141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3141 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3141  Collagen triple helix repeat  100 
 
 
165 aa  306  9e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2742  triple helix repeat-containing collagen  73.56 
 
 
174 aa  199  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2700  triple helix repeat-containing collagen  80.58 
 
 
168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.215932  normal  0.595774 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2599  triple helix repeat-containing collagen  64.29 
 
 
222 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0118729  normal  0.173421 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4370  triple helix repeat-containing collagen  43.12 
 
 
344 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.324657  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0804  Collagen triple helix repeat  46.81 
 
 
288 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.479308  normal  0.0397602 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0878  triple helix repeat-containing collagen  44.7 
 
 
303 aa  80.1  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0304216 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4914  Collagen triple helix repeat protein  41.67 
 
 
283 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.209024  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0838  Collagen triple helix repeat protein  44.44 
 
 
297 aa  77.8  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.932228  normal  0.0295691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1608  collagen triple helix repeat protein  60.87 
 
 
1101 aa  72  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.712053 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5836  Collagen triple helix repeat protein  44.25 
 
 
1426 aa  69.7  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.278516  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1804  tail fiber protein  55.43 
 
 
434 aa  68.9  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.982324  hitchhiker  0.00650595 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1203  tail fiber protein  53.68 
 
 
451 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2871  tail fiber protein  53.68 
 
 
437 aa  68.2  0.00000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0235495 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1202  triple helix repeat-containing collagen  51.28 
 
 
400 aa  67.8  0.00000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000183423  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3403  triple helix repeat-containing collagen  62.5 
 
 
582 aa  67.8  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154784 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2165  tail fiber protein  53.68 
 
 
437 aa  67.8  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3118  tail fiber protein  55.81 
 
 
437 aa  67.4  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.145222 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3402  triple helix repeat-containing collagen  63.08 
 
 
253 aa  67  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000301368 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0478  cell-surface large adhesin  50.62 
 
 
2851 aa  66.6  0.0000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1632  large adhesin  56.52 
 
 
2914 aa  66.2  0.0000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2758  tail fiber protein  55.29 
 
 
439 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.204827  normal  0.264951 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2697  hypothetical protein  56.94 
 
 
382 aa  63.9  0.0000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3508  tail fiber protein  55.29 
 
 
645 aa  63.9  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.283696 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2569  hypothetical protein  58.33 
 
 
442 aa  62.8  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1027  triple helix repeat-containing collagen  42 
 
 
403 aa  62.8  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.155494  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  53.12 
 
 
689 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0915  tail fiber protein  54.55 
 
 
438 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1262  BclA protein  52 
 
 
295 aa  60.8  0.000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3470  triple helix repeat-containing collagen  52.86 
 
 
813 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.943395  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1618  group-specific protein  57.58 
 
 
643 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.747405  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13970  collagen triple helix repeat protein  46.48 
 
 
523 aa  58.9  0.00000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4578  Collagen triple helix repeat protein  61.9 
 
 
444 aa  58.5  0.00000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.567616 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3557  hypothetical protein  54.29 
 
 
481 aa  57  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.285889  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3841  hypothetical protein  54.29 
 
 
478 aa  57  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000174288  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1924  triple helix repeat-containing collagen  57.38 
 
 
466 aa  56.6  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0586  Collagen triple helix repeat protein  53.52 
 
 
606 aa  56.6  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2198  hypothetical protein  45.71 
 
 
240 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2467  exosporium protein H  58.62 
 
 
437 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1848  Collagen triple helix repeat protein  72.09 
 
 
250 aa  56.6  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.152171  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0682  triple helix repeat-containing collagen  51.32 
 
 
542 aa  56.2  0.0000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1581  hypothetical protein  52.17 
 
 
585 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.322632  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1339  collagen-like protein  57.58 
 
 
712 aa  55.8  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1549  group-specific protein  58.21 
 
 
512 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000333718 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2240  hypothetical protein  45.71 
 
 
258 aa  55.1  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1304  Collagen triple helix repeat protein  54.29 
 
 
319 aa  55.5  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174683  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2389  triple helix repeat-containing collagen  55.38 
 
 
842 aa  55.1  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00549275  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0025  triple helix repeat-containing collagen  50 
 
 
366 aa  55.1  0.0000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.123658  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1681  hypothetical protein  61.11 
 
 
953 aa  54.7  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1866  hypothetical protein  50.72 
 
