59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2953 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2953  hypothetical protein  100 
 
 		 213 aa  442  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1682  hypothetical protein  88.26 
 
 		 213 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.831757 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1863  hypothetical protein  86.85 
 
 		 213 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.285265  normal  0.687336 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3989  hypothetical protein  70.89 
 
 		 214 aa  327  6e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3453  hypothetical protein  56.07 
 
 		 217 aa  264  8.999999999999999e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318232 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4406  hypothetical protein  57.01 
 
 		 217 aa  263  1e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.192664  normal  0.135313 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4188  hypothetical protein  55.87 
 
 		 214 aa  234  7e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3860  hypothetical protein  54.93 
 
 		 214 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0231605  normal  0.114316 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3102  hypothetical protein  54.63 
 
 		 216 aa  232  4.0000000000000004e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0783831 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0465  hypothetical protein  47.25 
 
 		 216 aa  190  1e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0136  hypothetical protein  43.19 
 
 		 225 aa  179  2e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1600  hypothetical protein  41.67 
 
 		 227 aa  168  5e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988724  normal  0.695323 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0067  hypothetical protein  39.04 
 
 		 232 aa  160  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0120  hypothetical protein  41.2 
 
 		 221 aa  156  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20450  hypothetical protein  39.47 
 
 		 234 aa  156  2e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01580  hypothetical protein  37.72 
 
 		 248 aa  155  5.0000000000000005e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0085  hypothetical protein  36.4 
 
 		 232 aa  154  1e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0975  hypothetical protein  37.61 
 
 		 236 aa  153  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0630914 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1192  hypothetical protein  35.09 
 
 		 228 aa  143  2e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00959683  normal  0.311825 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6311  hypothetical protein  40.55 
 
 		 220 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.566642 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1518  hypothetical protein  40.55 
 
 		 220 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6969  hypothetical protein  40.09 
 
 		 220 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5793  hypothetical protein  36.57 
 
 		 233 aa  133  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.243711 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5101  hypothetical protein  34.27 
 
 		 228 aa  124  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.204756  normal  0.111259 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0511  membrane-bound dehydrogenase domain protein  27.98 
 
 		 1265 aa  80.9  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4442  hypothetical protein  29.68 
 
 		 219 aa  79.7  0.00000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0485245  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2803  membrane-bound dehydrogenase domain protein  27.45 
 
 		 1503 aa  74.3  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.772746  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4698  membrane-bound dehydrogenase domain protein  33.1 
 
 		 1180 aa  72  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.159588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0831  secreted glycosyl hydrolase  26.34 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4288  membrane-bound dehydrogenase domain protein  24.88 
 
 		 1274 aa  59.7  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3547  hypothetical protein  30.43 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1382  glycosyl hydrolase  30.71 
 
 		 296 aa  53.9  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.213541  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2875  hypothetical protein  24.06 
 
 		 228 aa  53.9  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.398365 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1437  membrane-bound dehydrogenase domain protein  28.87 
 
 		 1171 aa  53.1  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.223688  normal  0.0591317 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2274  hypothetical protein  27.27 
 
 		 243 aa  53.1  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.507054 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3256  hypothetical protein  30.63 
 
 		 351 aa  52.4  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.304982  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4699  hypothetical protein  26.9 
 
 		 243 aa  52  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.474373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4304  protein of unknown function DUF1037  23.08 
 
 		 285 aa  51.2  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.456922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1906  hypothetical protein  24.64 
 
 		 233 aa  51.2  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7911  hypothetical protein  23.5 
 
 		 392 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1372  sigma-70 factor  24.38 
 
 		 247 aa  49.7  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.10102  normal  0.203538 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1804  hypothetical protein  24.23 
 
 		 276 aa  47.8  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.261769  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2322  protein of unknown function DUF1080  22.33 
 
 		 1444 aa  47.8  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.205839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4030  PKD domain containing protein  21.94 
 
 		 1182 aa  47  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.775047 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4538  hypothetical protein  28.44 
 
 		 290 aa  46.2  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0275466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1732  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 232 aa  45.8  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.901856  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0811  hypothetical protein  24.44 
 
 		 245 aa  45.4  0.0006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.8275 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5054  PKD domain containing protein  24.24 
 
 		 1135 aa  45.1  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1544  hypothetical protein  25.71 
 
 		 326 aa  44.3  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.377212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0382  hypothetical protein  26.36 
 
 		 245 aa  44.3  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2188  cytochrome c class I  24.46 
 
 		 1151 aa  43.5  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2320  hypothetical protein  28 
 
 		 375 aa  43.9  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3305  hypothetical protein  23.36 
 
 		 218 aa  43.5  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0127879 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11080  glucose/sorbosone dehydrogenase  24.75 
 
 		 1505 aa  43.1  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.120578  normal  0.319442 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3566  hypothetical protein  26.26 
 
 		 314 aa  42.7  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.35008  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0059  hypothetical protein  25.24 
 
 		 222 aa  42.4  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.132757  decreased coverage  0.00597084 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06130  hypothetical protein  25.56 
 
 		 246 aa  42.4  0.006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1220  sigma-70 factor  24.02 
 
 		 260 aa  42  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0178676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4674  hypothetical protein  25 
 
 		 279 aa  41.6  0.009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.929518  normal  0.751673 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>