More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1189 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1378  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  70.93 
 
 
495 aa  683    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1189  SLT:MLTD_N  100 
 
 
507 aa  1019    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  52.84 
 
 
530 aa  355  1e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  53.13 
 
 
534 aa  355  1e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  53.85 
 
 
476 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  53.55 
 
 
476 aa  352  8e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  50.41 
 
 
476 aa  349  8e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  60.67 
 
 
492 aa  347  2e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  51.12 
 
 
473 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  50 
 
 
534 aa  331  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  50.14 
 
 
446 aa  328  1.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  49.69 
 
 
515 aa  325  2e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  48.77 
 
 
498 aa  312  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  47.93 
 
 
1001 aa  259  9e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  47.93 
 
 
1021 aa  259  9e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  44.75 
 
 
543 aa  252  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  47.98 
 
 
554 aa  249  6e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  46.91 
 
 
556 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.12 
 
 
532 aa  246  8e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  42.32 
 
 
548 aa  245  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  40.62 
 
 
552 aa  244  3e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  43.91 
 
 
580 aa  243  5e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  43.18 
 
 
524 aa  243  7e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  46.25 
 
 
1079 aa  242  1e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  46.25 
 
 
553 aa  242  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.12 
 
 
459 aa  241  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.53 
 
 
472 aa  241  2.9999999999999997e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.06 
 
 
395 aa  236  1.0000000000000001e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  41.84 
 
 
539 aa  233  4.0000000000000004e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2407  lytic transglycosylase catalytic  39.3 
 
 
519 aa  232  1e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000206679  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.81 
 
 
455 aa  232  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  37 
 
 
487 aa  232  2e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.51 
 
 
455 aa  231  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.13 
 
 
499 aa  230  4e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002769  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  37.39 
 
 
527 aa  230  5e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0709625  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  44.27 
 
 
406 aa  229  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  44.27 
 
 
406 aa  229  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  44.27 
 
 
406 aa  229  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  44.27 
 
 
406 aa  229  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1140  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  39.74 
 
 
457 aa  228  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  40.07 
 
 
457 aa  228  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03214  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.87 
 
 
528 aa  228  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2612  lytic transglycosylase catalytic  38.34 
 
 
517 aa  227  3e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00320162  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  36.69 
 
 
475 aa  226  6e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  37.85 
 
 
517 aa  226  9e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2028  membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative  38.7 
 
 
562 aa  224  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1995  MltD domain-containing protein  39.56 
 
 
519 aa  223  6e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0597997  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2842  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  44.54 
 
 
464 aa  223  7e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.96 
 
 
452 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.96 
 
 
452 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  42.31 
 
 
511 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1006  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.49 
 
 
465 aa  222  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.96 
 
 
452 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  37.96 
 
 
452 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.96 
 
 
452 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2010  MltD domain-containing protein  39.56 
 
 
515 aa  221  3e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000075439  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2328  MLTD_N domain protein  39.56 
 
 
515 aa  221  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191267  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.96 
 
 
452 aa  221  3e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3414  MltD domain-containing protein  41.18 
 
 
474 aa  221  3e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.387896 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2370  MltD domain-containing protein  39.26 
 
 
515 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191622  normal  0.0274164 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1775  MltD domain-containing protein  39.42 
 
 
514 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000157284  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2162  MltD domain-containing protein  44.31 
 
 
515 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000015187  normal  0.0463947 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3584  MltD domain-containing protein  41.18 
 
 
474 aa  220  5e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2239  MltD domain-containing protein  44.31 
 
 
515 aa  220  5e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000290674  normal  0.325041 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  41.21 
 
 
557 aa  219  6e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  46.03 
 
 
561 aa  219  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  42.69 
 
 
442 aa  218  1e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  42.69 
 
 
442 aa  219  1e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.76 
 
 
517 aa  219  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2058  MltD domain-containing protein  39.24 
 
 
515 aa  219  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000280518  decreased coverage  0.000141788 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  43.92 
 
 
474 aa  219  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  41.5 
 
 
519 aa  218  2e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2564  Slt family transglycosylase  43.92 
 
 
515 aa  218  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1666  peptidoglycan-binding protein LysM  47.04 
 
 
501 aa  218  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0538  MltD domain-containing protein  40.78 
 
 
474 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.76 
 
 
406 aa  218  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.76 
 
 
406 aa  218  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  45.99 
 
 
564 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  47.74 
 
 
516 aa  217  4e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  47.74 
 
 
516 aa  217  5e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  45.99 
 
 
564 aa  217  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  45.16 
 
 
530 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  45.16 
 
 
530 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  45.16 
 
 
530 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  45.16 
 
 
553 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  45.16 
 
 
552 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  45.16 
 
 
530 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  45.16 
 
 
530 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0625  MltD domain-containing protein  42.68 
 
 
483 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4017  Slt family transglycosylase  40 
 
 
477 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0652  MltD domain-containing protein  42.68 
 
 
483 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  44.76 
 
 
528 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  39.15 
 
 
518 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  45.28 
 
 
485 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2292  Lytic transglycosylase catalytic  42.86 
 
 
458 aa  214  3.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376038  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0648  MLTD_N domain protein  42.26 
 
 
483 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3737  MltD domain-containing protein  42.26 
 
 
483 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  45.64 
 
 
570 aa  213  7e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  44.76 
 
 
531 aa  212  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1461  lytic transglycosylase, catalytic  39.27 
 
 
509 aa  212  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0063107  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>