More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1304 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_1304  nuclease SbcCD, D subunit  100 
 
 		 418 aa  830    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.611964  normal  0.601138 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2193  nuclease SbcCD, D subunit  87.09 
 
 		 417 aa  702    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0979065  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2367  nuclease SbcCD, D subunit  59.8 
 
 		 408 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0953909  normal  0.605774 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3452  nuclease SbcCD, D subunit  54.46 
 
 		 414 aa  451  1e-125  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.527539  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0788  nuclease SbcCD, D subunit  41.04 
 
 		 415 aa  296  4e-79  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_694  DNA repair exonuclease  41.29 
 
 		 415 aa  296  4e-79  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0714  nuclease SbcCD, D subunit  40.3 
 
 		 415 aa  294  2e-78  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3331  exonuclease SbcD  38.44 
 
 		 412 aa  291  2e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.102024 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2129  nuclease SbcCD, D subunit  39.38 
 
 		 428 aa  290  4e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.64706 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1475  nuclease SbcCD, D subunit  40.2 
 
 		 442 aa  289  6e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0190739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0660  nuclease SbcCD, D subunit  39.07 
 
 		 428 aa  288  9e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.783127 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2085  nuclease SbcCD, D subunit  38.86 
 
 		 428 aa  286  4e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2903  nuclease SbcCD, D subunit  37.83 
 
 		 427 aa  286  4e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0109667 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3309  nuclease subunit SbcD  39.12 
 
 		 412 aa  286  5e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0273  nuclease SbcCD, D subunit  40.05 
 
 		 412 aa  277  3e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1141  nuclease SbcCD, D subunit  29.8 
 
 		 420 aa  187  4e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0824  nuclease SbcCD, D subunit  31.29 
 
 		 395 aa  105  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1156  nuclease SbcCD, D subunit  28.42 
 
 		 382 aa  97.1  5e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1299  nuclease SbcCD, D subunit  28.42 
 
 		 382 aa  97.1  5e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.894732  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  30.9 
 
 		 425 aa  96.3  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  30.8 
 
 		 379 aa  94.4  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  28.7 
 
 		 410 aa  92.4  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  28.72 
 
 		 414 aa  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1914  nuclease SbcCD, D subunit  26.51 
 
 		 390 aa  91.3  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0281047  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4030  nuclease SbcCD, D subunit  27.15 
 
 		 387 aa  90.5  5e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.755126 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  30.25 
 
 		 406 aa  88.6  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3776  nuclease SbcCD, D subunit  27.96 
 
 		 387 aa  86.3  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0285977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0493  metallophosphoesterase  25.41 
 
 		 382 aa  85.9  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1090  nuclease SbcCD, D subunit  26.69 
 
 		 380 aa  86.3  0.000000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  25.96 
 
 		 400 aa  85.1  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  26.28 
 
 		 400 aa  85.1  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  25.96 
 
 		 400 aa  85.1  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  30.93 
 
 		 400 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  25.96 
 
 		 400 aa  84.7  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2312  metallophosphoesterase  31.51 
 
 		 513 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  30 
 
 		 400 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2891  metallophosphoesterase  32 
 
 		 448 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  30 
 
 		 400 aa  84  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  25.96 
 
 		 400 aa  83.6  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  29.54 
 
 		 401 aa  83.2  0.000000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  26.24 
 
 		 380 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  30.29 
 
 		 381 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2849  exonuclease subunit SbcD  24.28 
 
 		 506 aa  82.4  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.482559  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  26.81 
 
 		 404 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  30.5 
 
 		 386 aa  82.4  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  29.66 
 
 		 399 aa  82  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  25.81 
 
 		 400 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  27.58 
 
 		 412 aa  80.9  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  26.52 
 
 		 442 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  25.81 
 
 		 400 aa  80.1  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  25.81 
 
 		 400 aa  80.1  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  25.81 
 
 		 400 aa  80.1  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  25.81 
 
 		 400 aa  80.1  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  25.81 
 
 		 400 aa  80.1  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  25.89 
 
 		 400 aa  80.5  0.00000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  25.81 
 
 		 400 aa  80.1  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0947  metallophosphoesterase  20.65 
 
 		 372 aa  79.7  0.00000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00156197  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0984  metallophosphoesterase  28.32 
 
 		 384 aa  80.1  0.00000000000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000094413 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0301  metallophosphoesterase  27.3 
 
 		 386 aa  80.1  0.00000000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  29.2 
 
 		 381 aa  79.7  0.00000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1552  nuclease SbcCD, D subunit  27.55 
 
 		 382 aa  79.7  0.00000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.787205 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1244  metallophosphoesterase  24.72 
 
 		 380 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  27.64 
 
 		 410 aa  79.3  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  29.2 
 
 		 381 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1653  metallophosphoesterase  30.24 
 
 		 270 aa  79.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.337571  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  29.2 
 
 		 381 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  28.32 
 
 		 410 aa  78.2  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1616  metallophosphoesterase  25.29 
 
 		 386 aa  78.6  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.170078  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  25.48 
 
 		 400 aa  79  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  29.2 
 
 		 381 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  27.24 
 
 		 381 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1497  nuclease SbcCD, D subunit  28.99 
 
 		 382 aa  78.2  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.231622  hitchhiker  0.000221272 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3506  nuclease SbcCD, D subunit  28.9 
 
 		 406 aa  77.4  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  25.89 
 
 		 423 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2385  nuclease SbcCD, D subunit  28.78 
 
 		 388 aa  77.4  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000242417  hitchhiker  0.000411821 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  28.32 
 
 		 418 aa  77  0.0000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  29.97 
 
 		 382 aa  76.6  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  25.87 
 
 		 381 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1050  DNA repair exonuclease family protein  25.43 
 
 		 413 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.782479  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  25.81 
 
 		 375 aa  75.9  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1450  DNA repair exonuclease  25.19 
 
 		 407 aa  76.3  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0940  metallophosphoesterase  22.6 
 
 		 380 aa  75.9  0.000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.282172  normal  0.704888 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  27.37 
 
 		 425 aa  75.1  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1109  DNA repair exonuclease family protein  24.39 
 
 		 413 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  25.17 
 
 		 379 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  25.26 
 
 		 377 aa  75.5  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2302  metallophosphoesterase  24.4 
 
 		 421 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0085  nuclease SbcCD, D subunit  26.21 
 
 		 374 aa  75.1  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1881  nuclease SbcCD, D subunit  25 
 
 		 386 aa  75.1  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.459868 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  27.92 
 
 		 408 aa  75.5  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1178  DNA repair exonuclease family protein  24.18 
 
 		 413 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.955279  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  29.08 
 
 		 406 aa  74.3  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1483  metallophosphoesterase  24.64 
 
 		 375 aa  74.3  0.000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0393867  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  28.03 
 
 		 385 aa  73.9  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27860  DNA repair exonuclease  25.88 
 
 		 420 aa  73.6  0.000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.369857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1008  DNA repair exonuclease family protein  25 
 
 		 413 aa  73.6  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0943  DNA repair exonuclease family protein  25 
 
 		 432 aa  73.2  0.000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  25.26 
 
 		 405 aa  73.6  0.000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0925  metallophosphoesterase  24.7 
 
 		 413 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4251  DNA repair exonuclease family protein  24.11 
 
 		 413 aa  73.2  0.000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000236755 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>