More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3811 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.42 
 
 
844 aa  696    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  48.12 
 
 
828 aa  776    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  82.35 
 
 
852 aa  1425    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 
875 aa  1784    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  42.59 
 
 
839 aa  646    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  47.68 
 
 
851 aa  765    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  42.21 
 
 
839 aa  642    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0832  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  85.25 
 
 
853 aa  1479    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.646384  normal  0.17108 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 
875 aa  1784    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3292  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.51 
 
 
835 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0249983 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.39 
 
 
840 aa  497  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.82 
 
 
837 aa  486  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.38 
 
 
876 aa  487  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  34.66 
 
 
839 aa  486  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.99 
 
 
861 aa  485  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.47 
 
 
880 aa  481  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  33.94 
 
 
844 aa  478  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.711297 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.5 
 
 
866 aa  478  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.469528 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  35.04 
 
 
878 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  34.08 
 
 
840 aa  474  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  34.92 
 
 
863 aa  473  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  35.04 
 
 
878 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.88 
 
 
871 aa  471  1.0000000000000001e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  34.8 
 
 
856 aa  471  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  34.33 
 
 
878 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.92 
 
 
878 aa  469  9.999999999999999e-131  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.94 
 
 
901 aa  466  9.999999999999999e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.3 
 
 
963 aa  467  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  34.7 
 
 
901 aa  464  1e-129  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  36.08 
 
 
850 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  36.08 
 
 
833 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.04 
 
 
867 aa  460  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  35.84 
 
 
833 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  35.96 
 
 
833 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.99 
 
 
884 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  36.25 
 
 
851 aa  459  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.94 
 
 
886 aa  458  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.13 
 
 
1040 aa  456  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  33.95 
 
 
871 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  35.4 
 
 
809 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  35.4 
 
 
809 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  35.98 
 
 
842 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  35.4 
 
 
809 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  35.53 
 
 
809 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  35.98 
 
 
842 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  35.98 
 
 
842 aa  452  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.11 
 
 
872 aa  450  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  35.28 
 
 
809 aa  452  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.51 
 
 
850 aa  450  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.66 
 
 
877 aa  451  1e-125  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  35.38 
 
 
913 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  35.38 
 
 
914 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.23 
 
 
833 aa  444  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  34.14 
 
 
866 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.14 
 
 
866 aa  442  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  34.1 
 
 
866 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  35.13 
 
 
888 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  35.61 
 
 
939 aa  442  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  34.14 
 
 
866 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  35.08 
 
 
866 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  35.26 
 
 
914 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  35.46 
 
 
870 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0026  outer membrane usher protein FimD  35.13 
 
 
888 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0025  outer membrane usher protein FimD  35.01 
 
 
888 aa  438  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.028823  normal  0.118886 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.72 
 
 
852 aa  439  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  35.14 
 
 
870 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  34.02 
 
 
866 aa  437  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.81 
 
 
866 aa  437  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  35.14 
 
 
870 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  35.14 
 
 
870 aa  436  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0026  outer membrane usher protein FimD  35.01 
 
 
888 aa  439  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0792355  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  35.46 
 
 
870 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  35.01 
 
 
873 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  33.64 
 
 
838 aa  432  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  33.64 
 
 
838 aa  432  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  33.87 
 
 
866 aa  433  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.64 
 
 
838 aa  431  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.53 
 
 
838 aa  432  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  33.53 
 
 
838 aa  430  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  33.53 
 
 
863 aa  431  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  33.53 
 
 
838 aa  430  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.04 
 
 
930 aa  428  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.82 
 
 
851 aa  427  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2037  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.12 
 
 
837 aa  423  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.367837  normal  0.304513 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.76 
 
 
870 aa  423  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  32.76 
 
 
870 aa  424  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.68 
 
 
831 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.38 
 
 
851 aa  422  1e-116  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0169  fimbrial usher protein  32.47 
 
 
883 aa  417  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  33.69 
 
 
848 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.57 
 
 
856 aa  419  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.47 
 
 
883 aa  418  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.318083  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  33.92 
 
 
848 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  33.57 
 
 
848 aa  415  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  33.57 
 
 
848 aa  416  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.61 
 
 
867 aa  416  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2228  outer membrane usher protein fimD  33.09 
 
 
837 aa  415  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531557  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  33.53 
 
 
869 aa  413  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  33.69 
 
 
848 aa  416  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  33.77 
 
 
869 aa  414  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>