200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1228 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  92.63 
 
 		 380 aa  706    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  93.62 
 
 		 376 aa  714    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  100 
 
 		 375 aa  758    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  77.69 
 
 		 374 aa  578  1e-164  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  60.95 
 
 		 356 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  64.32 
 
 		 361 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  61.68 
 
 		 356 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  60.26 
 
 		 361 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  60.26 
 
 		 361 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  42.05 
 
 		 325 aa  271  1e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  40.53 
 
 		 340 aa  251  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  40.22 
 
 		 321 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  36.68 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  38.5 
 
 		 364 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  36.66 
 
 		 340 aa  205  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  37.47 
 
 		 336 aa  204  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  29.32 
 
 		 321 aa  145  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  29.49 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  28.37 
 
 		 393 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  31.78 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  29.1 
 
 		 350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  28.29 
 
 		 330 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  29.17 
 
 		 345 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 345 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  28.93 
 
 		 336 aa  117  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  27.35 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  27.92 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  27.56 
 
 		 336 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  27.64 
 
 		 334 aa  116  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  27.64 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  27.76 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  29.09 
 
 		 327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  25.75 
 
 		 336 aa  113  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  25.35 
 
 		 340 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  27.37 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  27.78 
 
 		 363 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  26.74 
 
 		 323 aa  98.6  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  26.21 
 
 		 342 aa  90.9  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  26.42 
 
 		 360 aa  90.5  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 351 aa  89.4  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  24.4 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  25.35 
 
 		 360 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  33.9 
 
 		 296 aa  82.4  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  35.25 
 
 		 337 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  35.25 
 
 		 337 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  35.25 
 
 		 337 aa  81.3  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  35.25 
 
 		 337 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  35.25 
 
 		 337 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  35.25 
 
 		 337 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  35.25 
 
 		 337 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  22.22 
 
 		 341 aa  77.4  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  25.71 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  26.24 
 
 		 380 aa  72.8  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 352 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  31.09 
 
 		 189 aa  67  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  31.09 
 
 		 189 aa  67  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  36.08 
 
 		 332 aa  66.2  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  28.89 
 
 		 448 aa  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2049  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 325 aa  65.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.055212  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1214  hypothetical protein  34.65 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  41.94 
 
 		 291 aa  63.5  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4326  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 343 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.137482  hitchhiker  0.0000000466309 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  27.5 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1623  hypothetical protein  37.5 
 
 		 378 aa  62  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0072792  hitchhiker  0.000000117284 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  34.09 
 
 		 334 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1724  XRE family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 339 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1751  XRE family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 339 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  27.5 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 335 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0990  transcriptional regulator, XRE family  25.17 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1837  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  40.51 
 
 		 331 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1821  hypothetical protein  35 
 
 		 406 aa  60.5  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0124025  normal  0.382014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  30.7 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3391  transcriptional regulator  40.43 
 
 		 322 aa  60.1  0.00000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  30.7 
 
 		 326 aa  60.5  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  28.46 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0955  hypothetical protein  30.23 
 
 		 357 aa  59.3  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1596  XRE family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 285 aa  59.3  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778872  normal  0.350222 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0288  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 345 aa  58.9  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.504804 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1462  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 334 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0280424  normal  0.570338 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  29.51 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  29.51 
 
 		 348 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1363  hypothetical protein  28.99 
 
 		 294 aa  58.2  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.753164  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  21.93 
 
 		 331 aa  57.8  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  30 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  30 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1421  XRE family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 369 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0333143 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1011  hypothetical protein  24.17 
 
 		 436 aa  57.4  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0754154  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1659  transcriptional regulator, XRE family  29.22 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232922 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1094  hypothetical protein  36.51 
 
 		 243 aa  57  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0688912 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0849  Cro/CI family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 130 aa  56.6  0.0000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1789  XRE family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1689  XRE family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 342 aa  56.6  0.0000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0347421 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2318  hypothetical protein  36.36 
 
 		 565 aa  56.2  0.0000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.115468  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3307  hypothetical protein  26.97 
 
 		 248 aa  55.8  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.189591  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3541  hypothetical protein  30.99 
 
 		 289 aa  55.5  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0867414  normal  0.328029 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0434  transcriptional regulator, putative  27.97 
 
 		 289 aa  55.5  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0121378  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3501  helix-turn-helix domain-containing protein  39.34 
 
 		 329 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1204  hypothetical protein  37.1 
 
 		 338 aa  55.5  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00102705  normal  0.560918 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>