More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1739 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1739  membrane-bound lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 322 aa  674    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2380  putative transglycosylase  45.12 
 
 		 333 aa  294  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00018447  normal  0.231561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2171  putative transglycosylase  44.82 
 
 		 333 aa  292  5e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000761177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1631  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  45.29 
 
 		 329 aa  292  6e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00716763  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2248  putative transglycosylase  45.12 
 
 		 333 aa  292  6e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00479266  normal  0.458492 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2442  lytic murein transglycosylase  44.41 
 
 		 331 aa  285  7e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00214249  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2422  lytic murein transglycosylase  43.34 
 
 		 370 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000759063  hitchhiker  0.00536739 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1904  lytic murein transglycosylase  44.37 
 
 		 370 aa  279  4e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.025136  normal  0.972057 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1870  lytic murein transglycosylase  43.34 
 
 		 370 aa  279  4e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000324668  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1897  lytic murein transglycosylase  43.73 
 
 		 370 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000349949  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2517  lytic murein transglycosylase  42.99 
 
 		 333 aa  268  1e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000972564  normal  0.926391 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2182  putative transglycosylase  43.79 
 
 		 329 aa  263  4e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00884137  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2116  lytic murein transglycosylase  42.91 
 
 		 329 aa  238  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0286626  normal  0.0851142 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3516  putative transglycosylase  36.53 
 
 		 347 aa  233  4.0000000000000004e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.112608  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1928  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  40.97 
 
 		 331 aa  228  1e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00139398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1543  putative lytic murein transglycosylase  36.31 
 
 		 323 aa  227  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000590177  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1069  hypothetical protein  38.24 
 
 		 324 aa  227  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.912642  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01141  putative transglycosylase  38.87 
 
 		 323 aa  226  4e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.629651  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1075  lytic murein transglycosylase  37.33 
 
 		 349 aa  223  4e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00383925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004084  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  34.15 
 
 		 323 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01388  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  33.95 
 
 		 323 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2754  lytic murein transglycosylase  36.45 
 
 		 346 aa  221  1.9999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000102797  hitchhiker  0.000133589 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2801  lytic murein transglycosylase  35.62 
 
 		 331 aa  204  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2396  lytic murein transglycosylase  35.64 
 
 		 362 aa  202  5e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0276595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2008  lytic murein transglycosylase  35.31 
 
 		 362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000275571  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2119  lytic murein transglycosylase  34.98 
 
 		 361 aa  200  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0387524  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  31.35 
 
 		 396 aa  181  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  31.1 
 
 		 409 aa  180  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0024  lytic murein transglycosylase  30.77 
 
 		 330 aa  175  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567632  normal  0.0161595 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  32.11 
 
 		 377 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  33.33 
 
 		 421 aa  172  5.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  31.53 
 
 		 438 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  30.92 
 
 		 438 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  31.86 
 
 		 428 aa  170  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  31.53 
 
 		 411 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  31.19 
 
 		 436 aa  169  8e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  30.41 
 
 		 454 aa  168  9e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  31.79 
 
 		 430 aa  168  9e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  34.54 
 
 		 395 aa  167  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  31.08 
 
 		 400 aa  167  2.9999999999999998e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  30.17 
 
 		 430 aa  166  4e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  30.17 
 
 		 424 aa  166  4e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  29.83 
 
 		 424 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  30.92 
 
 		 395 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  30.74 
 
 		 395 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  30.17 
 
 		 439 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  29.8 
 
 		 470 aa  162  9e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  30.74 
 
 		 438 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  28.91 
 
 		 421 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  29.29 
 
 		 417 aa  161  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2437  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  29.28 
 
 		 363 aa  160  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  29.29 
 
 		 419 aa  161  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  30.85 
 
 		 457 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1149  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  27.83 
 
 		 333 aa  160  3e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  32 
 
 		 401 aa  160  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  29.39 
 
 		 432 aa  159  6e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  31.08 
 
 		 398 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  29.15 
 
 		 433 aa  159  7e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  29.73 
 
 		 415 aa  159  7e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1019  putative lytic murein transglycosylase  27.83 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  30.87 
 
 		 398 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  35.9 
 
 		 474 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  32.94 
 
 		 445 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  30.07 
 
 		 434 aa  155  7e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  29.43 
 
 		 409 aa  155  8e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  32.94 
 
 		 445 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2988  hypothetical protein  32.2 
 
 		 320 aa  153  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2846  hypothetical protein  32.2 
 
 		 320 aa  154  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  30.79 
 
 		 422 aa  153  4e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  31.89 
 
 		 398 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  29.51 
 
 		 410 aa  152  8e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  30.16 
 
 		 417 aa  151  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  30 
 
 		 448 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  29.29 
 
 		 438 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  35.04 
 
 		 466 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  29.29 
 
 		 438 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  28.57 
 
 		 411 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  30.2 
 
 		 440 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  31.16 
 
 		 400 aa  150  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  31.56 
 
 		 404 aa  149  5e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1316  putative peptidoglycan-binding protein  28.62 
 
 		 427 aa  149  5e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  27.55 
 
 		 417 aa  149  5e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  28.96 
 
 		 438 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  28.96 
 
 		 438 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  27.67 
 
 		 427 aa  149  8e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  29.3 
 
 		 448 aa  148  9e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  29.32 
 
 		 443 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  29.05 
 
 		 437 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  27.61 
 
 		 415 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  27.36 
 
 		 461 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  30.99 
 
 		 398 aa  145  9e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  32.46 
 
 		 398 aa  145  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  29.84 
 
 		 418 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0157  lytic murein transglycosylase  33.62 
 
 		 418 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1174  lytic murein transglycosylase  31.65 
 
 		 392 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  28.57 
 
 		 413 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  30.07 
 
 		 434 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  28.57 
 
 		 462 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3558  lytic murein transglycosylase  29.05 
 
 		 400 aa  144  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  33.6 
 
 		 398 aa  144  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>