142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2308 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2308  hypothetical protein  100 
 
 		 312 aa  615  1e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318236  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2609  hypothetical protein  47.72 
 
 		 350 aa  218  7e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.918315 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0081  hypothetical protein  44.22 
 
 		 290 aa  172  5e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1871  hypothetical protein  42.62 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1089  hypothetical protein  40.33 
 
 		 322 aa  162  7e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1169  hypothetical protein  40 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1997  hypothetical protein  37.97 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2186  hypothetical protein  39.74 
 
 		 322 aa  136  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2869  hypothetical protein  35.27 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1423  hypothetical protein  56.56 
 
 		 318 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.41572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5020  hypothetical protein  53.85 
 
 		 343 aa  82.4  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.86222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2986  hypothetical protein  30.59 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1621  hypothetical protein  26.33 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000792203 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004350  hypothetical protein  24.68 
 
 		 323 aa  65.9  0.0000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1304  hypothetical protein  27.1 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.358392  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01066  hypothetical protein  23.42 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0728  hypothetical protein  23.15 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1150  transcriptional regulator, XRE family  29.05 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.771962 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1115  hypothetical protein  23.77 
 
 		 325 aa  61.6  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2087  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25.08 
 
 		 338 aa  60.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0593  hypothetical protein  29.74 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1058  transcriptional regulator, XRE family  28.31 
 
 		 360 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0971616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2049  transcriptional regulator  45.33 
 
 		 325 aa  59.7  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.055212  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1778  hypothetical protein  28.62 
 
 		 288 aa  59.7  0.00000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.842722  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2366  hypothetical protein  24.08 
 
 		 340 aa  58.2  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000180475  normal  0.579139 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4253  hypothetical protein  23.01 
 
 		 330 aa  57  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06601  hypothetical protein  37.33 
 
 		 236 aa  55.8  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2653  hypothetical protein  23.46 
 
 		 361 aa  55.8  0.0000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3610  cytoskeletal protein RodZ  23.69 
 
 		 323 aa  55.5  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.261218 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1714  hypothetical protein  40.26 
 
 		 288 aa  55.1  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.333106  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1117  cytoskeletal protein RodZ  25.62 
 
 		 327 aa  55.1  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0419  cytoskeletal protein RodZ  23.7 
 
 		 345 aa  54.3  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250443 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01055  hypothetical protein  41.33 
 
 		 286 aa  54.3  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.760884  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06111  hypothetical protein  41.33 
 
 		 286 aa  54.3  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249477  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1659  transcriptional regulator, XRE family  25.26 
 
 		 289 aa  54.3  0.000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232922 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40300  hypothetical protein  23.93 
 
 		 342 aa  53.5  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1943  transcriptional regulator, putative  35.16 
 
 		 246 aa  52.8  0.000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4602  XRE family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 352 aa  52  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1903  heat shock protein DnaJ-like  39.06 
 
 		 290 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.14033  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1663  hypothetical protein  24.45 
 
 		 293 aa  52  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000864881  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1251  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 325 aa  52  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92911 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1976  heat shock protein DnaJ domain protein  39.06 
 
 		 292 aa  51.6  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1932  hypothetical protein  32.39 
 
 		 251 aa  52.4  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.405404  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2061  heat shock protein DnaJ domain protein  39.06 
 
 		 290 aa  52  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1056  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 260 aa  51.2  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0545151  normal  0.0954786 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3010  cytoskeletal protein RodZ  25.8 
 
 		 336 aa  51.6  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0866  hypothetical protein  33.82 
 
 		 441 aa  51.2  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.753935  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0520  hypothetical protein  35.71 
 
 		 345 aa  50.4  0.00003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2378  hypothetical protein  32.17 
 
 		 448 aa  50.4  0.00004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.654277  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05211  hypothetical protein  31.25 
 
 		 188 aa  50.4  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1903  hypothetical protein  23.13 
 
 		 281 aa  50.4  0.00004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08820  Helix-turn-helix  26.32 
 
 		 258 aa  50.1  0.00005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000147566  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1255  hypothetical protein  31.43 
 
