More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0629 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_2714  acriflavin resistance protein  43.68 
 
 		 1017 aa  796    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.465626  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1353  putative multi-drug efflux protein  53.05 
 
 		 1025 aa  1120    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.434424  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1716  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  42.03 
 
 		 1014 aa  765    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.415389  normal  0.0804917 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000226  transporter AcrB/D/F family  52.11 
 
 		 1019 aa  1078    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.486029  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0675  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  52.45 
 
 		 1028 aa  1087    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3993  AcrB/AcrD/AcrF family metabolite exporter  50.98 
 
 		 1025 aa  1020    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0663  acriflavin resistance protein  75.44 
 
 		 1029 aa  1554    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4145  acriflavin resistance protein  54.45 
 
 		 1021 aa  1134    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.452141 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3696  acriflavin resistance protein  84.61 
 
 		 1025 aa  1751    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.42345  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1419  acriflavin resistance protein  51.47 
 
 		 1016 aa  1029    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1355  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  41.49 
 
 		 1016 aa  819    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000701931  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0629  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1028 aa  2088    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0667  acriflavin resistance protein  75.05 
 
 		 1029 aa  1542    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02665  transporter, AcrB/AcrD/AcrF family protein  41.72 
 
 		 1013 aa  790    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3512  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  50.54 
 
 		 1028 aa  948    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.270807  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0792  acriflavin resistance protein  43.02 
 
 		 1013 aa  820    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4315  acriflavin resistance protein  85.21 
 
 		 1028 aa  1779    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.142396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3642  acriflavin resistance protein  50.54 
 
 		 1028 aa  948    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.622959  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0670  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  48.33 
 
 		 1010 aa  973    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3572  acriflavin resistance protein  75.05 
 
 		 1027 aa  1536    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.17403  normal  0.560484 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0057  acriflavin resistance protein  43.33 
 
 		 1019 aa  857    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.663476  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003809  transporter AcrB/D/F family  54.11 
 
 		 1036 aa  1126    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2568  acriflavin resistance protein  47.4 
 
 		 1020 aa  958    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.456395  normal  0.0553814 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0466  acriflavin resistance protein  81.13 
 
 		 1024 aa  1672    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05963  hypothetical protein  52.7 
 
 		 1019 aa  1078    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1262  acriflavin resistance protein  40.57 
 
 		 1017 aa  766    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0594234  normal  0.65985 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3213  putative efflux protein  36.31 
 
 		 1027 aa  639    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1509  acriflavin resistance protein  52.54 
 
 		 1023 aa  1088    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.83923  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02530  acriflavin resistance protein ei VT8  52.52 
 
 		 1015 aa  1066    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.461741  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0848  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  50.44 
 
 		 1028 aa  945    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.377805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3849  acriflavin resistance protein  44.27 
 
 		 1009 aa  863    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.771942 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0631  acriflavin resistance protein  43.73 
 
 		 1016 aa  788    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.140124  normal  0.0944668 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2869  acriflavin resistance protein  51.76 
 
 		 1024 aa  1048    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00922852  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0696  acriflavin resistance protein  74.75 
 
 		 1027 aa  1523    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.627027  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3402  acriflavin resistance protein  74.75 
 
 		 1029 aa  1528    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.33342  hitchhiker  0.00241288 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0550  acriflavin resistance protein  74.95 
 
 		 1029 aa  1532    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1278  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  53.63 
 
 		 1032 aa  1110    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0731  acriflavin resistance protein  41.63 
 
 		 1013 aa  770    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.693134 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3722  acriflavin resistance protein  75.34 
 
 		 1029 aa  1553    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1436  acriflavin resistance protein  73.78 
 
 		 1021 aa  1538    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2777  acriflavin resistance protein  42.79 
 
 		 1014 aa  815    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.229132 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3665  acriflavin resistance protein  51.94 
 
 		 1029 aa  1035    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2116  acriflavin resistance protein  45.78 
 
 		 1043 aa  855    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1612  acriflavin resistance protein  41.7 
 
 		 1040 aa  837    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01877  hypothetical protein  53.57 
 
 		 1036 aa  1117    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1729  acriflavin resistance protein  49.8 
 
 		 1041 aa  998    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1915  acriflavin resistance protein  44.59 
 
 		 1056 aa  878    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.644442  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2294  acriflavin resistance protein  38.76 
 
 		 1012 aa  665    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0640  acriflavin resistance protein  75.34 
 
 		 1029 aa  1549    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1862  acriflavin resistance protein  36.43 
 
 		 1035 aa  620  1e-176  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635777 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2116  acriflavin resistance protein  36.43 
 
 		 1035 aa  620  1e-176  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0119534 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000655  transporter AcrB/D/F family  36.86 
 
