More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2182 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2182  putative transglycosylase  100 
 
 		 329 aa  671    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00884137  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2442  lytic murein transglycosylase  46.87 
 
 		 331 aa  308  9e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00214249  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2517  lytic murein transglycosylase  48.17 
 
 		 333 aa  297  2e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000972564  normal  0.926391 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2380  putative transglycosylase  48.55 
 
 		 333 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00018447  normal  0.231561 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2248  putative transglycosylase  46.9 
 
 		 333 aa  280  2e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00479266  normal  0.458492 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2171  putative transglycosylase  46.31 
 
 		 333 aa  280  3e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000761177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1870  lytic murein transglycosylase  46.52 
 
 		 370 aa  277  1e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000324668  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1904  lytic murein transglycosylase  45.71 
 
 		 370 aa  275  7e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.025136  normal  0.972057 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2422  lytic murein transglycosylase  45.98 
 
 		 370 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000759063  hitchhiker  0.00536739 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1631  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  42.73 
 
 		 329 aa  272  7e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00716763  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1897  lytic murein transglycosylase  45.89 
 
 		 370 aa  271  8.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000349949  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1739  membrane-bound lytic murein transglycosylase  43.79 
 
 		 322 aa  263  4e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2116  lytic murein transglycosylase  46.18 
 
 		 329 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0286626  normal  0.0851142 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1928  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  42.6 
 
 		 331 aa  236  4e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00139398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1543  putative lytic murein transglycosylase  39.82 
 
 		 323 aa  227  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000590177  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3516  putative transglycosylase  36.1 
 
 		 347 aa  226  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.112608  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01388  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  37.05 
 
 		 323 aa  223  3e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004084  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  36.86 
 
 		 323 aa  223  4e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1069  hypothetical protein  37.91 
 
 		 324 aa  216  4e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.912642  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01141  putative transglycosylase  38.36 
 
 		 323 aa  209  4e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.629651  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1075  lytic murein transglycosylase  35.33 
 
 		 349 aa  197  3e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00383925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2801  lytic murein transglycosylase  37.18 
 
 		 331 aa  194  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  33.33 
 
 		 396 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  31.25 
 
 		 438 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  30.92 
 
 		 436 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  30.92 
 
 		 438 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  30.92 
 
 		 411 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2754  lytic murein transglycosylase  32.79 
 
 		 346 aa  169  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000102797  hitchhiker  0.000133589 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  32.08 
 
 		 401 aa  169  9e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  31.79 
 
 		 377 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  32.5 
 
 		 395 aa  163  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2846  hypothetical protein  29.49 
 
 		 320 aa  163  3e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  31.02 
 
 		 400 aa  162  5.0000000000000005e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  30.41 
 
 		 421 aa  160  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2988  hypothetical protein  29.17 
 
 		 320 aa  160  3e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  31.23 
 
 		 395 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  30.03 
 
 		 395 aa  160  4e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  29.57 
 
 		 424 aa  159  7e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  29.9 
 
 		 424 aa  158  9e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  29.57 
 
 		 430 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  29.97 
 
 		 439 aa  157  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  29.24 
 
 		 433 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  28.88 
 
 		 437 aa  155  7e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  30.42 
 
 		 415 aa  155  9e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1019  putative lytic murein transglycosylase  30.24 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1149  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  30.24 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2396  lytic murein transglycosylase  30.33 
 
 		 362 aa  154  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0276595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2119  lytic murein transglycosylase  30.33 
 
 		 361 aa  152  7e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0387524  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2008  lytic murein transglycosylase  30 
 
 		 362 aa  152  8e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000275571  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0024  lytic murein transglycosylase  29.24 
 
 		 330 aa  144  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567632  normal  0.0161595 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1316  putative peptidoglycan-binding protein  30.49 
 
 		 427 aa  143  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  27.49 
 
 		 409 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  28.53 
 
 		 428 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2437  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  29.03 
 
 		 363 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  28.75 
 
 		 421 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03184  putative transglycosylase protein  31.58 
 
 		 390 aa  139  6e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0378496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  28.21 
 
 		 427 aa  138  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  29.75 
 
 		 457 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  27.91 
 
 		 410 aa  136  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  29.04 
 
 		 454 aa  135  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  28.62 
 
 		 419 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  28.62 
 
 		 417 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2479  lytic murein transglycosylase  28.74 
 
 		 419 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0304253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0157  lytic murein transglycosylase  28.71 
 
 		 418 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4092  lytic murein transglycosylase  27.96 
 
 		 411 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.590731  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  27.1 
 
 		 415 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0024  lytic murein transglycosylase  28.96 
 
 		 419 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  28.7 
 
 		 422 aa  130  4.0000000000000003e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_004310  BR0031  transglycosylase, putative  28.49 
 
 		 427 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0704571  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3436  lytic murein transglycosylase  26.04 
 
 		 412 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  29.87 
 
 		 430 aa  127  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0031  putative transglycosylase  30.77 
 
 		 427 aa  127  3e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.206754  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0333  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  27.6 
 
 		 418 aa  127  3e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  28.25 
 
 		 398 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  30.61 
 
 		 398 aa  126  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3558  lytic murein transglycosylase  30 
 
 		 400 aa  125  7e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  28.85 
 
 		 455 aa  125  8.000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1902  lytic murein transglycosylase  27.81 
 
 		 435 aa  125  9e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4073  lytic murein transglycosylase  27.91 
 
 		 423 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4881  lytic murein transglycosylase  30.49 
 
 		 442 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  28.34 
 
 		 417 aa  124  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  26.62 
 
 		 470 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  27.72 
 
 		 438 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  28.05 
 
 		 438 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  27.59 
 
 		 434 aa  124  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  24.26 
 
 		 417 aa  124  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  28.98 
 
 		 448 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  27.39 
 
 		 438 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  27.92 
 
 		 445 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  26.75 
 
 		 409 aa  123  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4124  lytic murein transglycosylase  28.16 
 
 		 414 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215257  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4393  lytic murein transglycosylase  27.39 
 
 		 477 aa  123  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2907  lytic murein transglycosylase  28.57 
 
 		 419 aa  123  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00384292  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  27.39 
 
 		 438 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  27.74 
 
 		 448 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  30.77 
 
 		 393 aa  122  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4047  lytic murein transglycosylase  27.53 
 
 		 423 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  27.6 
 
 		 445 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3846  lytic murein transglycosylase  30.79 
 
 		 416 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.977376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  24.92 
 
 		 443 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>