264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1133 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 
783 aa  1579    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1679  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.83 
 
 
847 aa  372  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6324  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.23 
 
 
830 aa  356  7.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.798758  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.23 
 
 
830 aa  356  7.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2406  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.14 
 
 
812 aa  355  2.9999999999999997e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0491  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.91 
 
 
793 aa  353  7e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4479  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.84 
 
 
913 aa  330  5.0000000000000004e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4894  fimbrial usher protein  29.44 
 
 
802 aa  321  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4980  fimbrial usher protein  29.19 
 
 
802 aa  319  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4928  fimbrial usher protein  29.31 
 
 
802 aa  318  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3870  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.69 
 
 
792 aa  244  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3782  fimbrial usher protein  26.69 
 
 
792 aa  243  7e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0670  fimbrial usher protein  26.69 
 
 
792 aa  242  2e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0189299  normal  0.787892 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0163  fimbrial usher family protein  26.58 
 
 
789 aa  233  9e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1631  putative fimbrial usher protein  26.63 
 
 
855 aa  232  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121558  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2228  outer membrane usher protein fimD  28.2 
 
 
837 aa  201  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531557  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.9 
 
 
831 aa  192  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2037  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.07 
 
 
837 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.367837  normal  0.304513 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3835  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.63 
 
 
857 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.322059 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2235  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.27 
 
 
819 aa  158  4e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0323635 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.65 
 
 
850 aa  155  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0331  outer-membrane fimbrial usher protein  25.63 
 
 
836 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.56 
 
 
867 aa  154  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2757  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.69 
 
 
823 aa  154  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1531  outer membrane usher protein PsaC precursor  24.75 
 
 
823 aa  151  5e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00459102  normal  0.0366922 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.91 
 
 
870 aa  151  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2676  fimbrial usher protein  24.75 
 
 
823 aa  151  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.529958  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  25.97 
 
 
870 aa  150  7e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.44 
 
 
832 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  25.79 
 
 
836 aa  148  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0185038 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0330  outer-membrane fimbrial usher protein  25.7 
 
 
836 aa  148  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.428849  normal  0.361792 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.26 
 
 
871 aa  147  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  25.76 
 
 
836 aa  147  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.200021 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.7 
 
 
887 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  23.21 
 
 
839 aa  144  8e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  23.75 
 
 
842 aa  144  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1455  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.14 
 
 
841 aa  144  9e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0886847 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.39 
 
 
963 aa  143  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4882  outer membrane fimbrial usher protein  24.37 
 
 
814 aa  143  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00405826 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0150  putative outer membrane usher protein  23.75 
 
 
866 aa  140  6e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0557898  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  23.62 
 
 
842 aa  140  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.34 
 
 
1040 aa  140  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  26.24 
 
 
833 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  23.62 
 
 
842 aa  140  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.26 
 
 
844 aa  138  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.81 
 
 
872 aa  137  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.22 
 
 
837 aa  137  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  26.02 
 
 
833 aa  136  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  25.44 
 
 
833 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0300  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.85 
 
 
850 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3021  usher  25.99 
 
 
868 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383508  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1016  usher CupB3  26.8 
 
 
842 aa  135  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  25.91 
 
 
850 aa  134  6e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1534  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.06 
 
 
880 aa  134  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155889  normal  0.781332 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  24.79 
 
 
872 aa  134  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  23.28 
 
 
840 aa  133  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  23.66 
 
 
848 aa  132  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.12 
 
 
876 aa  130  8.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.06 
 
 
866 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  23.66 
 
 
848 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.86 
 
 
929 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  23.54 
 
 
848 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.44 
 
 
861 aa  129  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  23.54 
 
 
848 aa  129  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  23.23 
 
 
869 aa  129  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3292  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.24 
 
 
835 aa  128  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0249983 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  23.86 
 
 
869 aa  128  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.34 
 
 
851 aa  128  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  23.86 
 
 
869 aa  127  6e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  23.86 
 
 
869 aa  127  6e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0378  outer membrane fimbrial usher protein  24.62 
 
 
853 aa  127  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.383474  normal  0.14713 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  23.91 
 
 
848 aa  126  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.931496 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00138  predicted outer membrane usher protein  22.58 
 
 
866 aa  125  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.242509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3463  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.15 
 
 
865 aa  125  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.93384  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0168  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.67 
 
 
864 aa  126  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.62 
 
 
859 aa  126  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  24.22 
 
 
839 aa  126  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0391  outer membrane fimbrial usher protein  24.07 
 
 
853 aa  125  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0860729  normal  0.0225647 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00137  hypothetical protein  22.58 
 
 
861 aa  125  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.206495  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0142  putative outer membrane usher protein  22.84 
 
 
866 aa  125  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0236514  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2496  fimbrial usher protein  23.06 
 
 
828 aa  125  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.775864 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.12 
 
 
867 aa  125  4e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0369  outer membrane fimbrial usher protein  23.94 
 
 
853 aa  125  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.590935 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.99 
 
 
880 aa  125  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.73 
 
 
869 aa  125  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0371  outer membrane fimbrial usher protein  23.94 
 
 
853 aa  125  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  24.65 
 
 
870 aa  124  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0431  outer membrane fimbrial usher protein  23.82 
 
 
853 aa  124  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000247284 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  24.65 
 
 
870 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2339  fimbrial usher protein  22.97 
 
 
828 aa  123  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.365526  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  24.65 
 
 
870 aa  123  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.74 
 
 
866 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.93 
 
 
886 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  25.81 
 
 
844 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  24.52 
 
 
870 aa  122  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  24.52 
 
 
870 aa  120  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3926  putative fimbrial usher protein FanD  23.97 
 
 
785 aa  120  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.540204 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3974  putative outer membrane usher protein  22.52 
 
 
866 aa  120  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.183336  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0607  outer membrane usher protein fimD  23.16 
 
 
869 aa  120  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0594926  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2388  fimbrial usher protein  22.7 
 
 
828 aa  118  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.769414 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>