More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4242 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4242  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 549 aa  1081    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.252805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4733  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.88 
 
 		 568 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1311  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.76 
 
 		 570 aa  393  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.139852 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.17 
 
 		 577 aa  382  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.81 
 
 		 564 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.833385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4787  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.41 
 
 		 573 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.824401  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6576  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.65 
 
 		 583 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.298955 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1504  putative choline dehydrogenase  41.62 
 
 		 591 aa  371  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228546  normal  0.0518765 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6668  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.7 
 
 		 576 aa  371  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6155  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.01 
 
 		 559 aa  364  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1035  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.39 
 
 		 609 aa  261  3e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4076  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.59 
 
 		 516 aa  255  2.0000000000000002e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00359507  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6705  choline dehydrogenase  36.7 
 
 		 516 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425945 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.28 
 
 		 539 aa  253  6e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.87 
 
 		 552 aa  245  9.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  34.98 
 
 		 557 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.63 
 
 		 534 aa  244  3e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.73 
 
 		 536 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6980  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.86 
 
 		 556 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0315325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3826  glucose-methanol-choline oxidoreductase:Beta-lactamase-like:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  33.95 
 
 		 1290 aa  243  9e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0123  putative alcohol dehydrogenase oxidoreductase protein  35.78 
 
 		 574 aa  242  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4749  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  35.26 
 
 		 546 aa  240  5e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769541  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.48 
 
 		 554 aa  239  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35 
 
 		 541 aa  239  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.22 
 
 		 528 aa  237  5.0000000000000005e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  35.22 
 
 		 559 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6322  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.18 
 
 		 556 aa  236  6e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.942942 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0366  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.65 
 
 		 531 aa  236  7e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.136332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1507  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.24 
 
 		 548 aa  236  7e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.23617  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.22 
 
 		 531 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  35.74 
 
 		 551 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1098  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.42 
 
 		 529 aa  236  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  33.84 
 
 		 553 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  34.45 
 
 		 559 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.01 
 
 		 537 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  35.64 
 
 		 551 aa  234  3e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0946  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.78 
 
 		 538 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  36.08 
 
 		 531 aa  233  7.000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3910  Choline dehydrogenase  36.11 
 
 		 531 aa  233  7.000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  32.57 
 
 		 550 aa  231  2e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.13 
 
 		 569 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.52 
 
 		 531 aa  231  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.96 
 
 		 569 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.91 
 
 		 531 aa  231  3e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.98 
 
 		 560 aa  230  6e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0573714  hitchhiker  0.00237498 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.36 
 
 		 543 aa  229  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  31.18 
 
 		 534 aa  227  5.0000000000000005e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3637  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.27 
 
 		 576 aa  227  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.67419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.28 
 
 		 518 aa  227  5.0000000000000005e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4867  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.05 
 
 		 560 aa  227  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.348286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 		 536 aa  226  7e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.21 
 
 		 550 aa  226  8e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.62 
 
 		 533 aa  226  9e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  31.74 
 
 		 547 aa  225  1e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.5 
 
 		 547 aa  226  1e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3313  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.57 
 
 		 576 aa  225  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  31.83 
 
 		 574 aa  225  2e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4942  choline dehydrogenase  35.29 
 
 		 520 aa  224  3e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.953244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.35 
 
 		 540 aa  224  3e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.81 
 
 		 551 aa  224  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  31.97 
 
 		 549 aa  224  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  31.75 
 
 		 549 aa  223  4.9999999999999996e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.37 
 
 		 541 aa  223  7e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  33.85 
 
 		 541 aa  223  8e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.7 
 
 		 555 aa  223  8e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.79 
 
 		 530 aa  223  9.999999999999999e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.37 
 
 		 551 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  34.95 
 
 		 545 aa  222  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.25 
 
 		 529 aa  221  1.9999999999999999e-56  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.3 
 
 		 531 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691807  normal  0.0210476 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.66 
 
 		 538 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3762  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.6 
 
 		 552 aa  221  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  33.39 
 
 		 570 aa  221  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  30.86 
 
 		 551 aa  220  3.9999999999999997e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.92 
 
 		 515 aa  220  5e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0908626  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.86 
 
 		 549 aa  220  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.35 
 
 		 530 aa  220  6e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1169  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.91 
 
 		 544 aa  220  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4062  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.19 
 
 		 531 aa  220  6e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.31 
 
 		 551 aa  220  7e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.18 
 
 		 535 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.39 
 
 		 542 aa  219  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.45 
 
 		 546 aa  219  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0203  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  32.89 
 
 		 559 aa  219  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.04 
 
 		 551 aa  219  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.28 
 
 		 544 aa  219  1e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  33.39 
 
 		 531 aa  218  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  33.81 
 
 		 544 aa  218  2e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.16 
 
 		 556 aa  218  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  31.58 
 
 		 549 aa  218  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.6 
 
 		 551 aa  218  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  29.01 
 
 		 539 aa  218  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.74 
 
 		 537 aa  217  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0174  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.43 
 
 		 552 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3373  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.11 
 
 		 553 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.22 
 
 		 546 aa  216  8e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3579  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 		 539 aa  216  9e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000745521  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  33.11 
 
 		 552 aa  216  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7484  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.66 
 
 		 540 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3144  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.91 
 
 		 521 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>