More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4072 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3280  TonB-dependent siderophore receptor  48.23 
 
 		 802 aa  702    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.118195  normal  0.578199 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4072  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 817 aa  1682    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4082  TonB-dependent siderophore receptor  60.73 
 
 		 819 aa  979    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.671478  normal  0.825712 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3317  TonB-dependent siderophore receptor  40.97 
 
 		 816 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3196  TonB-dependent siderophore receptor  39.03 
 
 		 803 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222384  normal  0.197486 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0693  TonB-dependent siderophore receptor  40.72 
 
 		 814 aa  538  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21530  TonB-dependent siderophore receptor  38.55 
 
 		 795 aa  529  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1440  TonB-dependent siderophore receptor  38.37 
 
 		 827 aa  513  1e-144  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0692  TonB-dependent siderophore receptor  37.47 
 
 		 801 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33680  ferripyoverdine receptor  37.4 
 
 		 815 aa  499  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.133234  normal  0.0177724 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40910  ferripyoverdine receptor  36.77 
 
 		 808 aa  485  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00205881  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44130  FpvA-like outer membrane ferropyoverdine receptor  35.28 
 
 		 812 aa  482  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2045  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1171  TonB-dependent siderophore receptor  37.91 
 
 		 803 aa  477  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.963652  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44970  TonB-dependent siderophore receptor  35.77 
 
 		 798 aa  472  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.259905  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40210  second ferripyoverdine receptor  37.28 
 
 		 799 aa  467  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4217  outer membrane ferripyoverdine receptor  37.49 
 
 		 812 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17690  TonB-dependent siderophore receptor  34.85 
 
 		 806 aa  455  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.559491  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0874  TonB-dependent siderophore receptor  38.04 
 
 		 840 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.708566 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25550  TonB-dependent siderophore receptor/ferripyoverdine receptor  34.46 
 
 		 807 aa  452  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0669  outer membrane ferric siderophore receptor  36.02 
 
 		 810 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.907614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4418  ferripyoverdine receptor  37.76 
 
 		 766 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0326173  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4481  TonB-dependent siderophore receptor  35.71 
 
 		 824 aa  446  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.207643  normal  0.919252 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02230  outer membrane ferripyoverdine receptor  34.64 
 
 		 789 aa  444  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5131  TonB-dependent siderophore receptor  36.47 
 
 		 841 aa  446  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.112839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0860  TonB-dependent siderophore receptor  34.28 
 
 		 841 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2583  TonB-dependent siderophore receptor  37.06 
 
 		 748 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518679 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0846  TonB-dependent siderophore receptor  34.31 
 
 		 841 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2733  TonB-dependent siderophore receptor  37.84 
 
 		 747 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000321343  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0604  TonB-dependent siderophore receptor  35.25 
 
 		 831 aa  434  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2121  TonB-dependent siderophore receptor  38.68 
 
 		 722 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0440064  normal  0.552205 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3544  TonB-dependent siderophore receptor  34.9 
 
 		 844 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.40142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2812  TonB-dependent siderophore receptor  37.52 
 
 		 747 aa  432  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.215946  normal  0.484151 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2711  TonB-dependent siderophore receptor  37.88 
 
 		 741 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2049  TonB-dependent siderophore receptor  36.98 
 
 		 833 aa  429  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1482  TonB-dependent siderophore receptor  37.13 
 
 		 723 aa  425  1e-117  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.708537 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1653  TonB-dependent siderophore receptor  38.06 
 
 		 741 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0605702  hitchhiker  0.00000000219782 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3328  TonB-dependent siderophore receptor  34.68 
 
 		 822 aa  420  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.513174  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2414  TonB-dependent siderophore receptor  36.86 
 
 		 737 aa  422  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.486485  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3601  TonB-dependent siderophore receptor  34.37 
 
 		 836 aa  421  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.743224  normal  0.189186 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3692  TonB-dependent siderophore receptor  37.73 
 
 		 722 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1501  TonB-dependent siderophore receptor  36.65 
 
 		 732 aa  415  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.125781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1784  TonB-dependent siderophore receptor  36.69 
 
 		 717 aa  405  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306565  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0759  TonB-dependent siderophore receptor  34.32 
 
 		 800 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3276  TonB-dependent siderophore receptor  33.58 
 
 		 840 aa  405  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.130164 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09970  type I ferripyoverdine receptor, FpvB  34.87 
 
 		 802 aa  405  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1481  ferric-rhodotorulic acid outer membrane transporter  35.02 
 
 		 729 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00382185  hitchhiker  0.00000310394 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1223  ferric-rhodotorulic acid outer membrane transporter  35.02 
 
 		 729 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000020204  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3033  ferric alcaligin siderophore receptor  37.16 
 
 		 700 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1879  TonB-dependent siderophore receptor  34.45 
 
 		 841 aa  402  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.432996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2025  ferric-rhodotorulic acid outer membrane transporter  35.02 
 
 		 729 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000237263  hitchhiker  0.0000045764 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3478  TonB-dependent siderophore receptor  34.88 
 
 		 825 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01098  ferric-rhodotorulic acid outer membrane transporter  35.02 
 
