211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1457 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1457  DNA uptake lipoprotein-like protein  100 
 
 		 261 aa  535  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1732  DNA uptake lipoprotein  75.32 
 
 		 268 aa  370  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0545  DNA uptake lipoprotein  71.78 
 
 		 264 aa  367  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.686095  normal  0.234082 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2068  DNA uptake lipoprotein-like protein  56.86 
 
 		 276 aa  295  4e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.484771 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2430  DNA uptake lipoprotein  58.93 
 
 		 291 aa  279  4e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.233746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3100  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  51.54 
 
 		 306 aa  275  4e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.425844  normal  0.735542 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0941  competence lipoprotein ComL, putative  51.39 
 
 		 292 aa  264  1e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00347404  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3384  putative lipoprotein  46.54 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321347  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3296  putative lipoprotein  46.36 
 
 		 289 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4485  putative ComL lipoprotein  47.86 
 
 		 280 aa  239  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.159296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2006  putative lipoprotein  46.48 
 
 		 301 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4038  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  47.08 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.890375  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1752  competence protein ComL  44.62 
 
 		 287 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1288  putative lipoprotein  43.45 
 
 		 325 aa  229  3e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.571416  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1378  putative competence protein ComL  44.36 
 
 		 287 aa  227  1e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.374682  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6164  hypothetical protein  46.09 
 
 		 297 aa  227  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0345463 
 
 
-
 
NC_004310  BR1422  competence protein ComL, putative  44.36 
 
 		 287 aa  227  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.225309  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2748  competence lipoprotein ComL, putative  50.23 
 
 		 302 aa  223  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2880  hypothetical protein  42.15 
 
 		 289 aa  223  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7434  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  44.96 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0308132  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2414  hypothetical protein  46.37 
 
 		 279 aa  221  7e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00110974  normal  0.506898 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3162  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  45.49 
 
 		 319 aa  221  9e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2117  putative ComL lipoprotein  46.8 
 
 		 278 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.329697  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0330  putative lipoprotein  43.97 
 
 		 284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.654849  normal  0.880482 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0691  competence lipoprotein ComL, putative  44.27 
 
 		 283 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0174924  decreased coverage  0.000229911 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0792  TPR repeat-containing protein  46.8 
 
 		 278 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.452086  normal  0.559205 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0702  TPR repeat-containing protein  46.54 
 
 		 278 aa  219  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1060  putative lipoprotein  45.99 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.648337 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2348  putative lipoprotein  48.17 
 
 		 293 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2951  putative lipoprotein  47.03 
 
 		 291 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0171054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3178  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  47.03 
 
 		 291 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.121746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6695  putative lipoprotein  45.7 
 
 		 298 aa  214  9e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1999  putative lipoprotein  42.86 
 
 		 288 aa  214  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326397  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0699  DNA uptake lipoprotein-like protein  43.97 
 
 		 391 aa  214  1.9999999999999998e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.672659  normal  0.493581 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3135  putative lipoprotein  46.12 
 
 		 291 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.197593 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0755  DNA uptake lipoprotein-like protein  46.15 
 
 		 315 aa  212  5.999999999999999e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3496  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  47.06 
 
 		 288 aa  211  1e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.24524 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2072  hypothetical protein  44.04 
 
 		 288 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000986938 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2843  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  39 
 
 		 281 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0736024  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2584  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  38.61 
 
 		 281 aa  195  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000140761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0939  putative lipoprotein  39.53 
 
 		 279 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000292925  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0308  DNA uptake lipoprotein-like protein  34.24 
 
 		 302 aa  165  5.9999999999999996e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  36.99 
 
 		 261 aa  156  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.155827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0430  competence lipoprotein ComL, putative  37.19 
 
 		 251 aa  155  7e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.761714  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1005  putative competence protein ComL  32.38 
 
 		 250 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.372557  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0812  hypothetical protein  31.71 
 
