221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E4195 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E4195  LpfC  100 
 
 		 207 aa  432  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  98.04 
 
 		 839 aa  418  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  93.66 
 
 		 840 aa  411  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  52.91 
 
 		 844 aa  242  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711297 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.5 
 
 		 866 aa  125  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  33.5 
 
 		 866 aa  126  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  33.5 
 
 		 866 aa  125  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  33.98 
 
 		 866 aa  125  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  33.5 
 
 		 866 aa  124  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  33.01 
 
 		 866 aa  123  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  33.01 
 
 		 866 aa  123  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  36.22 
 
 		 871 aa  119  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0832  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.22 
 
 		 853 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.646384  normal  0.17108 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.66 
 
 		 875 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.66 
 
 		 875 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.83 
 
 		 852 aa  115  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  32.81 
 
 		 856 aa  112  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  32.29 
 
 		 863 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  31.68 
 
 		 878 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  31.68 
 
 		 878 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.68 
 
 		 878 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  31.87 
 
 		 850 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  31.87 
 
 		 833 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  31.87 
 
 		 833 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  31.87 
 
 		 833 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  35.24 
 
 		 851 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  33.33 
 
 		 878 aa  109  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.78 
 
 		 833 aa  108  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.22 
 
 		 840 aa  108  7.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  31.88 
 
 		 870 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.03 
 
 		 844 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  32.2 
 
 		 870 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  32.2 
 
 		 870 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.14 
 
 		 886 aa  105  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  31.71 
 
 		 870 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  33.5 
 
 		 870 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  34.05 
 
 		 888 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.42 
 
 		 876 aa  103  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  34.05 
 
 		 873 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0025  outer membrane usher protein FimD  34.05 
 
 		 888 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.028823  normal  0.118886 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0026  outer membrane usher protein FimD  34.05 
 
 		 888 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0026  outer membrane usher protein FimD  34.05 
 
 		 888 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0792355  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.82 
 
 		 838 aa  102  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.54 
 
 		 930 aa  101  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.65 
 
 		 877 aa  101  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  35.32 
 
 		 863 aa  100  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  35.32 
 
 		 838 aa  100  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  35.32 
 
 		 838 aa  100  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  35.32 
 
 		 838 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.32 
 
 		 838 aa  100  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  35.32 
 
 		 838 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.39 
 
 		 880 aa  99  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  30.92 
 
 		 869 aa  98.6  6e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.92 
 
 		 867 aa  98.6  6e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.92 
 
 		 869 aa  98.6  6e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  30.92 
 
 		 869 aa  98.6  6e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.5 
 
 		 851 aa  97.4  1e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.33 
 
 		 851 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  29.95 
 
 		 869 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  30.43 
 
 		 869 aa  95.9  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  32.04 
 
 		 839 aa  96.3  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0607  outer membrane usher protein fimD  30.43 
 
 		 869 aa  95.9  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0594926  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.87 
 
 		 837 aa  94.7  7e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  33.15 
 
 		 839 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0084  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.33 
 
 		 818 aa  92.4  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.64 
 
 		 963 aa  92.4  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  29.69 
 
 		 939 aa  90.1  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.22 
 
 		 861 aa  89  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3021  usher  32.72 
 
 		 868 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383508  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0209  putative outer membrane usher protein  29.82 
 
 		 865 aa  89  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  34.43 
 
 		 848 aa  89  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3974  putative outer membrane usher protein  27.88 
 
 		 866 aa  88.6  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.183336  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  33.33 
 
 		 848 aa  88.6  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  33.33 
 
 		 848 aa  88.6  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4723  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.29 
 
 		 844 aa  87.8  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.66956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  32.79 
 
 		 848 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.44 
 
 		 828 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  32.79 
 
 		 848 aa  85.5  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.76 
 
 		 856 aa  85.9  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  29.67 
 
 		 901 aa  85.9  4e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.67 
 
 		 901 aa  85.9  4e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  28.99 
 
 		 842 aa  85.1  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.82 
 
 		 884 aa  85.1  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  28.65 
 
 		 914 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.81 
 
 		 859 aa  85.1  8e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  28.43 
 
 		 842 aa  84.7  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.58 
 
 		 850 aa  84.3  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.61 
 
 		 851 aa  84.3  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  31.29 
 
 		 870 aa  84.3  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.29 
 
 		 870 aa  84.3  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  28.43 
 
 		 842 aa  84.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.99 
 
 		 831 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  28.12 
 
 		 913 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3292  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.83 
 
 		 835 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0249983 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  28.12 
 
 		 914 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2228  outer membrane usher protein fimD  32.56 
 
 		 837 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531557  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3520  putative outer membrane usher protein  30.5 
 
 		 866 aa  82.4  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.315338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.8 
 
 		 872 aa  82.4  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1455  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.54 
 
 		 841 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0886847 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0148  putative outer membrane usher protein  29.5 
 
 		 866 aa  82  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.234756  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>