More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2517 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2517  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 333 aa  681    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000972564  normal  0.926391 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2442  lytic murein transglycosylase  58.63 
 
 		 331 aa  383  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00214249  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2422  lytic murein transglycosylase  54.01 
 
 		 370 aa  364  1e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000759063  hitchhiker  0.00536739 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1904  lytic murein transglycosylase  53.7 
 
 		 370 aa  363  3e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.025136  normal  0.972057 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1870  lytic murein transglycosylase  53.4 
 
 		 370 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000324668  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1897  lytic murein transglycosylase  53.4 
 
 		 370 aa  360  1e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000349949  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2116  lytic murein transglycosylase  54.43 
 
 		 329 aa  344  1e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0286626  normal  0.0851142 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1075  lytic murein transglycosylase  47.73 
 
 		 349 aa  315  5e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00383925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1543  putative lytic murein transglycosylase  50.83 
 
 		 323 aa  315  5e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000590177  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2248  putative transglycosylase  49.11 
 
 		 333 aa  315  8e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00479266  normal  0.458492 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2380  putative transglycosylase  50.15 
 
 		 333 aa  315  9e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00018447  normal  0.231561 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004084  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  48.84 
 
 		 323 aa  314  9.999999999999999e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2171  putative transglycosylase  49.11 
 
 		 333 aa  312  4.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000761177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01388  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  47.19 
 
 		 323 aa  305  5.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2182  putative transglycosylase  48.17 
 
 		 329 aa  297  2e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00884137  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1928  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  50.46 
 
 		 331 aa  296  3e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00139398  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3516  putative transglycosylase  45.71 
 
 		 347 aa  296  5e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.112608  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1631  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  45.9 
 
 		 329 aa  293  3e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00716763  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01141  putative transglycosylase  47.65 
 
 		 323 aa  291  8e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.629651  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2801  lytic murein transglycosylase  46.42 
 
 		 331 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1069  hypothetical protein  43.61 
 
 		 324 aa  276  3e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.912642  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1739  membrane-bound lytic murein transglycosylase  42.99 
 
 		 322 aa  268  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2396  lytic murein transglycosylase  37.58 
 
 		 362 aa  239  5.999999999999999e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0276595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2119  lytic murein transglycosylase  37.58 
 
 		 361 aa  237  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0387524  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2008  lytic murein transglycosylase  37.58 
 
 		 362 aa  237  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000275571  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2754  lytic murein transglycosylase  37.91 
 
 		 346 aa  234  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000102797  hitchhiker  0.000133589 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  35.37 
 
 		 396 aa  231  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1019  putative lytic murein transglycosylase  36.6 
 
 		 333 aa  226  5.0000000000000005e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1149  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  36.27 
 
 		 333 aa  224  1e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  36.27 
 
 		 400 aa  223  3e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  34.31 
 
 		 438 aa  222  7e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  34.64 
 
 		 436 aa  222  7e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  33.86 
 
 		 401 aa  222  8e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  33.54 
 
 		 409 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  34.31 
 
 		 411 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  34.31 
 
 		 438 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  36.61 
 
 		 430 aa  217  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  32.48 
 
 		 421 aa  215  7e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  32.71 
 
 		 439 aa  215  9e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  34.97 
 
 		 377 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2437  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  37.54 
 
 		 363 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  33.78 
 
 		 395 aa  210  3e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  35.43 
 
 		 445 aa  209  7e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  35.43 
 
 		 445 aa  209  7e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  36.03 
 
 		 454 aa  209  7e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  32.17 
 
 		 433 aa  208  9e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  34.91 
 
 		 422 aa  207  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  31.53 
 
 		 424 aa  208  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  31.21 
 
 		 424 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  35.33 
 
 		 438 aa  207  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  31.65 
 
 		 430 aa  206  4e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  33.56 
 
 		 395 aa  206  6e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  35.82 
 
 		 421 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  34.8 
 
 		 438 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  34.77 
 
 		 438 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  33.33 
 
 		 415 aa  203  4e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  31.2 
 
 		 428 aa  203  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  32.89 
 
 		 409 aa  202  5e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  34.77 
 
 		 438 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2988  hypothetical protein  32.92 
 
 		 320 aa  202  9e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2846  hypothetical protein  33.88 
 
 		 320 aa  201  9.999999999999999e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  34.17 
 
 		 438 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  33.55 
 
 		 440 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  35.25 
 
 		 417 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  35.25 
 
 		 419 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  31.25 
 
 		 437 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  34.75 
 
 		 457 aa  199  7.999999999999999e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  34.97 
 
 		 418 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  33.44 
 
 		 448 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  33.22 
 
 		 438 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  34.58 
 
 		 470 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  33.55 
 
 		 448 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  35.93 
 
 		 474 aa  195  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  31.45 
 
 		 410 aa  195  1e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  31.35 
 
 		 427 aa  194  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  33.55 
 
 		 720 aa  194  1e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  32.77 
 
 		 415 aa  194  2e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  33.11 
 
 		 395 aa  194  2e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  32.48 
 
 		 434 aa  193  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  31.05 
 
 		 432 aa  192  9e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  32.24 
 
 		 455 aa  191  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0024  lytic murein transglycosylase  31.86 
 
 		 330 aa  189  4e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567632  normal  0.0161595 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  42.08 
 
 		 417 aa  189  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  35.25 
 
 		 466 aa  188  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3558  lytic murein transglycosylase  35.88 
 
 		 400 aa  187  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  35.81 
 
 		 393 aa  187  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  35.47 
 
 		 393 aa  186  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1807  lytic murein transglycosylase  35.35 
 
 		 391 aa  186  5e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.230491 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  33.11 
 
 		 424 aa  185  9e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  31.37 
 
 		 418 aa  183  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03184  putative transglycosylase protein  34.04 
 
 		 390 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0378496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  34.8 
 
 		 400 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  32.66 
 
 		 398 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  32.23 
 
 		 425 aa  181  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  31.19 
 
 		 413 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  30.62 
 
 		 434 aa  181  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  31.48 
 
 		 398 aa  181  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  32.32 
 
 		 398 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1174  lytic murein transglycosylase  34.46 
 
 		 392 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1944  lytic murein transglycosylase  33.23 
 
 		 339 aa  180  2.9999999999999997e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.723266  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>