More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4312 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4312  hypothetical protein  100 
 
 		 267 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1792  putative efflux protein  77.86 
 
 		 266 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.0000336857  normal  0.255323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3668  putative efflux protein  81.4 
 
 		 263 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5305  hypothetical protein  73.6 
 
 		 258 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.141224 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0717  hypothetical protein  74.35 
 
 		 257 aa  370  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369321  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0456  secretion protein HlyD family protein  37.96 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.119386  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1719  secretion protein HlyD  32.7 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0706497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1084  HlyD family secretion protein  32.68 
 
 		 356 aa  156  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.335201 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3131  secretion protein HlyD  36.02 
 
 		 344 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0978227  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2440  secretion protein HlyD family protein  36.08 
 
 		 265 aa  146  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41732 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0163  lipoprotein  32.01 
 
 		 311 aa  138  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0904469  normal  0.961053 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0052  secretion protein HlyD family protein  31.56 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0055  secretion protein HlyD family protein  31.23 
 
 		 324 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.873688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1744  HlyD family secretion protein  30.74 
 
 		 321 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0223446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0409  secretion protein HlyD  30.54 
 
 		 332 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4329  secretion protein HlyD family protein  28.9 
 
 		 327 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0402  HlyD family secretion protein  28.48 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2925  secretion protein HlyD family protein  28.8 
 
 		 314 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0463  HlyD family secretion protein  28.48 
 
 		 314 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0146  auxiliary membrane fusion protein family transporter  28.62 
 
 		 326 aa  126  4.0000000000000003e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2054  periplasmic component of efflux system  28.3 
 
 		 332 aa  125  7e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3691  secretion protein HlyD family protein  48.39 
 
 		 320 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.951717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1342  HlyD family secretion protein  27.83 
 
 		 317 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3452  HlyD family secretion protein  43.28 
 
 		 326 aa  118  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4164  secretion protein HlyD family protein  46.77 
 
 		 320 aa  118  9e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.571077  normal  0.349969 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0700  putative lipoprotein  27.22 
 
 		 359 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0350  secretion protein HlyD  43.92 
 
 		 320 aa  117  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4665  secretion protein HlyD family protein  28.44 
 
 		 328 aa  116  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.267783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2707  secretion protein HlyD family protein  44.72 
 
 		 328 aa  109  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0650452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0506  secretion protein HlyD family protein  30.47 
 
 		 317 aa  106  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0807  secretion protein HlyD family protein  28.67 
 
 		 310 aa  102  8e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1035  secretion protein HlyD  42.4 
 
 		 324 aa  99.4  5e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.833081  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5057  secretion protein HlyD family protein  44 
 
 		 313 aa  99.8  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.96 
 
 		 388 aa  93.6  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0713  hypothetical protein  31.36 
 
 		 281 aa  92.8  5e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0695  hypothetical protein  31.36 
 
 		 281 aa  90.9  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  30.22 
 
 		 372 aa  89  7e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  30.22 
 
 		 372 aa  89  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1082  putative ABC transport system, lipoprotein  25.75 
 
 		 302 aa  87  3e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2482  secretion protein HlyD family protein  27.34 
 
 		 345 aa  85.5  8e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2861  secretion protein, HlyD family  27.34 
 
 		 345 aa  85.5  8e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  31.33 
 
 		 374 aa  83.6  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  29.53 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  30.32 
 
 		 380 aa  82  0.000000000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1152  secretion protein HlyD family protein  25.89 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.633173  normal  0.115972 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0737  hypothetical protein  39.32 
 
 		 190 aa  81.6  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4265  secretion protein HlyD family protein  26.21 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1186  secretion protein HlyD family protein  25.89 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.502575  normal  0.193359 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3620  HlyD family secretion protein  29.61 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.315743  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  32.32 
 
 		 390 aa  80.9  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1169  secretion protein HlyD family protein  27.13 
 
 		 288 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.595909  decreased coverage  0.00058772 
 
 
-
 
NC_004310  BR0276  transporter, putative  31.63 
 
 		 383 aa  80.1  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0290  putative transporter  31.63 
 
 		 383 aa  80.1  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0199  secretion protein HlyD family protein  30.14 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.232672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  29.46 
 
 		 372 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0178  secretion protein HlyD family protein  30.14 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.590801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  31.01 
 
 		 350 aa  79.7  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3380  secretion protein HlyD  28.19 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00820812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0203  secretion protein HlyD family protein  30.14 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5049  secretion protein HlyD family protein  30.14 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.383553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1110  putative ABC transport system, lipoprotein  25.89 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.318737 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  28.48 
 
 		 366 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  28.9 
 
 		 340 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  29.27 
 
 		 372 aa  79  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3278  secretion protein HlyD family protein  33.99 
 
 		 333 aa  78.6  0.00000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  26.07 
 
 		 354 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  29.87 
 
 		 390 aa  77.4  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0971  secretion protein HlyD family protein  34.75 
 
 		 333 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.70003 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  27.94 
 
 		 344 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3000  hypothetical protein  28 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2904  secretion protein HlyD family protein  25.23 
 
 		 329 aa  77.8  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.839486  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  34.25 
 
 		 329 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1744  secretion protein HlyD family protein  26.69 
 
 		 350 aa  77.4  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348418 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0129  hypothetical protein  28.47 
 
 		 344 aa  77  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.993938  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2370  secretion protein HlyD  29.13 
 
 		 344 aa  76.6  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.972198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  31.08 
 
 		 404 aa  76.6  0.0000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2179  secretion protein HlyD family protein  25.08 
 
 		 467 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1291  secretion protein HlyD family protein  24.88 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0717284  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0173  secretion protein HlyD  26.61 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.992888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5441  secretion protein HlyD  25.89 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649906 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.72 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  33.56 
 
 		 335 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3705  hypothetical protein  26.24 
 
 		 343 aa  75.1  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.79 
 
 		 351 aa  75.1  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  28.92 
 
 		 367 aa  74.7  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.89 
 
 		 354 aa  75.1  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.49 
 
 		 357 aa  75.1  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  29.31 
 
 		 358 aa  74.7  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2687  HlyD family secretion protein  23.47 
 
 		 357 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.21 
 
 		 370 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1586  secretion protein HlyD family protein  31.64 
 
 		 328 aa  74.7  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.125031  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3791  secretion protein HlyD family protein  27.46 
 
 		 348 aa  73.9  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.884849 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2951  secretion protein HlyD family protein  24.54 
 
 		 365 aa  73.9  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6659  RND family efflux transporter MFP subunit  31.61 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2339  secretion protein HylD  25.08 
 
 		 357 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.581598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 369 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 369 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 369 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1492  secretion protein HlyD family protein  27.85 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.39 
 
 		 369 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>