More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4382 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 546 aa  1120    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2481  glucose-methanol-choline oxidoreductase  63.78 
 
 		 534 aa  657    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.236507  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  65.17 
 
 		 542 aa  711    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.33687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0323  glucose-methanol-choline oxidoreductase  57.03 
 
 		 562 aa  596  1e-169  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.518363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.68 
 
 		 539 aa  536  1e-151  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104195 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0327  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.91 
 
 		 522 aa  538  1e-151  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.330808 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0803  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.61 
 
 		 581 aa  438  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0181  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.75 
 
 		 571 aa  395  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1258  glucose-methanol-choline oxidoreductase  40.47 
 
 		 571 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564674  decreased coverage  0.00861873 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.72 
 
 		 518 aa  341  2e-92  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  38.65 
 
 		 531 aa  329  7e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  41.03 
 
 		 557 aa  328  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4708  Choline dehydrogenase  37.91 
 
 		 513 aa  320  3e-86  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.62 
 
 		 529 aa  320  3e-86  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.42 
 
 		 551 aa  318  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  39.93 
 
 		 562 aa  316  7e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2727  glucose-methanol-choline oxidoreductase  41.41 
 
 		 525 aa  316  8e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0412228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.88 
 
 		 528 aa  315  1.9999999999999998e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.5 
 
 		 534 aa  313  6.999999999999999e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.59 
 
 		 549 aa  310  5e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1428  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.93 
 
 		 544 aa  309  1.0000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  37.48 
 
 		 551 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.04 
 
 		 602 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.5 
 
 		 532 aa  307  3e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.1 
 
 		 551 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.5 
 
 		 563 aa  307  4.0000000000000004e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.33 
 
 		 543 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  36.53 
 
 		 549 aa  306  6e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.43 
 
 		 542 aa  303  4.0000000000000003e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.73 
 
 		 561 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.81 
 
 		 546 aa  303  5.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  36.72 
 
 		 549 aa  303  6.000000000000001e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  36.58 
 
 		 574 aa  302  1e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  36.72 
 
 		 549 aa  302  1e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.32 
 
 		 577 aa  301  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713026  normal  0.534597 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.06 
 
 		 534 aa  301  2e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  36.25 
 
 		 559 aa  301  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1896  choline dehydrogenase  38.76 
 
 		 550 aa  300  3e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.338897 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.92 
 
 		 561 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2042  L-sorbose dehydrogenase, FAD dependent, putative  36.91 
 
 		 544 aa  300  4e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0700873  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.43 
 
 		 561 aa  299  7e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  37.17 
 
 		 545 aa  299  9e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.62 
 
 		 541 aa  298  1e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.03 
 
 		 531 aa  298  2e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  34.75 
 
 		 534 aa  298  2e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.7 
 
 		 578 aa  298  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.7 
 
 		 578 aa  298  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  38.03 
 
 		 531 aa  298  2e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.45 
 
 		 539 aa  297  4e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.2 
 
 		 540 aa  297  4e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  35.88 
 
 		 559 aa  297  4e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2072  choline dehydrogenase  37.03 
 
 		 562 aa  296  6e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.1 
 
 		 544 aa  296  6e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  37.55 
 
 		 562 aa  296  9e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  37.1 
 
 		 561 aa  296  9e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1946  choline dehydrogenase  35.39 
 
 		 560 aa  295  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.97 
 
 		 530 aa  295  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  38.35 
 
 		 548 aa  295  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.86 
 
 		 569 aa  294  3e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4749  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  38.52 
 
 		 546 aa  293  4e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769541  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.92 
 
 		 578 aa  293  6e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1882  choline dehydrogenase  36.19 
 
 		 551 aa  293  7e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7146  Choline dehydrogenase  38.45 
 
 		 514 aa  293  8e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0527106 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.87 
 
 		 541 aa  292  1e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  36.45 
 
 		 565 aa  291  1e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5650  Choline dehydrogenase  36.86 
 
 		 559 aa  291  2e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.4 
 
 		 552 aa  291  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3579  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.06 
 
 		 539 aa  291  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000745521  normal  0.65455 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1236  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.58 
 
 		 518 aa  290  3e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.116921  normal  0.443718 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2069  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.53 
 
 		 518 aa  290  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0353317 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.4 
 
 		 541 aa  290  4e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4732  choline dehydrogenase  37.76 
 
 		 568 aa  290  4e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.67 
 
 		 569 aa  290  4e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2379  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.28 
 
 		 571 aa  290  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1579  GMC family oxidoreductase  36.21 
 
 		 538 aa  290  5.0000000000000004e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  35.96 
 
 		 561 aa  290  6e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  37.74 
 
 		 551 aa  290  6e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  35.96 
 
 		 561 aa  290  6e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1832  choline dehydrogenase  37.57 
 
 		 560 aa  290  7e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.287087  normal  0.448798 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1334  choline dehydrogenase  35.27 
 
 		 560 aa  290  7e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  35.96 
 
 		 561 aa  290  7e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  35.96 
 
 		 561 aa  290  7e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1119  choline dehydrogenase  35.46 
 
 		 564 aa  289  8e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1196  choline dehydrogenase  36.07 
 
 		 565 aa  289  1e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000414657 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  34.72 
 
 		 556 aa  288  1e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.35 
 
 		 531 aa  288  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691807  normal  0.0210476 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  37.22 
 
 		 548 aa  288  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0991  choline dehydrogenase  36.91 
 
 		 552 aa  287  2.9999999999999996e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0436021  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  37.22 
 
 		 548 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1731  glucose-methanol-choline oxidoreductase  38.02 
 
 		 530 aa  286  5e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1144  choline dehydrogenase  34.96 
 
 		 551 aa  286  5.999999999999999e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0443  choline dehydrogenase  37.38 
 
 		 568 aa  286  7e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300865  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6157  choline dehydrogenase  37.85 
 
 		 561 aa  286  7e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.103614  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00267  choline dehydrogenase  36.75 
 
 		 556 aa  286  8e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00270  hypothetical protein  36.75 
 
 		 556 aa  286  8e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.18 
 
 		 556 aa  286  9e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3808  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.34 
 
 		 547 aa  286  9e-76  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.605068  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3295  choline dehydrogenase  36.87 
 
 		 556 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0203  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  37.23 
 
 		 559 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.46 
 
 		 550 aa  285  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>