 		 254 aa  143  3e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.391537  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1334  putative lipoprotein  29.41 
 
 		 255 aa  126  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000708503  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  31.45 
 
 		 273 aa  124  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.349753  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0920  putative transmembrane protein  30.4 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3128  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  32.3 
 
 		 269 aa  123  4e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01439  Competence lipoprotein ComL  29.17 
 
 		 254 aa  122  7e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  31.08 
 
 		 278 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3241  putative transmembrane protein  29.23 
 
 		 265 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.906255  normal  0.945315 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1343  transmembrane protein  29.48 
 
 		 271 aa  118  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0716  transmembrane protein  30.45 
 
 		 261 aa  118  7.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000618184  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0485  competence lipoprotein ComL, putative  29.77 
 
 		 235 aa  118  9e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0398845  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2236  putative lipoprotein  33.48 
 
 		 253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.351337  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1603  putative competence lipoprotein precursor  28.51 
 
 		 257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2315  putative transmembrane protein  30.15 
 
 		 268 aa  115  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2552  Acyl-(acyl-carrier-protein)--UDP-N- acetylglucosamine O-acyltransferase  29.67 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0201598  hitchhiker  0.00718988 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0922  putative transmembrane protein  30.6 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.357756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.69 
 
 		 285 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1627  hypothetical protein  28.06 
 
 		 289 aa  112  7.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0809  putative competence lipoprotein precursor  31.63 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0753158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1829  putative transmembrane protein  29.83 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0739498  normal  0.248165 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3500  putative transmembrane protein  29.92 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.390268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1899  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  29.83 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  30.8 
 
 		 266 aa  110  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  29.87 
 
 		 279 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.894464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.63 
 
 		 258 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2876  putative transmembrane protein  30.3 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.676791 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0814  putative competence lipoprotein precursor  31.3 
 
 		 254 aa  108  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.658327  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  29.22 
 
 		 267 aa  107  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  29.87 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2616  putative transmembrane protein  26.38 
 
 		 274 aa  105  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236094  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3916  putative lipoprotein  27.95 
 
 		 252 aa  104  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2179  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  28.87 
 
 		 268 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3014  putative lipoprotein  29.91 
 
 		 249 aa  103  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.6887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0496  competence lipoprotein ComL, putative  30.26 
 
 		 268 aa  103  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.4475  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3167  putative lipoprotein  26.77 
 
 		 268 aa  103  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0598273  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2004  putative transmembrane protein  27.13 
 
 		 274 aa  102  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.519821  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1001  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  27.2 
 
 		 243 aa  102  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742484  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2864  putative lipoprotein  27.57 
 
 		 253 aa  102  6e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000160081  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3160  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  27.24 
 
 		 289 aa  102  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1864  putative transmembrane protein  26.36 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2606  putative lipoprotein  25.63 
 
 		 283 aa  102  9e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000151596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0966  putative competence lipoprotein, ComL  29.02 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11930  competence protein ComL  26.67 
 
 		 337 aa  100  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3500  putative lipoprotein  27.35 
 
 		 282 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.538329  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1919  putative lipoprotein  27.13 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.527039  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1857  competence lipoprotein  27.09 
 
 		 293 aa  99.8  4e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2951  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.83 
 
 		 248 aa  99.4  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0644109  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2851  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  26.87 
 
 		 243 aa  99  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3352  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  27.8 
 
 		 243 aa  98.2  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.527935  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3478  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  27.8 
 
 		 243 aa  98.2  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.531576  normal  0.377875 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3215  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  27.8 
 
 		 243 aa  98.2  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00228309  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0666  putative lipoprotein  26.45 
 
 		 253 aa  97.8  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0926044  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0968  DNA uptake lipoprotein-like protein  30.62 
 
 		 330 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.579627 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04874  competence lipoprotein  28.34 
 
 		 277 aa  96.7  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5095  DNA uptake lipoprotein-like  26.81 
 
 		 274 aa  95.9  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.745504 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>