 		 729 aa  399  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.523255  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2545  TonB-dependent siderophore receptor  35.02 
 
 		 729 aa  399  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00327648  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1055  ferric-rhodotorulic acid outer membrane transporter  35.62 
 
 		 747 aa  398  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2499  ferric-rhodotorulic acid outer membrane transporter  35.02 
 
 		 729 aa  399  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.318087  unclonable  0.0000000283448 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1451  TonB-dependent siderophore receptor  37.16 
 
 		 737 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1517  TonB-dependent siderophore receptor  36.87 
 
 		 737 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0134645  normal  0.877607 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01106  hypothetical protein  35.02 
 
 		 729 aa  399  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.689576  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0288  TonB-dependent siderophore receptor  37.04 
 
 		 765 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.566614  normal  0.515749 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2222  ferric-rhodotorulic acid outer membrane transporter  35.02 
 
 		 729 aa  399  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0115447  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1224  ferric-rhodotorulic acid outer membrane transporter  35.02 
 
 		 729 aa  399  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000059752  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0272  TonB-dependent siderophore receptor  37.04 
 
 		 765 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199499 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2462  TonB-dependent siderophore receptor  36.21 
 
 		 724 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2065  TonB-dependent siderophore receptor  33.85 
 
 		 809 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1507  TonB-dependent siderophore receptor  37.16 
 
 		 737 aa  396  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.681157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0137  TonB-dependent iron-siderophore receptor precursor  34.14 
 
 		 721 aa  392  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3273  TonB-dependent siderophore receptor  35.97 
 
 		 826 aa  389  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.480033  normal  0.0611881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1585  TonB-dependent siderophore receptor  33.65 
 
 		 828 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927871  normal  0.219293 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0298  TonB-dependent siderophore receptor  36.71 
 
 		 765 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.496708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0950  TonB-dependent siderophore receptor  34.85 
 
 		 723 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000152119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1326  TonB-dependent siderophore receptor  34.85 
 
 		 741 aa  388  1e-106  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624497  normal  0.0240469 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0952  TonB-dependent siderophore receptor  34.46 
 
 		 729 aa  387  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000770151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3863  TonB-dependent siderophore receptor  34.42 
 
 		 733 aa  384  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000567085  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1732  TonB-dependent siderophore receptor  32.87 
 
 		 864 aa  383  1e-105  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0884061  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0988  TonB-dependent siderophore receptor  34.46 
 
 		 731 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00021194  normal  0.772446 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2539  TonB-dependent siderophore receptor  35.62 
 
 		 753 aa  383  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3531  TonB-dependent siderophore receptor  34.59 
 
 		 740 aa  382  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.313722  decreased coverage  0.00643483 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1961  TonB-dependent siderophore receptor  33.87 
 
 		 803 aa  381  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.281016  normal  0.90568 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2165  ferric-rhodotorulic acid outer membrane transporter  34.01 
 
 		 724 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000331924 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1303  ferric-rhodotorulic acid outer membrane transporter  34.01 
 
 		 724 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.11921  hitchhiker  0.00000000921463 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3182  TonB-dependent siderophore receptor  34.71 
 
 		 735 aa  381  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1318  ferric-rhodotorulic acid outer membrane transporter  34.15 
 
 		 724 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.45545  hitchhiker  0.0000000229507 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1981  ferric-rhodotorulic acid outer membrane transporter  34.15 
 
 		 724 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0489607  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2440  FhuE receptor  35.72 
 
 		 753 aa  383  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1280  ferric-rhodotorulic acid outer membrane transporter  34.01 
 
 		 724 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.147358  normal  0.76264 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2151  TonB-dependent siderophore receptor, putative  33.17 
 
 		 825 aa  378  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0848793  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1617  ferric-rhodotorulic acid outer membrane transporter  34.93 
 
 		 728 aa  377  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000544721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3410  TonB-dependent siderophore receptor  35.46 
 
 		 714 aa  379  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.635094 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1449  TonB-dependent siderophore receptor  32.64 
 
 		 822 aa  378  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2152  TonB-dependent siderophore receptor, putative  35.11 
 
 		 743 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.101667  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2124  TonB-dependent siderophore receptor  34.14 
 
 		 722 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000170131  normal  0.221939 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3666  TonB-dependent siderophore receptor  32.71 
 
 		 828 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.476594 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2136  TonB-dependent siderophore receptor  34.14 
 
 		 722 aa  372  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.503645  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1962  TonB-dependent siderophore receptor  35.57 
 
 		 746 aa  372  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.898727 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1678  TonB-dependent siderophore receptor  32.93 
 
 		 830 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.463262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1841  TonB-dependent siderophore receptor  33.93 
 
 		 696 aa  366  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000240616  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2339  TonB-dependent siderophore receptor  34.14 
 
 		 722 aa  369  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000312883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4535  TonB-dependent siderophore receptor  34.44 
 
 		 778 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.453333 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1848  TonB-dependent siderophore receptor  31.27 
 
 		 826 aa  366  1e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.817483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3182  TonB-dependent receptor family protein  34.84 
 
 		 699 aa  365  2e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.223092 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>