More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3889 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  480  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  86.13 
 
 		 245 aa  408  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  83.77 
 
 		 295 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  83.77 
 
 		 255 aa  387  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  56.64 
 
 		 232 aa  249  4e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  42 
 
 		 275 aa  148  6e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  43.72 
 
 		 263 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  44.39 
 
 		 263 aa  146  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  43.72 
 
 		 274 aa  145  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 251 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  42.64 
 
 		 226 aa  145  8.000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  39 
 
 		 222 aa  143  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 218 aa  143  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  40.84 
 
 		 230 aa  142  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  40.84 
 
 		 230 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  41.59 
 
 		 256 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 223 aa  140  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 246 aa  135  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 229 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 214 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 226 aa  132  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  38.74 
 
 		 225 aa  133  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 234 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 229 aa  128  8.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  34.23 
 
 		 241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 224 aa  124  9e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 241 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 254 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 242 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 227 aa  123  3e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  39.18 
 
 		 223 aa  122  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  34.39 
 
 		 231 aa  121  9e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 241 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 231 aa  115  5e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 228 aa  115  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 255 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  36.45 
 
 		 221 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 231 aa  112  6e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1245  GntR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 242 aa  111  9e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.65087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  37.7 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 284 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  32.21 
 
 		 227 aa  106  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  35.38 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 248 aa  102  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  39.31 
 
 		 223 aa  102  8e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 223 aa  102  8e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  37.57 
 
 		 222 aa  99  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 224 aa  97.8  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  36.68 
 
 		 239 aa  97.4  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 222 aa  95.5  7e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 222 aa  94.4  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 221 aa  93.2  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 243 aa  92.8  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 212 aa  89.7  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 221 aa  89  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 		 212 aa  87.8  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  39.29 
 
 		 221 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  31.61 
 
 		 238 aa  87  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 218 aa  87.4  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 211 aa  87.8  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  33.33 
 
 		 237 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 233 aa  87  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 233 aa  86.3  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 219 aa  86.3  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  30.5 
 
 		 223 aa  85.9  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  32.4 
 
 		 248 aa  86.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 234 aa  85.5  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 249 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 223 aa  84.3  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2445  transcriptional regulator  34.25 
 
 		 237 aa  84  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.247601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 247 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  35.03 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5785  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.827146  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 244 aa  82.8  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  32.09 
 
 		 229 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  32.43 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 256 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 235 aa  82  0.000000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 240 aa  81.6  0.000000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 218 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 239 aa  80.9  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 258 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5768  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1510  GntR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 232 aa  79.3  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.336226  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 235 aa  78.6  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 220 aa  78.6  0.00000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>