286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_3520 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00138  predicted outer membrane usher protein  58.89 
 
 		 866 aa  1101    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.242509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3463  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  59.72 
 
 		 865 aa  1097    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.93384  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  62.12 
 
 		 888 aa  1154    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0148  putative outer membrane usher protein  81.18 
 
 		 866 aa  1492    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.234756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0209  putative outer membrane usher protein  45.78 
 
 		 865 aa  739    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3520  putative outer membrane usher protein  100 
 
 		 866 aa  1781    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.315338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0142  putative outer membrane usher protein  58.78 
 
 		 866 aa  1097    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0236514  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0150  putative outer membrane usher protein  59.7 
 
 		 866 aa  1083    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0557898  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00137  hypothetical protein  59.48 
 
 		 861 aa  1101    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.206495  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3974  putative outer membrane usher protein  63.29 
 
 		 866 aa  1157    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.183336  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  37.4 
 
 		 939 aa  538  1e-151  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  37.16 
 
 		 914 aa  537  1e-151  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  37.16 
 
 		 914 aa  537  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  37.05 
 
 		 913 aa  535  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38 
 
 		 850 aa  526  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.43 
 
 		 866 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.24 
 
 		 930 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.4 
 
 		 880 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.61 
 
 		 886 aa  510  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.26 
 
 		 884 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.83 
 
 		 1040 aa  501  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.5 
 
 		 856 aa  491  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.59 
 
 		 963 aa  488  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.18 
 
 		 861 aa  487  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.82 
 
 		 867 aa  483  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  36.05 
 
 		 901 aa  480  1e-134  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.05 
 
 		 901 aa  477  1e-133  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.48 
 
 		 852 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.18 
 
 		 852 aa  464  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1016  usher CupB3  35.25 
 
 		 842 aa  465  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34 
 
 		 872 aa  456  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  34.45 
 
 		 844 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.01 
 
 		 870 aa  441  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  34.01 
 
 		 870 aa  441  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.46 
 
 		 866 aa  434  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.3 
 
 		 851 aa  434  1e-120  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1477  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.87 
 
 		 890 aa  422  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.432789  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  33.84 
 
 		 870 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  33.84 
 
 		 870 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  33.95 
 
 		 870 aa  419  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  33.64 
 
 		 870 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1365  fimbrial usher protein  33.83 
 
 		 833 aa  418  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.347917  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  33.53 
 
 		 870 aa  416  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1534  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.17 
 
 		 880 aa  416  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155889  normal  0.781332 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  33.03 
 
 		 839 aa  409  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  32.36 
 
 		 856 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  31.86 
 
 		 878 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  31.86 
 
 		 878 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  32.01 
 
 		 863 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  32.01 
 
 		 878 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.74 
 
 		 878 aa  405  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  32.23 
 
 		 840 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2339  fimbrial usher protein  32.54 
 
 		 828 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.365526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2388  fimbrial usher protein  32.66 
 
 		 828 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.769414 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  32.26 
 
 		 869 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2496  fimbrial usher protein  32.41 
 
 		 828 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.775864 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2295  fimbrial usher protein  31.3 
 
 		 829 aa  393  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  32.26 
 
 		 869 aa  393  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  32.37 
 
 		 869 aa  395  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  32.26 
 
 		 869 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  31.81 
 
 		 866 aa  390  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.33 
 
 		 867 aa  392  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  32.02 
 
 		 871 aa  392  1e-107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0607  outer membrane usher protein fimD  31.93 
 
 		 869 aa  390  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0594926  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  32.04 
 
 		 866 aa  390  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.26 
 
 		 869 aa  392  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.58 
 
 		 833 aa  391  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  32.08 
 
 		 844 aa  392  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711297 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  32.04 
 
 		 866 aa  389  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2384  fimbrial usher protein  31.25 
 
 		 829 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0771751  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1548  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.26 
 
 		 826 aa  389  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.2778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.81 
 
 		 866 aa  387  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  31.65 
 
 		 850 aa  388  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  31.65 
 
 		 833 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  32.19 
 
 		 839 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1538  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.26 
 
 		 826 aa  389  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2245  fimbrial usher protein  30.93 
 
 		 826 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.141315  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  31.53 
 
 		 833 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3092  fimbrial usher protein  31.37 
 
 		 826 aa  387  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595563 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  31.7 
 
 		 866 aa  385  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  31.7 
 
 		 866 aa  385  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  32.49 
 
 		 863 aa  384  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2399  fimbrial usher protein  30.97 
 
 		 826 aa  385  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0934  fimbrial usher protein  31.09 
 
 		 826 aa  385  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2235  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.13 
 
 		 819 aa  385  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0323635 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4155  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.99 
 
 		 836 aa  384  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  32.77 
 
 		 842 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  31.53 
 
 		 833 aa  385  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.6 
 
 		 838 aa  385  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  32.37 
 
 		 838 aa  382  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  32.65 
 
 		 842 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  32.37 
 
 		 838 aa  382  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  32.37 
 
 		 838 aa  383  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.06 
 
 		 876 aa  380  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  32.49 
 
 		 838 aa  382  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  31.58 
 
 		 866 aa  383  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  32.77 
 
 		 842 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.14 
 
 		 838 aa  378  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  30.78 
 
 		 809 aa  378  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  30.78 
 
 		 809 aa  378  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>