 		 364 aa  50.1  0.00005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0157671  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2668  cytoskeletal protein RodZ  25.38 
 
 		 336 aa  50.1  0.00005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.248516 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1421  XRE family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 369 aa  49.3  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0333143 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1263  hypothetical protein  31.03 
 
 		 245 aa  49.3  0.00009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1468  transcriptional regulator, XRE family  31.51 
 
 		 312 aa  48.9  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2078  transcriptional regulator, XRE family  20.36 
 
 		 297 aa  48.5  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3112  transcriptional regulator, XRE family  30.34 
 
 		 281 aa  48.9  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0185225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1064  PEGA domain-containing protein  42.47 
 
 		 300 aa  48.5  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1789  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 196 aa  48.9  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05131  hypothetical protein  35.29 
 
 		 165 aa  48.5  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.607741  normal  0.357471 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1185  transcriptional regulator, XRE family  21.33 
 
 		 296 aa  48.5  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000101006  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3006  hypothetical protein  24.85 
 
 		 356 aa  48.9  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000608757  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1956  heat shock protein DnaJ domain-containing protein  37.5 
 
 		 279 aa  48.9  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.469098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1604  transcriptional regulator, XRE family  26.69 
 
 		 326 aa  48.5  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0722397 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1932  hypothetical protein  26.69 
 
 		 324 aa  48.5  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.240764  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1214  hypothetical protein  36.89 
 
 		 367 aa  48.1  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.567151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1790  hypothetical protein  35.29 
 
 		 165 aa  48.1  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0079  hypothetical protein  30.36 
 
 		 333 aa  47.8  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2107  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 351 aa  47.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.211788 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2991  hypothetical protein  25.9 
 
 		 356 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000645272  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0288  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 345 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.504804 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1355  hypothetical protein  23.1 
 
 		 341 aa  47.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000155612 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1185  cytoskeletal protein RodZ  22.25 
 
 		 363 aa  48.1  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14511  hypothetical protein  31.88 
 
 		 319 aa  47.8  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00385479 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2542  transcriptional regulator, XRE family  38.55 
 
 		 362 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.150986  hitchhiker  0.00310963 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2782  cytoskeletal protein RodZ  25.31 
 
 		 334 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1543  hypothetical protein  29.67 
 
 		 340 aa  47.4  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0277008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2719  cytoskeletal protein RodZ  24.85 
 
 		 336 aa  47.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4317  hypothetical protein  26.19 
 
 		 256 aa  47  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2233  hypothetical protein  38.57 
 
 		 360 aa  46.6  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.683193  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2893  cytoskeletal protein RodZ  24.62 
 
 		 334 aa  46.6  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1708  hypothetical protein  30.38 
 
 		 252 aa  46.6  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2676  cytoskeletal protein RodZ  24.62 
 
 		 334 aa  46.2  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02982  hypothetical protein  20.96 
 
 		 350 aa  45.8  0.0008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0033569  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3881  hypothetical protein  27.13 
 
 		 303 aa  46.2  0.0008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00307099  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02408  hypothetical protein  25 
 
 		 337 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05141  hypothetical protein  30.43 
 
 		 163 aa  45.8  0.0009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.61884  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02370  hypothetical protein  25 
 
 		 337 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2667  cytoskeletal protein RodZ  25 
 
 		 337 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1161  cytoskeletal protein RodZ  25 
 
 		 337 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.697985  decreased coverage  0.00885076 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2891  cytoskeletal protein RodZ  25 
 
 		 337 aa  45.8  0.0009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1152  transcriptional regulator, XRE family  25 
 
 		 337 aa  45.8  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.603159  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2763  cytoskeletal protein RodZ  25 
 
 		 334 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1227  hypothetical protein  37.14 
 
 		 380 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0535781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3741  cytoskeletal protein RodZ  24.85 
 
 		 337 aa  45.4  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1346  hypothetical protein  37.14 
 
 		 362 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0772  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 307 aa  44.7  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.83924 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1593  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 370 aa  44.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.196289 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>