 
835 aa  54.7  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3152  BclA protein  50 
 
 
347 aa  54.7  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0005  BclA protein  50 
 
 
347 aa  54.7  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3684  triple helix repeat-containing collagen  55.74 
 
 
468 aa  54.3  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1338  group-specific protein  63.04 
 
 
436 aa  54.3  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00783091  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3739  hypothetical protein  51.47 
 
 
1147 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0102662  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5835  metallophosphoesterase  54.41 
 
 
1421 aa  53.9  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0189418  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1104  bclA protein  47.14 
 
 
283 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2280  triple helix repeat-containing collagen  46.48 
 
 
299 aa  53.1  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0151545  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5064  Collagen triple helix repeat protein  44.05 
 
 
839 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.18046  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2406  collagen triple helix repeat protein  49.32 
 
 
300 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3360  hypothetical protein  53.03 
 
 
835 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.888871  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0713  Collagen triple helix repeat protein  53.52 
 
 
322 aa  53.1  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2244  exosporium protein H  56.67 
 
 
435 aa  52.8  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.800271  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4978  triple helix repeat-containing collagen  44.29 
 
 
469 aa  52.8  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0397  phage tail Collar  59.74 
 
 
1873 aa  53.1  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4912  collagen triple helix repeat protein  45.71 
 
 
524 aa  53.1  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4635  collagen triple helix repeat domain protein  51.56 
 
 
459 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.179421  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3469  triple helix repeat-containing collagen  49.28 
 
 
748 aa  52  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3227  triple helix repeat-containing collagen  46.38 
 
 
274 aa  52  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4557  triple helix repeat-containing collagen  53.85 
 
 
934 aa  52.4  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2011  triple helix repeat-containing collagen  39.31 
 
 
308 aa  52.4  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.160641 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4893  collagen triple helix repeat protein  46.03 
 
 
230 aa  52  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1925  triple helix repeat-containing collagen  44.83 
 
 
492 aa  52  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2459  Collagen triple helix repeat protein  54.84 
 
 
342 aa  52  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00356575 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3721  collagen triple helix repeat protein  54.29 
 
 
706 aa  52  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.98705e-33 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4623  triple helix repeat-containing collagen  44.29 
 
 
647 aa  51.6  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1479  triple helix repeat-containing collagen  36.23 
 
 
717 aa  51.6  0.000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.289213  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4655  collagen triple helix repeat domain protein  46.38 
 
 
426 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3685  triple helix repeat-containing collagen  45.12 
 
 
493 aa  51.2  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3477  triple helix repeat-containing collagen  44.29 
 
 
936 aa  51.2  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00171179  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1926  triple helix repeat-containing collagen  53.12 
 
 
582 aa  51.2  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3456  triple helix repeat-containing collagen  53.03 
 
 
1168 aa  50.8  0.000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00439724  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3124  Collagen triple helix repeat protein  58.46 
 
 
1580 aa  50.8  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3339  triple helix repeat-containing collagen  53.85 
 
 
158 aa  50.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.487784  normal  0.022781 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2241  BclA protein  50.75 
 
 
285 aa  50.1  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3686  triple helix repeat-containing collagen  45.88 
 
 
587 aa  50.4  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4654  hypothetical protein  47.83 
 
 
462 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1720  Collagen triple helix repeat protein  50.7 
 
 
558 aa  49.7  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal  0.0315117 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0538  triple helix repeat-containing collagen  32.38 
 
 
272 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0398  collagen triple helix repeat domain protein  38.18 
 
 
951 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.178342  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  34.92 
 
 
580 aa  49.3  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2409  hypothetical protein  43.18 
 
 
248 aa  48.5  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.242823  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3386  hypothetical protein  50.79 
 
 
867 aa  48.5  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.12938  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4228  hypothetical protein  38.54 
 
 
653 aa  48.1  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1380  triple helix repeat-containing collagen  46.27 
 
 
474 aa  48.1  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0453849  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4113  Collagen triple helix repeat  50.67 
 
 
212 aa  48.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366844  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4476  collagen-like protein  41.89 
 
 
815 aa  47.8  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.957246  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2610  Collagen triple helix repeat protein  39.05 
 
 
767 aa  47.8  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.965964  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4862  collagen triple helix repeat domain protein  37.61 
 
 
1170 aa  48.1  0.00006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2338  hypothetical protein  42.37 
 
 
1977 aa  48.1  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>