More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3454 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 		 244 aa  464  9.999999999999999e-131  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  86.07 
 
 		 244 aa  376  1e-103  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  54.62 
 
 		 246 aa  226  2e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  56.91 
 
 		 244 aa  223  1e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  55.51 
 
 		 244 aa  222  4.9999999999999996e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  55.92 
 
 		 243 aa  208  8e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  53.06 
 
 		 259 aa  207  1e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  53.85 
 
 		 245 aa  205  4e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  50.4 
 
 		 248 aa  203  2e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  55.74 
 
 		 243 aa  191  7e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  45.14 
 
 		 257 aa  185  5e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.58 
 
 		 246 aa  185  6e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  47.47 
 
 		 256 aa  184  8e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  49.59 
 
 		 255 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.41 
 
 		 247 aa  180  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  45.35 
 
 		 257 aa  179  4e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  48.97 
 
 		 262 aa  176  4e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.12 
 
 		 246 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  48.61 
 
 		 252 aa  172  5.999999999999999e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.76 
 
 		 251 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46 
 
 		 262 aa  171  1e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.08 
 
 		 242 aa  169  4e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.38 
 
 		 258 aa  167  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.53 
 
 		 248 aa  165  5e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.53 
 
 		 248 aa  165  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.53 
 
 		 248 aa  165  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  43.72 
 
 		 252 aa  162  6e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.02 
 
 		 257 aa  161  9e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  44.8 
 
 		 249 aa  159  3e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  45.78 
 
 		 250 aa  154  1e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  45.85 
 
 		 253 aa  154  2e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  40.62 
 
 		 253 aa  152  7e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  36.05 
 
 		 265 aa  128  9.000000000000001e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.06 
 
 		 265 aa  122  5e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.95 
 
 		 246 aa  122  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.69 
 
 		 249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.6 
 
 		 247 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 		 241 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  33.33 
 
 		 246 aa  108  8.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.25 
 
 		 246 aa  106  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  38.79 
 
 		 249 aa  105  7e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.62 
 
 		 249 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.05 
 
 		 257 aa  104  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.61 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.61 
 
 		 244 aa  103  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.9 
 
 		 263 aa  102  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  34.62 
 
 		 244 aa  102  8e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1993  protein of unknown function DUF558  35.22 
 
 		 250 aa  101  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.049099  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  31.54 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  25 
 
 		 249 aa  100  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  29.51 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.18 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.57 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  33.04 
 
 		 251 aa  99.4  5e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.75 
 
 		 247 aa  98.6  8e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.09 
 
 		 244 aa  98.2  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.6 
 
 		 247 aa  97.1  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.21 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.54 
 
 		 245 aa  96.7  3e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.39 
 
 		 260 aa  96.3  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  32.44 
 
 		 251 aa  95.9  5e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.88 
 
 		 251 aa  94.7  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  26.56 
 
 		 247 aa  94.4  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.25 
 
 		 244 aa  94  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.67 
 
 		 244 aa  93.6  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.4 
 
 		 258 aa  93.6  3e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.36 
 
 		 244 aa  93.2  3e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.03 
 
 		 247 aa  93.6  3e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  30.23 
 
 		 242 aa  93.2  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.12 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.9 
 
 		 250 aa  92.8  4e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.59 
 
 		 249 aa  92  7e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  31.62 
 
 		 239 aa  92  8e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.38 
 
 		 250 aa  92  8e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28 
 
 		 243 aa  92  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0097  protein of unknown function DUF558  36.32 
 
 		 250 aa  91.7  9e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  32.13 
 
 		 251 aa  91.3  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.33 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  28.69 
 
 		 245 aa  91.7  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  31.03 
 
 		 245 aa  91.3  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.31 
 
 		 260 aa  91.3  1e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 		 244 aa  91.3  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0546  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 		 244 aa  91.7  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00942051  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.42 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.15 
 
 		 256 aa  90.9  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  34.78 
 
 		 242 aa  90.5  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 		 239 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.78 
 
 		 251 aa  89.7  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.58 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.64 
 
 		 239 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.98 
 
 		 247 aa  89.4  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.59 
 
 		 243 aa  89  6e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  28.89 
 
 		 245 aa  89  7e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1646  protein of unknown function DUF558  33.05 
 
 		 291 aa  89  7e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.600892  hitchhiker  0.00800846 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.76 
 
 		 241 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  31.8 
 
 		 244 aa  88.6  9e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  32.35 
 
 		 244 aa  87.8  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>