278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2235 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2235  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 		 819 aa  1653    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0323635 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  35.13 
 
 		 901 aa  503  1e-141  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.26 
 
 		 850 aa  504  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.5 
 
 		 867 aa  502  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.26 
 
 		 901 aa  504  1e-141  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.5 
 
 		 886 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.14 
 
 		 872 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.36 
 
 		 861 aa  494  9.999999999999999e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.61 
 
 		 851 aa  484  1e-135  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.11 
 
 		 1040 aa  478  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.11 
 
 		 866 aa  469  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.31 
 
 		 880 aa  465  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.35 
 
 		 852 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.41 
 
 		 870 aa  460  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  33.41 
 
 		 870 aa  460  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.97 
 
 		 866 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.05 
 
 		 852 aa  441  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.9 
 
 		 963 aa  436  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.27 
 
 		 856 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.35 
 
 		 884 aa  422  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3021  usher  32.63 
 
 		 868 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383508  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  31.7 
 
 		 939 aa  414  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  32.71 
 
 		 844 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  31.63 
 
 		 914 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  31.55 
 
 		 914 aa  414  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  31.42 
 
 		 913 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  32.15 
 
 		 872 aa  412  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.95 
 
 		 930 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1016  usher CupB3  31.84 
 
 		 842 aa  405  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.69 
 
 		 929 aa  399  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.52 
 
 		 883 aa  398  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.318083  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0169  fimbrial usher protein  30.52 
 
 		 883 aa  398  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0209  putative outer membrane usher protein  32.17 
 
 		 865 aa  396  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.86 
 
 		 887 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0501  fimbrial usher protein  30.17 
 
 		 875 aa  386  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.316711  decreased coverage  0.00141222 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3520  putative outer membrane usher protein  33.13 
 
 		 866 aa  385  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.315338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2295  fimbrial usher protein  30.69 
 
 		 829 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3974  putative outer membrane usher protein  34 
 
 		 866 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.183336  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2339  fimbrial usher protein  30.75 
 
 		 828 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.365526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  34.25 
 
 		 888 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2384  fimbrial usher protein  30.49 
 
 		 829 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0771751  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00138  predicted outer membrane usher protein  32.37 
 
 		 866 aa  376  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.242509  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0391  outer membrane fimbrial usher protein  30.81 
 
 		 853 aa  378  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0860729  normal  0.0225647 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2496  fimbrial usher protein  30.63 
 
 		 828 aa  379  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.775864 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0378  outer membrane fimbrial usher protein  30.81 
 
 		 853 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.383474  normal  0.14713 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2388  fimbrial usher protein  30.63 
 
 		 828 aa  379  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.769414 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0142  putative outer membrane usher protein  32.49 
 
 		 866 aa  379  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0236514  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0148  putative outer membrane usher protein  31.83 
 
 		 866 aa  373  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.234756  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3463  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.13 
 
 		 865 aa  375  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.93384  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0369  outer membrane fimbrial usher protein  30.81 
 
 		 853 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.590935 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00137  hypothetical protein  32 
 
 		 861 aa  376  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.206495  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0371  outer membrane fimbrial usher protein  30.81 
 
 		 853 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0431  outer membrane fimbrial usher protein  30.7 
 
 		 853 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000247284 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0150  putative outer membrane usher protein  32.92 
 
 		 866 aa  370  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0557898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3092  fimbrial usher protein  29.56 
 
 		 826 aa  364  3e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595563 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0168  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.15 
 
 		 864 aa  363  7.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1538  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.19 
 
 		 826 aa  361  3e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1548  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.78 
 
 		 826 aa  360  5e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.2778  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2245  fimbrial usher protein  28.9 
 
 		 826 aa  360  6e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.141315  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2399  fimbrial usher protein  28.9 
 
 		 826 aa  359  9e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.55 
 
 		 852 aa  359  9.999999999999999e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4155  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.07 
 
 		 836 aa  357  3.9999999999999996e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.37 
 
 		 876 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.46 
 
 		 844 aa  352  1e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0934  fimbrial usher protein  28.74 
 
 		 826 aa  352  1e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  29.26 
 
 		 870 aa  351  4e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  28.81 
 
 		 870 aa  347  4e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  29.14 
 
 		 870 aa  347  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1365  fimbrial usher protein  30.52 
 
 		 833 aa  347  5e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.347917  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  28.9 
 
 		 870 aa  346  8e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1477  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.52 
 
 		 890 aa  345  1e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.432789  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  29.02 
 
 		 870 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0300  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.14 
 
 		 850 aa  343  1e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.02 
 
 		 832 aa  341  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.81 
 
 		 875 aa  340  8e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.81 
 
 		 875 aa  340  8e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  29.85 
 
 		 839 aa  340  8e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  30.16 
 
 		 839 aa  339  9.999999999999999e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30 
 
 		 838 aa  338  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1534  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.99 
 
 		 880 aa  338  2.9999999999999997e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155889  normal  0.781332 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  30.54 
 
 		 844 aa  337  3.9999999999999995e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711297 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  30.59 
 
 		 838 aa  337  5e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  30.59 
 
 		 838 aa  337  5e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.31 
 
 		 871 aa  337  5.999999999999999e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  30.59 
 
 		 838 aa  337  5.999999999999999e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2165  fimbrial usher protein  29.29 
 
 		 854 aa  337  5.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.795647  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2108  fimbrial usher protein  29.29 
 
 		 854 aa  336  9e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0164187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.47 
 
 		 838 aa  336  9e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2274  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.29 
 
 		 863 aa  336  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0832  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.24 
 
 		 853 aa  336  1e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.646384  normal  0.17108 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  30.34 
 
 		 838 aa  335  1e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  29.63 
 
 		 863 aa  335  3e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.86 
 
 		 866 aa  334  4e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  29.81 
 
 		 866 aa  333  6e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  30.05 
 
 		 866 aa  333  6e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.55 
 
 		 837 aa  332  1e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  31.07 
 
 		 839 aa  332  2e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  27.74 
 
 		 863 aa  331  3e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  29.74 
 
 		 866 aa  331  4e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.2 
 
 		 851 aa  330  4e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>