295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2274 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0169  fimbrial usher protein  43.87 
 
 		 883 aa  702    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.76 
 
 		 883 aa  701    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.318083  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3021  usher  45.91 
 
 		 868 aa  710    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383508  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.58 
 
 		 887 aa  662    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  46.08 
 
 		 872 aa  709    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0501  fimbrial usher protein  43.53 
 
 		 875 aa  691    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.316711  decreased coverage  0.00141222 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2165  fimbrial usher protein  99.88 
 
 		 854 aa  1750    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.795647  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2274  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 		 863 aa  1771    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2108  fimbrial usher protein  99.65 
 
 		 854 aa  1746    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0164187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.3 
 
 		 929 aa  632  1e-180  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0168  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.8 
 
 		 864 aa  568  1e-160  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0300  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.76 
 
 		 850 aa  566  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0431  outer membrane fimbrial usher protein  39.37 
 
 		 853 aa  548  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000247284 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0371  outer membrane fimbrial usher protein  39.37 
 
 		 853 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0378  outer membrane fimbrial usher protein  39.49 
 
 		 853 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.383474  normal  0.14713 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0391  outer membrane fimbrial usher protein  39.37 
 
 		 853 aa  548  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0860729  normal  0.0225647 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0369  outer membrane fimbrial usher protein  39.26 
 
 		 853 aa  544  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.590935 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.26 
 
 		 866 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.44 
 
 		 850 aa  501  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.77 
 
 		 886 aa  502  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.74 
 
 		 901 aa  501  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.62 
 
 		 856 aa  497  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  35.74 
 
 		 901 aa  498  1e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.93 
 
 		 872 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.18 
 
 		 867 aa  493  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.04 
 
 		 930 aa  492  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.19 
 
 		 852 aa  486  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.53 
 
 		 861 aa  484  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.75 
 
 		 880 aa  481  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  35.04 
 
 		 870 aa  479  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.04 
 
 		 870 aa  479  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.22 
 
 		 1040 aa  474  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.31 
 
 		 852 aa  473  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  35.59 
 
 		 939 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.78 
 
 		 884 aa  464  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  35.28 
 
 		 914 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  35.28 
 
 		 914 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  35.28 
 
 		 913 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.67 
 
 		 866 aa  458  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.59 
 
 		 963 aa  446  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.09 
 
 		 851 aa  449  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1016  usher CupB3  34.18 
 
 		 842 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  32.29 
 
 		 844 aa  415  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1534  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.42 
 
 		 880 aa  392  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155889  normal  0.781332 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1365  fimbrial usher protein  29.83 
 
 		 833 aa  377  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.347917  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00138  predicted outer membrane usher protein  30.31 
 
 		 866 aa  375  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.242509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3463  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.77 
 
 		 865 aa  375  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.93384  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1477  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.71 
 
 		 890 aa  375  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.432789  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00137  hypothetical protein  30.31 
 
 		 861 aa  375  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.206495  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.78 
 
 		 871 aa  375  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0209  putative outer membrane usher protein  30.65 
 
 		 865 aa  372  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.14 
 
 		 844 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0142  putative outer membrane usher protein  30.31 
 
 		 866 aa  372  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0236514  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  30.59 
 
 		 870 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  30.72 
 
 		 870 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  30.72 
 
 		 870 aa  366  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.1 
 
 		 875 aa  365  2e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.1 
 
 		 875 aa  365  2e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  30.6 
 
 		 870 aa  365  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  30.6 
 
 		 870 aa  365  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  32.54 
 
 		 809 aa  362  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2384  fimbrial usher protein  31.56 
 
 		 829 aa  362  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0771751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  32.54 
 
 		 809 aa  362  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  32.54 
 
 		 809 aa  362  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.25 
 
 		 837 aa  362  2e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  32.54 
 
 		 809 aa  362  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3520  putative outer membrane usher protein  30.05 
 
 		 866 aa  361  3e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.315338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2295  fimbrial usher protein  31.56 
 
 		 829 aa  361  4e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3292  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.06 
 
 		 835 aa  360  7e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0249983 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  32.29 
 
 		 809 aa  358  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3092  fimbrial usher protein  29.99 
 
 		 826 aa  357  5e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595563 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2399  fimbrial usher protein  30.86 
 
 		 826 aa  357  5.999999999999999e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1538  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.98 
 
 		 826 aa  356  1e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  32.22 
 
 		 839 aa  355  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2245  fimbrial usher protein  30.98 
 
 		 826 aa  355  2e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.141315  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1548  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.98 
 
 		 826 aa  354  2.9999999999999997e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.2778  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.62 
 
 		 851 aa  354  5e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0150  putative outer membrane usher protein  29.61 
 
 		 866 aa  353  8.999999999999999e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0557898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0148  putative outer membrane usher protein  31.26 
 
 		 866 aa  353  1e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.234756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  31.31 
 
 		 844 aa  352  2e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711297 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0934  fimbrial usher protein  30.86 
 
 		 826 aa  351  3e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.73 
 
 		 876 aa  351  3e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  31.5 
 
 		 888 aa  351  4e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  29.36 
 
 		 878 aa  347  6e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.36 
 
 		 878 aa  347  6e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  29.36 
 
 		 878 aa  347  6e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  29.99 
 
 		 866 aa  347  7e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.99 
 
 		 866 aa  347  7e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  29.99 
 
 		 866 aa  347  7e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  30.1 
 
 		 866 aa  346  8.999999999999999e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3974  putative outer membrane usher protein  30.37 
 
 		 866 aa  346  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.183336  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.94 
 
 		 877 aa  346  1e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  30.7 
 
 		 839 aa  345  2e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  29.64 
 
 		 863 aa  345  2e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  30.69 
 
 		 871 aa  345  2e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  30.11 
 
 		 878 aa  345  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.82 
 
 		 833 aa  344  2.9999999999999997e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  31.48 
 
 		 842 aa  344  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  30.25 
 
 		 866 aa  344  4e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  31.48 
 
 		 842 aa  343  8e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>