295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A2339 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A2496  fimbrial usher protein  99.76 
 
 		 828 aa  1707    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.775864 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1548  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  61.59 
 
 		 826 aa  1107    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.2778  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2384  fimbrial usher protein  62.58 
 
 		 829 aa  1092    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0771751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2295  fimbrial usher protein  61.18 
 
 		 829 aa  1093    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2245  fimbrial usher protein  61.47 
 
 		 826 aa  1103    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.141315  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2388  fimbrial usher protein  98.43 
 
 		 828 aa  1691    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.769414 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2399  fimbrial usher protein  61.84 
 
 		 826 aa  1110    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3092  fimbrial usher protein  62.44 
 
 		 826 aa  1120    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595563 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0934  fimbrial usher protein  61.84 
 
 		 826 aa  1107    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1538  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  61.59 
 
 		 826 aa  1107    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2339  fimbrial usher protein  100 
 
 		 828 aa  1712    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.365526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4155  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.5 
 
 		 836 aa  525  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.66 
 
 		 851 aa  438  1e-121  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.54 
 
 		 866 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  33.09 
 
 		 870 aa  427  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.97 
 
 		 870 aa  427  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.38 
 
 		 861 aa  427  1e-118  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00021  putative usher protein  48.84 
 
 		 381 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.102676  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  32.39 
 
 		 901 aa  410  1e-113  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.23 
 
 		 850 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.39 
 
 		 901 aa  409  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3520  putative outer membrane usher protein  32.54 
 
 		 866 aa  406  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.315338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.13 
 
 		 1040 aa  397  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1016  usher CupB3  32.97 
 
 		 842 aa  398  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.24 
 
 		 880 aa  393  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2235  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.36 
 
 		 819 aa  390  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0323635 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  31.88 
 
 		 844 aa  392  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  31.48 
 
 		 914 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00138  predicted outer membrane usher protein  31.48 
 
 		 866 aa  388  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.242509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3463  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.6 
 
 		 865 aa  388  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.93384  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  31.23 
 
 		 913 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0142  putative outer membrane usher protein  31.25 
 
 		 866 aa  387  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0236514  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00137  hypothetical protein  31.48 
 
 		 861 aa  389  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.206495  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  31.23 
 
 		 914 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0148  putative outer membrane usher protein  32.22 
 
 		 866 aa  386  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.234756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3974  putative outer membrane usher protein  32.03 
 
 		 866 aa  389  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.183336  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  32.46 
 
 		 888 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.43 
 
 		 872 aa  385  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  31.06 
 
 		 939 aa  384  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.53 
 
 		 832 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.76 
 
 		 866 aa  382  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  33.79 
 
 		 872 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.15 
 
 		 963 aa  380  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  30.72 
 
 		 839 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3292  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.87 
 
 		 835 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0249983 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.16 
 
 		 886 aa  375  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0169  fimbrial usher protein  31 
 
 		 883 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.53 
 
 		 867 aa  376  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31 
 
 		 883 aa  374  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.318083  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.18 
 
 		 884 aa  371  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.21 
 
 		 852 aa  371  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3021  usher  31.16 
 
 		 868 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383508  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0150  putative outer membrane usher protein  30.23 
 
 		 866 aa  368  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0557898  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.04 
 
 		 878 aa  366  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  30.05 
 
 		 863 aa  367  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0501  fimbrial usher protein  30.88 
 
 		 875 aa  368  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.316711  decreased coverage  0.00141222 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0209  putative outer membrane usher protein  30.79 
 
 		 865 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  30.29 
 
 		 878 aa  365  2e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  30.91 
 
 		 878 aa  364  3e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  30.91 
 
 		 878 aa  364  3e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.88 
 
 		 929 aa  364  3e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00022  hypothetical protein  49.7 
 
 		 335 aa  364  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0910551  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.39 
 
 		 930 aa  362  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0025  outer membrane usher protein FimD  32.73 
 
 		 888 aa  362  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.028823  normal  0.118886 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.92 
 
 		 887 aa  360  4e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  29.94 
 
 		 856 aa  361  4e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  32.73 
 
 		 873 aa  360  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  32.6 
 
 		 888 aa  360  6e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.03 
 
 		 852 aa  359  9.999999999999999e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0026  outer membrane usher protein FimD  32.6 
 
 		 888 aa  359  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0792355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0026  outer membrane usher protein FimD  32.47 
 
 		 888 aa  358  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.55 
 
 		 828 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.39 
 
 		 856 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.79 
 
 		 871 aa  357  5.999999999999999e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.66 
 
 		 833 aa  353  1e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.7 
 
 		 844 aa  352  2e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.15 
 
 		 831 aa  349  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2228  outer membrane usher protein fimD  30.38 
 
 		 837 aa  348  2e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531557  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1455  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.32 
 
 		 841 aa  348  3e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0886847 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  32.04 
 
 		 848 aa  347  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  31.64 
 
 		 848 aa  347  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  31.91 
 
 		 848 aa  347  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  32.04 
 
 		 848 aa  347  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  31.91 
 
 		 848 aa  346  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.64 
 
 		 875 aa  345  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.64 
 
 		 875 aa  345  2e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  29.55 
 
 		 839 aa  343  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.38 
 
 		 851 aa  343  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  31.1 
 
 		 870 aa  343  7e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  31.18 
 
 		 870 aa  342  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.88 
 
 		 852 aa  341  2.9999999999999998e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1534  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29 
 
 		 880 aa  341  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155889  normal  0.781332 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  31.18 
 
 		 870 aa  341  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1477  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.82 
 
 		 890 aa  341  4e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.432789  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  31.06 
 
 		 870 aa  340  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1365  fimbrial usher protein  30.06 
 
 		 833 aa  340  9e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.347917  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  30.94 
 
 		 870 aa  340  9e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2037  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.34 
 
 		 837 aa  339  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.367837  normal  0.304513 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.04 
 
 		 877 aa  337  7e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  29.87 
 
 		 839 aa  336  9e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>