More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2450 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2450  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 554 aa  1130    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.389651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.91 
 
 		 537 aa  543  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6248  Choline dehydrogenase  51.15 
 
 		 540 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.430458  normal  0.749743 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4277  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.79 
 
 		 553 aa  476  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.968608 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3197  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.37 
 
 		 547 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0130434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0884  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.25 
 
 		 553 aa  464  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.275807  normal  0.461656 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4183  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.74 
 
 		 557 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000160741 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  46.12 
 
 		 556 aa  444  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  43.3 
 
 		 544 aa  435  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  44.81 
 
 		 556 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  44.81 
 
 		 556 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  44.81 
 
 		 556 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  43.22 
 
 		 545 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.38 
 
 		 551 aa  431  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.07 
 
 		 551 aa  427  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2659  GMC oxidoreductase  43.9 
 
 		 549 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1833  GMC oxidoreductase  43.9 
 
 		 549 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2719  GMC oxidoreductase  43.9 
 
 		 549 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.972032  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3144  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.6 
 
 		 521 aa  424  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6980  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.74 
 
 		 556 aa  425  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0315325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3294  GMC oxidoreductase  43.9 
 
 		 549 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.38455  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6322  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.55 
 
 		 556 aa  423  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.942942 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1507  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.53 
 
 		 548 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.23617  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  43.43 
 
 		 551 aa  417  9.999999999999999e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  43.61 
 
 		 551 aa  417  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  43.07 
 
 		 541 aa  418  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.87 
 
 		 542 aa  415  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.94 
 
 		 531 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691807  normal  0.0210476 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.25 
 
 		 530 aa  408  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3579  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.64 
 
 		 539 aa  408  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000745521  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.24 
 
 		 532 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  40.44 
 
 		 550 aa  400  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0557  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.99 
 
 		 535 aa  402  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.5 
 
 		 563 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1098  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.98 
 
 		 529 aa  399  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.46 
 
 		 552 aa  397  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.42 
 
 		 541 aa  395  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.6 
 
 		 538 aa  396  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.65 
 
 		 531 aa  394  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2890  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.23 
 
 		 534 aa  395  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.561362  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.62 
 
 		 549 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3910  Choline dehydrogenase  44.67 
 
 		 531 aa  395  1e-108  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.78 
 
 		 529 aa  394  1e-108  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  39.4 
 
 		 574 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.27 
 
 		 544 aa  388  1e-106  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.59 
 
 		 546 aa  388  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.72 
 
 		 543 aa  387  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  39.64 
 
 		 559 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3158  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.04 
 
 		 537 aa  384  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0331  GMC oxidoreductase  41.86 
 
 		 557 aa  382  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.43 
 
 		 531 aa  385  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.17 
 
 		 541 aa  384  1e-105  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  40.07 
 
 		 559 aa  384  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  41.62 
 
 		 534 aa  383  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.27 
 
 		 542 aa  382  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.27 
 
 		 550 aa  384  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  40.68 
 
 		 544 aa  379  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4502  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.82 
 
 		 537 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.618837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  43.15 
 
 		 531 aa  380  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.57 
 
 		 539 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4211  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.02 
 
 		 559 aa  381  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.380149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.45 
 
 		 536 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.96 
 
 		 531 aa  379  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4865  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.92 
 
 		 539 aa  377  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69396  normal  0.438414 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.65 
 
 		 541 aa  375  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  40.49 
 
 		 570 aa  377  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  39.2 
 
 		 559 aa  373  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  39.6 
 
 		 547 aa  373  1e-102  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.06 
 
 		 555 aa  375  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.82 
 
 		 540 aa  374  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.71 
 
 		 537 aa  372  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.49 
 
 		 528 aa  373  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3803  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  40.84 
 
 		 548 aa  375  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363471 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4942  choline dehydrogenase  42.14 
 
 		 520 aa  373  1e-102  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.953244  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.5 
 
 		 557 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6221  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.22 
 
 		 551 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.768834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  41.34 
 
 		 553 aa  372  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.85 
 
 		 518 aa  371  1e-101  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.85 
 
 		 577 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2513  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.36 
 
 		 571 aa  371  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0138495  normal  0.356512 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.85 
 
 		 561 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0353  choline dehydrogenase  38.69 
 
 		 539 aa  369  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.87 
 
 		 534 aa  370  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  39.26 
 
 		 539 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4518  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.74 
 
 		 550 aa  366  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.66 
 
 		 578 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.66 
 
 		 578 aa  368  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.66 
 
 		 578 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.98 
 
 		 544 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3214  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.79 
 
 		 544 aa  365  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3067  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.29 
 
 		 546 aa  368  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.766547 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.49 
 
 		 551 aa  365  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  37.22 
 
 		 534 aa  364  2e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3919  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.27 
 
 		 572 aa  364  2e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3521  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.96 
 
 		 555 aa  365  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.597773 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3115  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.52 
 
 		 546 aa  364  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4030  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.27 
 
 		 534 aa  363  3e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.7 
 
 		 551 aa  364  3e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.74 
 
 		 556 aa  363  5.0000000000000005e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.88 
 
 		 546 aa  362  7.0000000000000005e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.344578 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>