57.11 
 
 
408 aa  437  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3679  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.09 
 
 
441 aa  431  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0397087  normal  0.205211 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3601  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.23 
 
 
441 aa  430  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1179  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.23 
 
 
441 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1126  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.23 
 
 
441 aa  429  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3080  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.38 
 
 
441 aa  426  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.145089  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1195  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.39 
 
 
441 aa  426  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000749506  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004445  ATP-dependent RNA helicase SrmB  55.47 
 
 
407 aa  422  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0454053  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00952  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.93 
 
 
407 aa  418  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2794  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.9 
 
 
446 aa  419  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.228355  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2858  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.82 
 
 
444 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.197769 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2753  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.82 
 
 
444 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.902304  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2971  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.82 
 
 
444 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0558  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.17 
 
 
416 aa  410  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2837  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.82 
 
 
444 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.415153  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1295  ATP-dependent RNA helicase SrmB  50.86 
 
 
441 aa  410  1e-113  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2855  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.82 
 
 
444 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0723995  normal  0.849039 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02470  ATP-dependent RNA helicase  54.97 
 
 
444 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1092  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.97 
 
 
444 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.424436  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2732  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.97 
 
 
444 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.500334  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2863  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.52 
 
 
444 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0202971  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3813  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.97 
 
 
444 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.152384  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1101  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.97 
 
 
444 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.077358  normal  0.269297 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1059  ATP-dependent RNA helicase SrmB  52.65 
 
 
450 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0187648  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2729  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.97 
 
 
444 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0618192  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2944  ATP-dependent RNA helicase SrmB  54.97 
 
 
444 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02434  hypothetical protein  54.97 
 
 
444 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3063  ATP-dependent RNA helicase SrmB  53.93 
 
 
442 aa  384  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.124776  decreased coverage  0.0000384662 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1883  DEAD/DEAH box helicase-like  45.53 
 
 
401 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.632816  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12760  ATP-dependent RNA helicase  45.97 
 
 
449 aa  316  6e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00382469  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  43.62 
 
 
533 aa  314  9.999999999999999e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.42 
 
 
453 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1158  ATP-dependent RNA helicase  45.71 
 
 
447 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0413431  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.72 
 
 
454 aa  310  4e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  40.29 
 
 
452 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.94 
 
 
441 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  41.62 
 
 
435 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  42.48 
 
 
450 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.05 
 
 
453 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.24 
 
 
449 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  43.35 
 
 
472 aa  302  9e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.99 
 
 
512 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.78 
 
 
417 aa  299  5e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.98 
 
 
512 aa  299  8e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.8 
 
 
430 aa  298  1e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  41.25 
 
 
516 aa  296  3e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  41.25 
 
 
516 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.25 
 
 
516 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.25 
 
 
514 aa  296  5e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.68 
 
 
456 aa  295  1e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  41.53 
 
 
398 aa  294  2e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  42.56 
 
 
446 aa  293  3e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.46 
 
 
505 aa  293  4e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.98 
 
 
482 aa  293  4e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2523  DEAD/DEAH box helicase  40.98 
 
 
513 aa  292  6e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2612  ATP-dependent RNA helicase  40.98 
 
 
529 aa  292  8e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1584  ATP-dependent RNA helicase RhlE, putative  40.98 
 
 
516 aa  292  9e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.958576  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1359  DEAD/DEAH box helicase  40.98 
 
 
516 aa  292  9e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.635166  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2086  DEAD/DEAH box helicase  40.98 
 
 
516 aa  292  9e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757912  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3226  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  40.98 
 
 
516 aa  292  9e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  40.69 
 
 
632 aa  291  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2468  DEAD/DEAH box helicase  40.98 
 
 
514 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.53 
 
 
439 aa  289  6e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0826184  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3728  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.23 
 
 
447 aa  289  8e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.201471  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  40.2 
 
 
537 aa  287  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  39.81 
 
 
634 aa  287  2.9999999999999996e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.35 
 
 
556 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.871756 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.2 
 
 
542 aa  286  4e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3791  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  42.02 
 
 
445 aa  286  5e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.138512  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1537  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.1 
 
 
449 aa  286  5e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.713304  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1587  ATP-dependent RNA helicase SrmB  42.02 
 
 
453 aa  285  7e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451548  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5192  DEAD/DEAH box helicase-like  42.32 
 
 
507 aa  285  8e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  40.05 
 
 
516 aa  285  1.0000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01406  hypothetical protein  39.86 
 
 
411 aa  284  2.0000000000000002e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.78 
 
 
453 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.78 
 
 
453 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.78 
 
 
453 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.78 
 
 
453 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  39.78 
 
 
453 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  41.16 
 
 
452 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>