More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0366 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0366  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 531 aa  1085    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.136332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.11 
 
 		 533 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0946  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.83 
 
 		 538 aa  464  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.62 
 
 		 534 aa  435  1e-120  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1255  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.91 
 
 		 535 aa  431  1e-119  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000162528 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4938  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.53 
 
 		 533 aa  427  1e-118  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5026  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.53 
 
 		 533 aa  427  1e-118  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5319  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.72 
 
 		 533 aa  423  1e-117  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0918272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3554  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.42 
 
 		 540 aa  402  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.63 
 
 		 536 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.19 
 
 		 555 aa  389  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.06 
 
 		 542 aa  384  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0698  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.44 
 
 		 551 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763915  decreased coverage  0.00316946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  42.54 
 
 		 541 aa  382  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.77 
 
 		 551 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.46 
 
 		 541 aa  377  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.57 
 
 		 550 aa  377  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.68 
 
 		 602 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7484  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.57 
 
 		 540 aa  374  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.74 
 
 		 551 aa  375  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.2 
 
 		 552 aa  375  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.07 
 
 		 551 aa  373  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42 
 
 		 533 aa  370  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.42 
 
 		 540 aa  371  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.45 
 
 		 542 aa  371  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4528  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.45 
 
 		 550 aa  372  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.167866 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0398  GMC family oxidoreductase  41.84 
 
 		 544 aa  367  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1169  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.09 
 
 		 544 aa  368  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  40.27 
 
 		 574 aa  363  5.0000000000000005e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1712  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.41 
 
 		 536 aa  361  2e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.334858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.65 
 
 		 537 aa  359  5e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.52 
 
 		 541 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.71 
 
 		 561 aa  356  5.999999999999999e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.547606 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3358  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.49 
 
 		 550 aa  356  5.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.92 
 
 		 563 aa  356  6.999999999999999e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1579  GMC family oxidoreductase  38.26 
 
 		 538 aa  355  1e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.21 
 
 		 546 aa  354  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.89 
 
 		 539 aa  354  2e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.92 
 
 		 543 aa  354  2e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0530  choline dehydrogenase  40.45 
 
 		 570 aa  352  7e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.55 
 
 		 532 aa  352  8.999999999999999e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.87 
 
 		 534 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  42.06 
 
 		 544 aa  350  4e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4024  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.19 
 
 		 533 aa  349  6e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3292  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.19 
 
 		 533 aa  349  6e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  38.64 
 
 		 556 aa  349  6e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.02 
 
 		 531 aa  349  7e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691807  normal  0.0210476 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02642  choline dehydrogenase  39.77 
 
 		 552 aa  348  1e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0332  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.95 
 
 		 544 aa  347  2e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.77 
 
 		 534 aa  348  2e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  40.42 
 
 		 552 aa  347  2e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.18 
 
 		 538 aa  347  2e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  40.41 
 
 		 565 aa  347  3e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.47 
 
 		 569 aa  347  3e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  40.04 
 
 		 565 aa  347  5e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.47 
 
 		 569 aa  346  6e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  39.47 
 
 		 564 aa  346  7e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6373  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  39.7 
 
 		 540 aa  345  1e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3099  choline dehydrogenase  38.97 
 
 		 562 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0056  GMC family oxidoreductase  38.56 
 
 		 550 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000620913 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2458  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.23 
 
 		 554 aa  344  2e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.144677  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.46 
 
 		 549 aa  343  4e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.83 
 
 		 533 aa  343  5.999999999999999e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.604937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.38 
 
 		 548 aa  342  7e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010293  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.25 
 
 		 537 aa  342  1e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.674224  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0075  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.75 
 
 		 548 aa  342  1e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0217236  hitchhiker  0.000000000166725 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1949  GMC family oxidoreductase  38.11 
 
 		 550 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0586145  unclonable  0.000000512241 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0072  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.19 
 
 		 548 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000289824 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3611  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.37 
 
 		 534 aa  340  2.9999999999999998e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0016  GMC family oxidoreductase  39.04 
 
 		 571 aa  340  4e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  39.92 
 
 		 561 aa  339  5.9999999999999996e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3214  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.15 
 
 		 544 aa  339  7e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.05 
 
 		 559 aa  339  7e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  38.52 
 
 		 560 aa  339  8e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0715  choline dehydrogenase  39.47 
 
 		 572 aa  339  9e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00120252  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.35 
 
 		 577 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4081  choline dehydrogenase  38.62 
 
 		 560 aa  338  9.999999999999999e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.67 
 
 		 546 aa  339  9.999999999999999e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3287  hypothetical protein  40.53 
 
 		 533 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2869  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.96 
 
 		 531 aa  338  1.9999999999999998e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3020  choline dehydrogenase  40.23 
 
 		 553 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06179  choline dehydrogenase  38.11 
 
 		 569 aa  337  2.9999999999999997e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39 
 
 		 578 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3378  oxidoreductase, GMC family protein  38.42 
 
 		 561 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.869228  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2933  oxidoreductase, GMC family protein  38.42 
 
 		 561 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  38.42 
 
 		 561 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2991  oxidoreductase, GMC family protein  38.42 
 
 		 561 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  38.42 
 
 		 561 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  39.85 
 
 		 539 aa  336  7e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3916  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.49 
 
 		 570 aa  336  7.999999999999999e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0201  oxidoreductase, GMC family protein  38.24 
 
 		 561 aa  336  7.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.260049  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.43 
 
 		 561 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.71 
 
 		 550 aa  335  9e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.87 
 
 		 561 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5162  Choline dehydrogenase  39.25 
 
 		 541 aa  335  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0769143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4069  GMC family oxidoreductase  38.24 
 
 		 561 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  38.01 
 
 		 559 aa  335  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.19 
 
 		 555 aa  335  2e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  38.2 
 
 		 559 aa  334  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3734  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.13 
 
 		 539 aa  335  2e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.569573  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>