More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2388 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2388  beta-lactamase  100 
 
 		 401 aa  821    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1937  beta-lactamase  83.66 
 
 		 417 aa  635    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.87216  hitchhiker  0.0000051216 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1990  beta-lactamase  82.52 
 
 		 405 aa  654    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00153808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2039  beta-lactamase  83.38 
 
 		 417 aa  633  1e-180  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.285655  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2383  beta-lactamase  71.21 
 
 		 394 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0283495  hitchhiker  0.000989813 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2266  beta-lactamase  70.96 
 
 		 394 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.54757  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2079  beta-lactamase  70.45 
 
 		 394 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.221207  hitchhiker  0.00000730378 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2086  beta-lactamase  70.71 
 
 		 394 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2029  beta-lactamase  70.05 
 
 		 394 aa  561  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5057  beta-lactamase  52.27 
 
 		 388 aa  408  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0475851 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1593  beta-lactamase  51.6 
 
 		 391 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.450806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2695  beta-lactamase  48.81 
 
 		 385 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2947  beta-lactamase  50.14 
 
 		 384 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.445191 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4921  beta-lactamase  48.6 
 
 		 386 aa  393  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.240852 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3364  beta-lactamase  48.28 
 
 		 385 aa  385  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6008  beta-lactamase  49.74 
 
 		 389 aa  382  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2273  beta-lactamase  50.28 
 
 		 378 aa  381  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0504224 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3723  beta-lactamase  48.49 
 
 		 388 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.111774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1776  beta-lactamase  49.72 
 
 		 390 aa  379  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6561  beta-lactamase  50.99 
 
 		 389 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.926404  normal  0.294217 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5713  beta-lactamase  50.71 
 
 		 389 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6077  beta-lactamase  50.71 
 
 		 389 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2585  beta-lactamase  46.86 
 
 		 390 aa  375  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3594  beta-lactamase  50.41 
 
 		 383 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6103  beta-lactamase  46.78 
 
 		 389 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000462  beta-lactamase  44.97 
 
 		 383 aa  364  1e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.774984  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7532  beta-lactamase  48.31 
 
 		 389 aa  364  1e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5864  beta-lactamase  47.06 
 
 		 389 aa  362  4e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0984  beta-lactamase  45.22 
 
 		 397 aa  358  9e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00291811  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10790  beta-lactamase  47.49 
 
 		 397 aa  358  9e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.199465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2038  beta-lactamase  47.46 
 
 		 378 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.666233 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1758  beta-lactamase  43.7 
 
 		 387 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.858626 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0193  beta-lactamase  46.67 
 
 		 387 aa  341  2e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1481  beta-lactamase  44.54 
 
 		 405 aa  339  5e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.371018  normal  0.176782 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1775  beta-lactamase  43.65 
 
 		 396 aa  337  1.9999999999999998e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0348744 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1480  beta-lactamase  41.69 
 
 		 387 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0394716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2381  beta-lactamase  42.82 
 
 		 379 aa  305  6e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.713933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2905  beta-lactamase  43.61 
 
 		 380 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.746622  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2876  beta-lactamase  43.33 
 
 		 380 aa  301  9e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2813  beta-lactamase  43.58 
 
 		 380 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.829117  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3450  beta-lactamase  39.69 
 
 		 401 aa  301  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4709  beta-lactamase  38.7 
 
 		 377 aa  299  6e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3840  Beta-lactamase  38.18 
 
 		 377 aa  297  3e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4621  beta-lactamase  38.18 
 
 		 377 aa  296  4e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0889352 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3860  beta-lactamase  38.18 
 
 		 377 aa  295  9e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.027383 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04022  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  38.18 
 
 		 377 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03984  hypothetical protein  38.18 
 
 		 377 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4394  beta-lactamase  37.92 
 
 		 377 aa  293  4e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0089  beta-lactamase  37.3 
 
 		 409 aa  292  6e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0743599 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0086  beta-lactamase  37.3 
 
 		 409 aa  292  6e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.057609 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4682  beta-lactamase  37.66 
 
 		 377 aa  292  6e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5668  beta-lactamase  37.92 
 
