158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3080 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3080  thiol:disulfide interchange protein, putative  100 
 
 
179 aa  360  5.0000000000000005e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3095  thiol:disulfide interchange protein, putative  41.56 
 
 
177 aa  136  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3319  thiol:disulfide interchange protein, putative  42.69 
 
 
180 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3134  thiol:disulfide interchange protein, putative  37.71 
 
 
181 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3226  thiol:disulfide interchange protein, putative  37.71 
 
 
181 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.291039  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3330  thiol:disulfide interchange protein, putative  38.29 
 
 
183 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1029  thiol:disulfide interchange protein, putative  38.29 
 
 
183 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.357817  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1062  thiol:disulfide interchange protein, putative  38.29 
 
 
183 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3659  thiol:disulfide interchange protein, putative  39.13 
 
 
181 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0973  thiol:disulfide interchange protein, putative  38.82 
 
 
199 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.156553  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0960  thiol:disulfide interchange protein, putative  38.16 
 
 
183 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0888  thiol:disulfide interchange protein, putative  37.5 
 
 
181 aa  123  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3550  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  38.24 
 
 
710 aa  120  9e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2836  thiol:disulfide interchange protein, putative  36.67 
 
 
179 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.399534 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  47.24 
 
 
734 aa  112  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0758  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  37.93 
 
 
702 aa  109  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0114  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  48.18 
 
 
703 aa  108  6e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.453155  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3005  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  46.36 
 
 
683 aa  105  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.123614  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4153  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.57 
 
 
703 aa  105  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00759916  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4225  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.29 
 
 
703 aa  105  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3200  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  46.36 
 
 
685 aa  104  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  45.45 
 
 
703 aa  103  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4357  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.86 
 
 
703 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3407  thiol:disulfide interchange protein DsbD  44.44 
 
 
703 aa  101  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.325788  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3058  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  41.38 
 
 
715 aa  99.8  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5139  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.32 
 
 
700 aa  99.4  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228449  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  35.26 
 
 
703 aa  98.6  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3350  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  45.13 
 
 
678 aa  97.4  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  38.18 
 
 
709 aa  95.9  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  38.18 
 
 
709 aa  95.9  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  43.09 
 
 
628 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3686  putative suppressor for copper-sensitivity B  38.85 
 
 
702 aa  93.2  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141878  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  43.09 
 
 
628 aa  92  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  43.09 
 
 
628 aa  92  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  43.09 
 
 
628 aa  92  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1189  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  42.28 
 
 
628 aa  89  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289009  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  31.55 
 
 
745 aa  87.8  7e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0156  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like protein  35.42 
 
 
748 aa  83.2  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1620  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  44.21 
 
 
758 aa  81.3  0.000000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0623466  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1689  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  44.21 
 
 
758 aa  81.3  0.000000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03010  C-type cytochrome biogenesis protein  40.82 
 
 
757 aa  77.8  0.00000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4257  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like  36.11 
 
 
738 aa  77.8  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4691  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.58 
 
 
738 aa  76.6  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.937324 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2160  hypothetical protein  40 
 
 
708 aa  75.9  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1489  putative ThiO:disulfide interchange protein  34.11 
 
 
725 aa  74.7  0.0000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3630  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  40.62 
 
 
794 aa  74.3  0.0000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.302281  normal  0.687472 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2043  thiol-disulfide interchange protein-like protein  35.29 
 
 
701 aa  72.8  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.476424  normal  0.478834 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3127  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.26 
 
 
738 aa  72.4  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.26 
 
 
738 aa  72  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.94 
 
 
715 aa  71.6  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0748  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  32.59 
 
 
724 aa  70.5  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00532426  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0587  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.94 
 
 
798 aa  70.1  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0814  C-type cytochrome biogenesis protein  31.43 
 
 
597 aa  69.3  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1843  thiol-disulfide interchange protein DsbD precursor-like protein  33.33 
 
 
713 aa  68.2  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7374  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.95 
 
 
725 aa  65.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4456  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.26 
 
 
755 aa  65.5  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6628  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.75 
 
 
734 aa  65.1  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4798  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.4 
 
 
709 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.379301  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0567  glucan 1,4-alpha-glucosidase  29.94 
 
 
696 aa  63.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0442457  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2864  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.18 
 
 
675 aa  63.2  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.259358  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0860  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.9 
 
 
409 aa  62  0.000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4360  thiol:disulfide interchange protein  37.84 
 
 
603 aa  62  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0322676  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2713  thiol:disulfide interchange protein  31.53 
 
 
689 aa  62  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4075  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.09 
 
 
686 aa  61.2  0.000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4648  thiol:disulfide interchange protein, putative  32.32 
 
 
715 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.938928 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4281  thiol:disulfide interchange protein, putative  29.75 
 
 
692 aa  60.5  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294342  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1068  C-type cytochrome family protein  35.51 
 
 
406 aa  60.5  0.00000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.876308  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0043  thiol:disulfide interchange protein  33.67 
 
 
686 aa  60.5  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.391259 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0730  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.56 
 
 
717 aa  60.8  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.68 
 
 
704 aa  59.7  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00681901 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4244  protein-disulfide reductase  28.18 
 
 
600 aa  59.3  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0565  thiol:disulfide interchange protein, putative  30.58 
 
 
726 aa  59.3  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.6 
 
 
396 aa  58.5  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.422628  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4907  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.21 
 
 
602 aa  58.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.955907 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0135  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34 
 
 
596 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.276724  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2791  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.9 
 
 
686 aa  56.6  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0343  Thiol:disulfide interchange protein-like protein  24.34 
 
 
776 aa  54.7  0.0000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0708911  normal  0.0124228 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0123  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40.3 
 
 
591 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0310589 
 
 
-
 
NC_002620  TC0884  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  30 
 
 
692 aa  53.9  0.000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25686  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3390  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.85 
 
 
410 aa  53.9  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0542  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.68 
 
 
686 aa  54.3  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0583  thiol:disulfide interchange protein precursor  37.84 
 
 
610 aa  53.5  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1063  thiol:disulfide interchange protein  33.33 
 
 
698 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382078  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0621  thiol:disulfide interchange protein precursor  31.37 
 
 
585 aa  51.2  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.46991  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4858  thiol:disulfide interchange protein DsbD  33.7 
 
 
604 aa  51.2  0.000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  32.91 
 
 
604 aa  50.8  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.97 
 
 
613 aa  49.7  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  35.14 
 
 
610 aa  49.3  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  35.14 
 
 
619 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.97 
 
 
613 aa  49.7  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0237355 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  35.14 
 
 
619 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2329  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.24 
 
 
606 aa  48.9  0.00004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0733929  normal  0.104839 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4142  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.15 
 
 
581 aa  48.9  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1730  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  24.84 
 
 
600 aa  48.5  0.00005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2338  thiol:disulfide interchange protein, putative  30.59 
 
 
724 aa  48.5  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624008  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  35.14 
 
 
613 aa  48.1  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.25 
 
 
619 aa  47.8  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  34.25 
 
 
619 aa  47.8  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3936  protein-disulfide reductase  38.81 
 
 
577 aa  47  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.327412  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1646  hypothetical protein  29.07 
 
 
449 aa  46.6  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>