More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0115 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 290 aa  586  1e-166  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  62.28 
 
 		 289 aa  344  8e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  51.72 
 
 		 274 aa  249  4e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  40.7 
 
 		 282 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  42.34 
 
 		 280 aa  167  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  39.46 
 
 		 286 aa  167  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  42.46 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  40.89 
 
 		 279 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  38.75 
 
 		 284 aa  159  4e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  41.26 
 
 		 279 aa  159  5e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  39.86 
 
 		 278 aa  159  5e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  37.32 
 
 		 286 aa  159  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  38.68 
 
 		 284 aa  159  7e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  42.05 
 
 		 288 aa  159  7e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  37.76 
 
 		 279 aa  158  9e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  40.7 
 
 		 279 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  38.68 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  40.14 
 
 		 282 aa  156  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  37.84 
 
 		 285 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  41.34 
 
 		 278 aa  155  9e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  38.23 
 
 		 285 aa  155  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  39.04 
 
 		 290 aa  154  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  34.13 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  39.29 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  37.04 
 
 		 273 aa  149  4e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  39.19 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  37.37 
 
 		 279 aa  147  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  37.98 
 
 		 280 aa  145  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  39.03 
 
 		 278 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  39.22 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  37.94 
 
 		 283 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  41.28 
 
 		 283 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  39.86 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  36.62 
 
 		 276 aa  143  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 277 aa  143  4e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 277 aa  143  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 308 aa  142  4e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 277 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.93 
 
 		 277 aa  142  5e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  41.81 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 277 aa  142  8e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.08 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  35.16 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 		 277 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  36.8 
 
 		 280 aa  139  3.9999999999999997e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  35.64 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  38.24 
 
 		 280 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.97 
 
 		 278 aa  138  1e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 		 279 aa  137  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  42.01 
 
 		 276 aa  135  9e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  36.2 
 
 		 315 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  36.1 
 
 		 285 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  36.46 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  40.29 
 
 		 287 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 		 277 aa  132  9e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  37.23 
 
 		 288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  37.92 
 
 		 283 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  35.56 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  36.57 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  36.86 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 		 289 aa  126  3e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.18 
 
 		 289 aa  126  5e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  36.3 
 
 		 270 aa  126  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  35.44 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  34.26 
 
 		 287 aa  125  7e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 289 aa  125  9e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 289 aa  125  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2096  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  33.78 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 271 aa  123  4e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 		 279 aa  123  4e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  32.99 
 
 		 293 aa  123  5e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.95 
 
 		 298 aa  122  8e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  31.21 
 
 		 280 aa  121  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  36.03 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.36 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  37.06 
 
 		 274 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  31.09 
 
 		 280 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 262 aa  119  4.9999999999999996e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  29.69 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  35.45 
 
 		 288 aa  119  6e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  29.3 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  37.63 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  39.55 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  30.28 
 
 		 262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  29.25 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>