 		 377 aa  291  1e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.106194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5292  beta-lactamase  45.28 
 
 		 315 aa  286  5e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3749  beta-lactamase  40.76 
 
 		 380 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.794636  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0339  beta-lactamase  37.83 
 
 		 385 aa  277  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000286576 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0388  Beta-lactamase  32.99 
 
 		 392 aa  226  5.0000000000000005e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0739  beta-lactamase  35.22 
 
 		 381 aa  224  2e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2336  beta-lactamase  28.42 
 
 		 359 aa  144  3e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2481  beta-lactamase  27.59 
 
 		 359 aa  144  4e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0372  beta-lactamase  31.25 
 
 		 166 aa  95.1  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.499821  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1795  beta-lactamase  23.73 
 
 		 494 aa  91.7  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.478102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2252  beta-lactamase  25.62 
 
 		 460 aa  90.5  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  0.0203286 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3534  amino acid adenylation  31.56 
 
 		 2457 aa  89  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2143  beta-lactamase  25.86 
 
 		 401 aa  87.8  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.559529  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4308  beta-lactamase  28.91 
 
 		 650 aa  87.8  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.805936  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4638  beta-lactamase  24.65 
 
 		 390 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5243  beta-lactamase  24.22 
 
 		 362 aa  85.1  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3751  beta-lactamase  31.34 
 
 		 395 aa  84.7  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000498352 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4058  beta-lactamase  25.78 
 
 		 405 aa  84  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00809672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1856  beta-lactamase  25.2 
 
 		 498 aa  83.2  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2997  beta-lactamase  24.59 
 
 		 513 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0099  D-stereospecific peptide hydrolase  25.67 
 
 		 443 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000129924  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3022  alkaline D-peptidase and alkaline D-peptidase fusion  28.33 
 
 		 720 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0802631  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1783  cyclic peptide transporter  26.36 
 
 		 1055 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0903267  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3175  beta-lactamase  25.71 
 
 		 375 aa  80.9  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.702373  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3830  beta-lactamase  30.1 
 
 		 658 aa  80.9  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223137  normal  0.372687 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2932  penicillin-binding protein  23.64 
 
 		 513 aa  80.1  0.00000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2381  alkaline D-peptidase  26.46 
 
 		 385 aa  79.7  0.00000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0825231  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2093  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  25.99 
 
 		 407 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3247  beta-lactamase  24.07 
 
 		 513 aa  79.3  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0660544 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3027  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.96 
 
 		 406 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899556  normal  0.874043 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2053  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  25.27 
 
 		 385 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00880281  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2051  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  25.27 
 
 		 385 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.319079  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2953  beta-lactamase  28.06 
 
 		 513 aa  79  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1929  beta-lactamase  22.98 
 
 		 407 aa  79  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1712  beta-lactamase  27.94 
 
 		 477 aa  78.6  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.419371  normal  0.191124 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2478  alkaline D-peptidase  25.3 
 
 		 388 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.431844  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2440  alkaline D-peptidase (D-stereospecific peptide hydrolase)  25.3 
 
 		 388 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00540718  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2409  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  25.67 
 
 		 388 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.37701  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5618  beta-lactamase  30.3 
 
 		 456 aa  77.8  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.357665  normal  0.013094 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2677  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  25.3 
 
 		 388 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000522854 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2661  alkaline d-peptidase  25.3 
 
 		 388 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2923  beta-lactamase  24.51 
 
 		 356 aa  77.8  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5423  beta-lactamase  31.79 
 
 		 636 aa  77.8  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.251471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2296  alkaline D-peptidase  25.27 
 
 		 385 aa  77  0.0000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000100431 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2576  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  24.29 
 
 		 389 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.145811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2207  beta-lactamase  24.35 
 
 		 404 aa  76.3  0.0000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124088  hitchhiker  0.00264676 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3206  beta-lactamase  25.29 
 
 		 389 aa  76.3  0.0000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3018  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  23.91 
 
 		 389 aa  76.3  0.0000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.470862  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2991  beta-lactamase  29.94 
 
 		 475 aa  75.9  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>