 		 1020 aa  618  1e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.955615  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1917  acriflavin resistance protein  37.08 
 
 		 1035 aa  608  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.261287 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2427  acriflavin resistance protein  33.4 
 
 		 1019 aa  564  1.0000000000000001e-159  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179675 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1892  acriflavin resistance protein  31.83 
 
 		 1039 aa  554  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.71237  normal  0.251919 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2509  acriflavin resistance protein  31.98 
 
 		 1051 aa  554  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1563  acriflavin resistance protein  31.56 
 
 		 1039 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.324661  normal  0.366734 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1654  transmembrane drug efflux protein  31.36 
 
 		 1039 aa  548  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.556775 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2563  AcrB/AcrD/AcrF family protein  32.16 
 
 		 1019 aa  547  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0745  AcrB/AcrD/AcrF family protein  31.33 
 
 		 1027 aa  545  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1373  acriflavin resistance protein  31.14 
 
 		 1036 aa  545  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167404  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3409  acriflavin resistance protein  30.43 
 
 		 1018 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.532755 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1942  acriflavin resistance protein  31.91 
 
 		 1036 aa  542  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5089  acriflavin resistance protein  30.98 
 
 		 1023 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0880645  normal  0.0178395 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2827  acriflavin resistance protein  31.27 
 
 		 1053 aa  536  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0321922 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4221  acriflavin resistance protein  30.78 
 
 		 1046 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592622  normal  0.234166 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4376  acriflavin resistance protein  31.2 
 
 		 1041 aa  539  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.980623  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3001  cation-multidrug efflux pump  32.75 
 
 		 1025 aa  536  1e-150  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1453  acriflavin resistance protein  30.57 
 
 		 1031 aa  534  1e-150  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1461  acriflavin resistance protein  30.36 
 
 		 1067 aa  534  1e-150  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.680288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2959  acriflavin resistance protein  30.95 
 
 		 1071 aa  534  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00263635 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5369  acriflavin resistance protein  30.49 
 
 		 1023 aa  531  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.575486 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0914  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  30.34 
 
 		 1024 aa  531  1e-149  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0857  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  30.44 
 
 		 1024 aa  530  1e-149  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.634925  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2172  acriflavin resistance protein  30.33 
 
 		 1016 aa  532  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244345  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4928  acriflavin resistance protein  29.59 
 
 		 1019 aa  526  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2039  RND family mulitdrug efflux protein  29.56 
 
 		 1025 aa  529  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1357  acriflavin resistance protein  29.95 
 
 		 1046 aa  528  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2039  acriflavin resistance protein  30.14 
 
 		 1018 aa  528  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0940765 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4073  acriflavin resistance protein  30.49 
 
 		 1046 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1393  acriflavin resistance protein  31.25 
 
 		 1014 aa  525  1e-147  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2028  acriflavin resistance protein  30.27 
 
 		 1089 aa  523  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.393599  normal  0.145854 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1308  AcrB/AcrD/AcrF family protein  29.93 
 
 		 1036 aa  525  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2235  acriflavin resistance protein  31.91 
 
 		 1022 aa  526  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5080  acriflavin resistance protein  31.68 
 
 		 1017 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.373906 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2751  acriflavin resistance protein  31.23 
 
 		 1041 aa  520  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212655  normal  0.287815 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5173  acriflavin resistance protein  31.48 
 
 		 1017 aa  521  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.181965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1126  acriflavin resistance protein  30.97 
 
 		 1049 aa  520  1e-146  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0566476  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1290  putative transmembrane drug efflux protein  30.87 
 
 		 1041 aa  522  1e-146  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0890171 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0289  acriflavin resistance protein  31.42 
 
 		 1021 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.461457 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1207  acriflavin resistance protein  30.97 
 
 		 1049 aa  520  1e-146  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.372484 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2531  transmembrane drug efflux protein  31.21 
 
 		 1022 aa  518  1.0000000000000001e-145  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.231236  normal  0.199392 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1047  acriflavin resistance protein  31.44 
 
 		 1021 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0882711 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1552  acriflavin resistance protein  30.51 
 
 		 1060 aa  519  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1967  RND family multidrug efflux protein  30.58 
 
 		 1045 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.585173  normal  0.0103305 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1082  acriflavin resistance protein  30.8 
 
 		 1044 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5275  acriflavin resistance protein  30.77 
 
 		 1054 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0105172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1661  acriflavin resistance protein  31.04 
 
 		 1047 aa  514  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.349766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2293  acriflavin resistance protein  30.87 
 
 		 1042 aa  513  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1266  acriflavin resistance protein  31.29 
 
 		 1040 aa  516  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>