269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4094 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  100 
 
 
840 aa  1733    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  95.23 
 
 
839 aa  1659    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  63.74 
 
 
844 aa  1150    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.711297 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  42.11 
 
 
851 aa  633  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  39.69 
 
 
842 aa  626  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  39.81 
 
 
842 aa  626  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  39.81 
 
 
842 aa  625  1e-177  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.19 
 
 
840 aa  622  1e-176  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.4 
 
 
866 aa  609  1e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  39.17 
 
 
866 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  39.28 
 
 
866 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  39.17 
 
 
866 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  39.28 
 
 
866 aa  606  9.999999999999999e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  39.02 
 
 
870 aa  602  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0484781 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  39.28 
 
 
878 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  39.28 
 
 
878 aa  604  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.74 
 
 
837 aa  602  1.0000000000000001e-171  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  39.4 
 
 
866 aa  605  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  39.39 
 
 
863 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  38.83 
 
 
870 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  38.95 
 
 
870 aa  604  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  38.83 
 
 
870 aa  602  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  39.16 
 
 
856 aa  602  1e-170  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.16 
 
 
878 aa  600  1e-170  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  38.6 
 
 
870 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  39.16 
 
 
878 aa  600  1e-170  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  39.17 
 
 
866 aa  600  1e-170  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.62 
 
 
876 aa  586  1e-166  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  40.6 
 
 
848 aa  585  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  40.84 
 
 
848 aa  585  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  40.6 
 
 
848 aa  585  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  40.84 
 
 
848 aa  585  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  40.48 
 
 
848 aa  583  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.94 
 
 
833 aa  580  1e-164  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.27 
 
 
877 aa  569  1e-161  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  39.81 
 
 
873 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.63 
 
 
867 aa  566  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0025  outer membrane usher protein FimD  39.81 
 
 
888 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.028823  normal  0.118886 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0026  outer membrane usher protein FimD  39.81 
 
 
888 aa  565  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0792355  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0026  outer membrane usher protein FimD  39.7 
 
 
888 aa  565  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  38.02 
 
 
871 aa  565  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  39.7 
 
 
888 aa  565  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  37.54 
 
 
869 aa  560  1e-158  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  37.54 
 
 
869 aa  560  1e-158  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  37.54 
 
 
869 aa  560  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  37.54 
 
 
869 aa  560  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.73 
 
 
869 aa  561  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  39.13 
 
 
809 aa  558  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  39.01 
 
 
809 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  39.01 
 
 
809 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  39.01 
 
 
809 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0607  outer membrane usher protein fimD  37.5 
 
 
869 aa  556  1e-157  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0594926  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  39.01 
 
 
809 aa  555  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.72 
 
 
851 aa  545  1e-154  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  38.77 
 
 
838 aa  531  1e-149  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.77 
 
 
838 aa  529  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  38.65 
 
 
838 aa  529  1e-149  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  38.72 
 
 
838 aa  529  1e-149  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  38.77 
 
 
838 aa  531  1e-149  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.26 
 
 
838 aa  527  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  38.14 
 
 
863 aa  527  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2118  fimbrial usher family protein  39.5 
 
 
740 aa  513  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.167309 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  35.38 
 
 
850 aa  482  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.47 
 
 
859 aa  480  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  35.26 
 
 
833 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  35.58 
 
 
833 aa  478  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  35.58 
 
 
833 aa  477  1e-133  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.34 
 
 
871 aa  478  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.08 
 
 
875 aa  464  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.08 
 
 
875 aa  464  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0832  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.66 
 
 
853 aa  455  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.646384  normal  0.17108 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.32 
 
 
886 aa  450  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.09 
 
 
852 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  34.31 
 
 
839 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.13 
 
 
880 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  34.51 
 
 
839 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.15 
 
 
852 aa  428  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.62 
 
 
963 aa  424  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2757  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.69 
 
 
823 aa  423  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.51 
 
 
831 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.35 
 
 
861 aa  418  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0331  outer-membrane fimbrial usher protein  32.97 
 
 
836 aa  419  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.33 
 
 
851 aa  418  9.999999999999999e-116  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2676  fimbrial usher protein  32.81 
 
 
823 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.529958  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1531  outer membrane usher protein PsaC precursor  32.81 
 
 
823 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00459102  normal  0.0366922 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3292  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.08 
 
 
835 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0249983 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.7 
 
 
870 aa  413  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0084  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.78 
 
 
818 aa  415  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  33.7 
 
 
870 aa  413  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.49 
 
 
828 aa  412  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  33.81 
 
 
939 aa  410  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  33.29 
 
 
836 aa  412  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0185038 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4195  LpfC  93.66 
 
 
207 aa  411  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.96 
 
 
850 aa  412  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.77 
 
 
930 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.25 
 
 
867 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.2 
 
 
884 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.37 
 
 
866 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.01 
 
 
851 aa  405  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.51 
 
 
872 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>