130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4319 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4319  type III effector Hrp-dependent outers  100 
 
 		 426 aa  832    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.369903  normal  0.109983 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5010  type III effector Hrp-dependent outers  79.16 
 
 		 426 aa  655    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.447343  normal  0.232988 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5306  type III effector Hrp-dependent outers  79.16 
 
 		 426 aa  645    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.795374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4654  type III effector Hrp-dependent outers  66.9 
 
 		 422 aa  528  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0582595  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1856  type III effector Hrp-dependent outers  65.65 
 
 		 425 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2624  type III effector Hrp-dependent outers  68.24 
 
 		 437 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.194247 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1132  type III effector Hrp-dependent outers  65.18 
 
 		 424 aa  501  1e-140  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669095  normal  0.332912 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2087  type III effector Hrp-dependent outers  63.23 
 
 		 425 aa  501  1e-140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1025  type III effector Hrp-dependent outers  66.59 
 
 		 426 aa  493  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2899  hypothetical protein  64.66 
 
 		 396 aa  481  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.328998  normal  0.0946557 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2429  type III effector Hrp-dependent outer protein  60.24 
 
 		 424 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.668681  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1426  Type III effector Hrp-dependent outers  50.82 
 
 		 432 aa  364  2e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0125236  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1836  type III effector Hrp-dependent protein  50.12 
 
 		 422 aa  360  2e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0425276  normal  0.0754586 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4551  type III effector Hrp-dependent outers  49.17 
 
 		 432 aa  358  9e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4878  type III effector Hrp-dependent outers  47.11 
 
 		 427 aa  355  1e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.289399  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3211  type III effector Hrp-dependent outers  48.59 
 
 		 433 aa  353  4e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5156  type III effector Hrp-dependent outers  48.59 
 
 		 433 aa  353  4e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.426256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5123  type III effector Hrp-dependent outers  48.59 
 
 		 433 aa  352  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0465  HopAN1 protein  48.11 
 
 		 429 aa  350  3e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1633  type III effector Hrp-dependent outers  43.95 
 
 		 425 aa  348  8e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0471944  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2460  type III effector Hrp-dependent outers  47.32 
 
 		 423 aa  347  2e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5074  type III effector Hrp-dependent outers  49.41 
 
 		 432 aa  346  4e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3499  type III effector Hrp-dependent outers  47.99 
 
 		 428 aa  345  7e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal  0.226955 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0477  Type III effector Hrp-dependent outer proteins  48.36 
 
 		 433 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.626893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0976  YgbK domain-containing protein  48.86 
 
 		 447 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3179  type III effector Hrp-dependent outers  47.56 
 
 		 423 aa  338  9e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5930  type III effector Hrp-dependent outers  47.09 
 
 		 436 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3142  Type III effector Hrp-dependent outers  48.58 
 
 		 422 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0891  hypothetical protein  48.52 
 
 		 447 aa  334  1e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4424  type III effector Hrp-dependent outers  47.8 
 
 		 439 aa  333  4e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.250365  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0576  hypothetical protein  47.65 
 
 		 455 aa  332  1e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0439  type III effector Hop protein  47.65 
 
 		 455 aa  331  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0445  type III effector Hrp-dependent outers  47.54 
 
 		 423 aa  331  1e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1921  hypothetical protein  47.65 
 
 		 455 aa  331  1e-89  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282546  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2014  YgbK domain-containing protein  47.43 
 
 		 455 aa  331  2e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.423733  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0117  type III effector Hrp-dependent outers  44.71 
 
 		 424 aa  330  4e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6836  type III effector Hrp-dependent outers  45.88 
 
 		 432 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2171  hypothetical protein  47.32 
 
 		 436 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.23795 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0111  type III effector Hrp-dependent outers  44.47 
 
 		 424 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1858  hypothetical protein  46.81 
 
 		 463 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2550  type III effector Hrp-dependent outers  40.9 
 
 		 417 aa  325  9e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.170607  normal  0.0125986 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2810  type III effector Hrp-dependent outers  46.77 
 
 		 427 aa  322  7e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403245 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0013  secretion system component  41.37 
 
 		 413 aa  319  5e-86  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5061  HopAN1 protein  46.31 
 
 		 404 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.819559  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04751  4-hydroxythreonine-4-phosphate dehydrogenase  40.42 
 
 		 418 aa  314  1.9999999999999998e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3733  type III effector Hrp-dependent outers  46.59 
 
 		 437 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3410  type III effector Hrp-dependent outers  46.17 
 
 		 437 aa  309  6.999999999999999e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0133  hypothetical protein  44.39 
 
 		 424 aa  306  6e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.875306  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1491  type III effector Hrp-dependent outers  41.27 
 
