171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1115 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  100 
 
 		 325 aa  657    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  45.67 
 
 		 356 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  45.37 
 
 		 356 aa  282  5.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1372  hypothetical protein  44.67 
 
 		 361 aa  279  4e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0303948  normal  0.0676016 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3149  hypothetical protein  44.67 
 
 		 361 aa  279  4e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.301792  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  45.45 
 
 		 361 aa  271  9e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1228  hypothetical protein  42.05 
 
 		 375 aa  271  1e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0193476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1298  hypothetical protein  41.48 
 
 		 376 aa  271  2e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.445339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  41.29 
 
 		 380 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3313  hypothetical protein  41.76 
 
 		 374 aa  268  1e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  45.89 
 
 		 321 aa  260  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  42.82 
 
 		 364 aa  248  1e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1431  hypothetical protein  47.84 
 
 		 310 aa  243  3e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.164911  normal  0.214757 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1289  hypothetical protein  46.98 
 
 		 336 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  44.61 
 
 		 340 aa  241  9e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  40.69 
 
 		 340 aa  241  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  31.76 
 
 		 323 aa  156  6e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  28.57 
 
 		 350 aa  154  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0287  hypothetical protein  31.7 
 
 		 393 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.151411  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  32.04 
 
 		 321 aa  152  8e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3127  XRE family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  30.87 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  30.38 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  30.99 
 
 		 323 aa  132  6e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  30.84 
 
 		 345 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  28.53 
 
 		 327 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  30.15 
 
 		 336 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  28.79 
 
 		 336 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  30.37 
 
 		 334 aa  116  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  29.85 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  29 
 
 		 334 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  27.49 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14860  hypothetical protein  28.81 
 
 		 347 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3501  helix-turn-helix domain-containing protein  28.01 
 
 		 329 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2738  cytoskeletal protein RodZ  26.92 
 
 		 323 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1310  hypothetical protein  26.8 
 
 		 348 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443382  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  26.1 
 
 		 342 aa  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1433  hypothetical protein  29 
 
 		 331 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1257  cytoskeletal protein RodZ  26.43 
 
 		 332 aa  100  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.405969  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3015  cytoskeletal protein RodZ  25.15 
 
 		 334 aa  98.2  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0403  hypothetical protein  27.3 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.902223  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2853  XRE family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 351 aa  87.8  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  24.41 
 
 		 341 aa  85.9  8e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2049  transcriptional regulator  26.69 
 
 		 325 aa  84  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.055212  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  27.95 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1292  cytoskeletal protein RodZ  40.65 
 
 		 368 aa  81.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  26.49 
 
 		 324 aa  80.5  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  26.49 
 
 		 326 aa  80.5  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1126  hypothetical protein  24.15 
 
 		 340 aa  80.1  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.869232  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  36.8 
 
 		 337 aa  79.3  0.00000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  36.8 
 
 		 337 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  36.8 
 
 		 337 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  36.8 
 
 		 337 aa  79.3  0.00000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  36.8 
 
 		 337 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  36.8 
 
 		 337 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  23.7 
 
 		 291 aa  79  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  36.8 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2800  cytoskeletal protein RodZ  36.8 
 
 		 337 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.563257  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1251  XRE family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 325 aa  77.8  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92911 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2193  hypothetical protein  26.43 
 
 		 380 aa  74.7  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  23.56 
 
 		 360 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1247  hypothetical protein  41.98 
 
 		 334 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  38.89 
 
 		 363 aa  70.9  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1663  hypothetical protein  24.15 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000864881  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0895  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 344 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000331112 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4326  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.137482  hitchhiker  0.0000000466309 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0852  Cro/CI family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 335 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0882  helix-turn-helix domain-containing protein  40.54 
 
 		 340 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.703197  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  23.26 
 
 		 360 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0681  hypothetical protein  24.35 
 
 		 273 aa  67.4  0.0000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000427065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1433  hypothetical protein  21.36 
 
 		 331 aa  67  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.575775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 352 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1394  putative DNA-binding protein  29.41 
 
 		 210 aa  65.1  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1333  integral membrane protein  29.41 
 
 		 263 aa  64.3  0.000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.380936  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1659  transcriptional regulator, XRE family  27.92 
 
 		 289 aa  63.9  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232922 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2542  transcriptional regulator, XRE family  25.73 
 
 		 362 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150986  hitchhiker  0.00310963 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1363  hypothetical protein  23.45 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.753164  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0651  hypothetical protein  22.76 
 
 		 271 aa  62  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.294902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  37.04 
 
 		 334 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1778  hypothetical protein  23.58 
 
 		 288 aa  61.2  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.842722  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3112  transcriptional regulator, XRE family  28.86 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0185225  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1214  hypothetical protein  37.5 
 
 		 367 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  22.8 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1997  hypothetical protein  25.77 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3391  transcriptional regulator  34 
 
 		 322 aa  59.3  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1714  hypothetical protein  23.58 
 
 		 288 aa  59.7  0.00000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333106  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0849  Cro/CI family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 130 aa  58.5  0.0000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  22.19 
 
 		 286 aa  58.9  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  22.19 
 
 		 286 aa  58.9  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1502  hypothetical protein  28.57 
 
 		 189 aa  58.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1481  hypothetical protein  28.57 
 
 		 189 aa  58.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1708  hypothetical protein  22.11 
 
 		 252 aa  58.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  31.52 
 
 		 448 aa  57.4  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1751  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 339 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1724  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 339 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.305446  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0955  hypothetical protein  30 
 
 		 357 aa  57  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2308  hypothetical protein  24.54 
 
 		 312 aa  56.6  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318236  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6266  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1837  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 334 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1813  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>