More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2589 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 233 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  40.95 
 
 		 241 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  39.65 
 
 		 252 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 249 aa  164  1.0000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  38.6 
 
 		 250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  35.9 
 
 		 245 aa  135  5e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 233 aa  131  7.999999999999999e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  38.67 
 
 		 255 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  34.78 
 
 		 239 aa  126  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  37.66 
 
 		 227 aa  126  3e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 255 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  38.67 
 
 		 255 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  31.94 
 
 		 227 aa  123  3e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  36.44 
 
 		 233 aa  122  5e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  32.31 
 
 		 243 aa  122  6e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  38.05 
 
 		 255 aa  119  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 255 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  36.77 
 
 		 258 aa  118  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  33.04 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 241 aa  116  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  37.44 
 
 		 238 aa  116  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  36.09 
 
 		 235 aa  116  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  37.77 
 
 		 257 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  33.33 
 
 		 240 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  34.89 
 
 		 261 aa  115  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  36.44 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  31.42 
 
 		 240 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  33.19 
 
 		 241 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  34.36 
 
 		 239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  37.1 
 
 		 245 aa  113  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  35.4 
 
 		 258 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  35.4 
 
 		 258 aa  112  5e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.4 
 
 		 258 aa  112  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 245 aa  112  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  35.4 
 
 		 258 aa  112  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.4 
 
 		 258 aa  112  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.4 
 
 		 258 aa  112  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  36.07 
 
 		 256 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  36.07 
 
 		 256 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.4 
 
 		 258 aa  112  6e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  36.07 
 
 		 256 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  36.36 
 
 		 235 aa  112  7.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  37.39 
 
 		 240 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.96 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.51 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.96 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.38 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  36.09 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.38 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  33.78 
 
 		 240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.38 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  31.91 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  34.82 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  34.65 
 
 		 253 aa  109  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  33.78 
 
 		 240 aa  108  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  37.18 
 
 		 256 aa  108  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 255 aa  108  6e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  35.59 
 
 		 268 aa  108  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 232 aa  108  7.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0804  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 240 aa  108  8.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 256 aa  108  9.000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10060  transcriptional regulator, GntR family  37.38 
 
 		 226 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0815539  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  33.62 
 
 		 241 aa  107  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 255 aa  108  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  36.11 
 
 		 239 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  35.85 
 
 		 230 aa  107  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0553  GntR domain protein  38.33 
 
 		 253 aa  106  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  34.43 
 
 		 232 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  32.89 
 
 		 248 aa  106  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 255 aa  106  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1852  GntR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3829  GntR domain-containing protein  33.48 
 
 		 237 aa  106  3e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.710957  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5379  GntR domain-containing protein  34.25 
 
 		 234 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.791423  normal  0.648453 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0539  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 247 aa  105  4e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  39.9 
 
 		 255 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3633  GntR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 257 aa  105  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.744351 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3930  GntR domain-containing protein  37.56 
 
 		 252 aa  105  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3301  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 249 aa  105  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0570986 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1707  GntR domain protein  35.38 
 
 		 252 aa  105  8e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  32.89 
 
 		 250 aa  104  9e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  39.9 
 
 		 255 aa  104  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  39.38 
 
 		 255 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  0.0000378938 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 232 aa  105  9e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  32.89 
 
 		 250 aa  104  9e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  32.89 
 
 		 250 aa  104  9e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  32.89 
 
 		 250 aa  104  9e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 270 aa  104  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  31.84 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1117  regulatory protein GntR HTH  33.82 
 
 		 222 aa  104  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.377836 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 255 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 258 aa  104  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  32.44 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0138  GntR domain-containing protein  30.87 
 
 		 268 aa  104  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  32.41 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  32.89 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>