 		 420 aa  300  3e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5144  type III effector Hrp-dependent outers  46.84 
 
 		 422 aa  300  3e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0148  hypothetical protein  44.05 
 
 		 424 aa  300  4e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3038  YgbK domain protein  40.62 
 
 		 420 aa  299  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3122  YgbK domain protein  40.62 
 
 		 420 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.827819  normal  0.0402148 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3067  YgbK domain protein  40.62 
 
 		 420 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.836536  normal  0.565897 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3226  YgbK domain-containing protein  40.62 
 
 		 420 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3106  YgbK domain-containing protein  40.62 
 
 		 420 aa  296  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2875  YgbK domain-containing protein  40.61 
 
 		 420 aa  288  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0975  type III effector Hrp-dependent outers  40.61 
 
 		 420 aa  288  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.847022  normal  0.745569 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3034  YgbK domain-containing protein  40.8 
 
 		 420 aa  288  2e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3383  type III effector Hrp-dependent outers  43.76 
 
 		 419 aa  287  2.9999999999999996e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.672659 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02587  hypothetical protein  40.14 
 
 		 420 aa  285  8e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2748  hypothetical protein  40.05 
 
 		 434 aa  270  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.591939  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2826  type III effector Hrp-dependent outers  40.05 
 
 		 434 aa  270  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02552  hypothetical protein  39.95 
 
 		 390 aa  269  7e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1458  hypothetical protein  39.81 
 
 		 434 aa  268  2e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.470793  normal  0.510032 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0951  type III effector Hrp-dependent outers  40.51 
 
 		 388 aa  265  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2486  type III effector Hrp-dependent outers  40.48 
 
 		 511 aa  244  1.9999999999999999e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1552  hypothetical protein  45.2 
 
 		 418 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.531117 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2332  type III effector Hrp-dependent outers  42.26 
 
 		 416 aa  238  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.411817 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1552  type III effector Hrp-dependent outers  39.56 
 
 		 466 aa  230  4e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3730  type III effector Hrp-dependent outers  39.49 
 
 		 417 aa  211  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1111  hypothetical protein  31.21 
 
 		 419 aa  168  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2139  type III effector Hrp-dependent outers  28.45 
 
 		 461 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.22069  normal  0.491998 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1279  type III effector Hrp-dependent outers  31.26 
 
 		 432 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11969  normal  0.613819 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2923  type III effector Hrp-dependent outers  31.77 
 
 		 474 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4761  type III effector Hrp-dependent outers  31.51 
 
 		 448 aa  120  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.410984  normal  0.655065 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2746  type III effector Hrp-dependent outers  26.88 
 
 		 469 aa  113  7.000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2589  type III effector Hrp-dependent protein  33.71 
 
 		 410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0094  type III effector Hrp-dependent outers  28.22 
 
 		 457 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3064  type III effector Hrp-dependent outers  31.19 
 
 		 429 aa  106  8e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0194  putative inner membrane protein  28.77 
 
 		 423 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0205992  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2419  type III effector Hrp-dependent outers  31.46 
 
 		 458 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.962689  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0031  type III effector Hrp-dependent outers  28.6 
 
 		 449 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0178  hypothetical protein  28.31 
 
 		 423 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00679678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0177  putative inner membrane protein  28.31 
 
 		 423 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0181  hypothetical protein  28.11 
 
 		 423 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00188424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3121  type III effector Hrp-dependent outers  28.19 
 
 		 437 aa  99  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00404203 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3066  type III effector Hrp-dependent outers  29.09 
 
 		 448 aa  99.4  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.519748  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4650  type III effector Hrp-dependent outers  29.45 
 
 		 444 aa  98.6  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.393899  normal  0.347719 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1068  type III effector Hrp-dependent outer protein  31.64 
 
 		 463 aa  94.7  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1847  type III effector Hrp-dependent outer  26.15 
 
 		 463 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0264815 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3436  type III effector Hrp-dependent outers  30.13 
 
 		 455 aa  92  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.211838  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0128  hypothetical protein  28.15 
 
 		 427 aa  89.7  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5643  type III effector Hrp-dependent outer  28.48 
 
 		 469 aa  88.6  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.856897  hitchhiker  0.00122307 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0691  type III effector Hrp-dependent outers  29.86 
 
 		 422 aa  87.4  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.224944  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3378  hypothetical protein  30.14 
 
 		 262 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2422  type III effector Hrp-dependent outers  29.74 
 
 		 381 aa  82.4  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.242091  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0648  type III effector Hrp-dependent outers  29.59 
 
 		 428 aa  82.4  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0726  Type III effector Hrp-dependent outers  26.84 
 
 		 430 aa  81.3  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00533743  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6106  hypothetical protein  27.78 
 
 		 432 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>