196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_00021 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00021  putative usher protein  100 
 
 		 381 aa  785    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.102676  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00022  hypothetical protein  100 
 
 		 335 aa  689    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0910551  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2295  fimbrial usher protein  60.15 
 
 		 829 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2384  fimbrial usher protein  60.15 
 
 		 829 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0771751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3092  fimbrial usher protein  58.61 
 
 		 826 aa  491  9.999999999999999e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595563 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2399  fimbrial usher protein  58.1 
 
 		 826 aa  490  1e-137  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1548  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  57.84 
 
 		 826 aa  487  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.2778  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2245  fimbrial usher protein  57.58 
 
 		 826 aa  484  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.141315  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1538  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  57.84 
 
 		 826 aa  488  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0934  fimbrial usher protein  57.84 
 
 		 826 aa  483  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2388  fimbrial usher protein  48.59 
 
 		 828 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.769414 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2339  fimbrial usher protein  48.59 
 
 		 828 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.365526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2496  fimbrial usher protein  48.59 
 
 		 828 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.775864 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4155  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.45 
 
 		 836 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.49 
 
 		 861 aa  172  1e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1016  usher CupB3  28.57 
 
 		 842 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.14 
 
 		 851 aa  161  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  27.78 
 
 		 901 aa  161  2e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.78 
 
 		 901 aa  159  7e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.65 
 
 		 866 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2235  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.59 
 
 		 819 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0323635 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  27.11 
 
 		 844 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  27.62 
 
 		 870 aa  152  8e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.62 
 
 		 870 aa  152  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.34 
 
 		 929 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.75 
 
 		 850 aa  146  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.02 
 
 		 852 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.38 
 
 		 1040 aa  142  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0391  outer membrane fimbrial usher protein  27.34 
 
 		 853 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0860729  normal  0.0225647 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3021  usher  26.6 
 
 		 868 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383508  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0369  outer membrane fimbrial usher protein  27.09 
 
 		 853 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.590935 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0431  outer membrane fimbrial usher protein  27.09 
 
 		 853 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000247284 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0378  outer membrane fimbrial usher protein  27.09 
 
 		 853 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.383474  normal  0.14713 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0371  outer membrane fimbrial usher protein  27.09 
 
 		 853 aa  136  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.22 
 
 		 963 aa  136  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.86 
 
 		 867 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.84 
 
 		 887 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.3 
 
 		 872 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0142  putative outer membrane usher protein  30.3 
 
 		 866 aa  134  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0236514  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00138  predicted outer membrane usher protein  30.3 
 
 		 866 aa  133  5e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.242509  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00137  hypothetical protein  30.3 
 
 		 861 aa  133  5e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.206495  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3463  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.3 
 
 		 865 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.93384  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.5 
 
 		 880 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.6 
 
 		 866 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  27.3 
 
 		 872 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.93 
 
 		 852 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0209  putative outer membrane usher protein  27.04 
 
 		 865 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.14 
 
 		 886 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2228  outer membrane usher protein fimD  26.27 
 
 		 837 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531557  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  24.28 
 
 		 939 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0150  putative outer membrane usher protein  29 
 
 		 866 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0557898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0300  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.96 
 
 		 850 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3292  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.01 
 
 		 835 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0249983 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3520  putative outer membrane usher protein  27.84 
 
 		 866 aa  119  9e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.315338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  27.01 
 
 		 839 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  25.42 
 
 		 914 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  25.42 
 
 		 914 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  26.59 
 
 		 839 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  27.46 
 
 		 888 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4882  outer membrane fimbrial usher protein  26.42 
 
 		 814 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405826 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  25.14 
 
 		 913 aa  116  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2037  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.95 
 
 		 837 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.367837  normal  0.304513 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.13 
 
 		 883 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.318083  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0169  fimbrial usher protein  27.13 
 
 		 883 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  24.48 
 
 		 840 aa  114  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1365  fimbrial usher protein  26.87 
 
 		 833 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.347917  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2165  fimbrial usher protein  25.44 
 
 		 854 aa  114  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.795647  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1477  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.95 
 
 		 890 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.432789  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2274  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.44 
 
 		 863 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  23.97 
 
 		 839 aa  113  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2108  fimbrial usher protein  25.44 
 
 		 854 aa  113  5e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0164187  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.28 
 
 		 831 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0148  putative outer membrane usher protein  27.7 
 
 		 866 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.234756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.21 
 
 		 851 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0168  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.76 
 
 		 864 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.76 
 
 		 828 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.59 
 
 		 884 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  24.93 
 
 		 848 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  24.93 
 
 		 848 aa  110  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  24.93 
 
 		 848 aa  110  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0501  fimbrial usher protein  27.13 
 
 		 875 aa  110  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.316711  decreased coverage  0.00141222 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.55 
 
 		 875 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.42 
 
 		 876 aa  108  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.55 
 
 		 875 aa  108  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  24.66 
 
 		 848 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  24.38 
 
 		 848 aa  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.36 
 
 		 837 aa  106  8e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1534  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.81 
 
 		 880 aa  106  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155889  normal  0.781332 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.22 
 
 		 871 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.24 
 
 		 832 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2869  outer membrane usher protein  26.65 
 
 		 403 aa  102  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  22.75 
 
 		 878 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.75 
 
 		 878 aa  102  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  22.75 
 
 		 878 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  22.5 
 
 		 856 aa  101  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1455  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.22 
 
 		 841 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0886847 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3835  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.27 
 
 		 857 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.322059 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  22.5 
 
 		 863 aa  100  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  22.5 
 
 		 878 aa  99.4  9e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  24.75 
 
 		 870 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>