272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1679 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008062  Bcen_6324  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  76.49 
 
 
830 aa  1201    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.798758  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1679  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 
847 aa  1678    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  76.49 
 
 
830 aa  1201    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2406  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.16 
 
 
812 aa  459  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0491  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.41 
 
 
793 aa  405  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4479  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.15 
 
 
913 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.21 
 
 
783 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4894  fimbrial usher protein  29.88 
 
 
802 aa  355  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4928  fimbrial usher protein  29.76 
 
 
802 aa  353  5.9999999999999994e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4980  fimbrial usher protein  29.76 
 
 
802 aa  353  1e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1631  putative fimbrial usher protein  27.75 
 
 
855 aa  239  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121558  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0163  fimbrial usher family protein  27.96 
 
 
789 aa  239  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3870  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.75 
 
 
792 aa  206  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3782  fimbrial usher protein  24.75 
 
 
792 aa  206  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0670  fimbrial usher protein  24.75 
 
 
792 aa  205  3e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0189299  normal  0.787892 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  27.87 
 
 
914 aa  163  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  27.98 
 
 
914 aa  163  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  27.93 
 
 
913 aa  162  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2228  outer membrane usher protein fimD  25.91 
 
 
837 aa  160  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531557  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  27.59 
 
 
939 aa  159  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.8 
 
 
852 aa  154  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0832  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.41 
 
 
853 aa  150  8e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.646384  normal  0.17108 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  25 
 
 
839 aa  147  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.84 
 
 
844 aa  146  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2037  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.64 
 
 
837 aa  146  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.367837  normal  0.304513 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.58 
 
 
884 aa  145  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.91 
 
 
963 aa  137  8e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  24.54 
 
 
839 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  25.72 
 
 
850 aa  135  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0209  putative outer membrane usher protein  23.88 
 
 
865 aa  135  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747927  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.52 
 
 
875 aa  134  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.52 
 
 
875 aa  134  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  25.27 
 
 
833 aa  134  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  25.72 
 
 
833 aa  134  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.81 
 
 
851 aa  134  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  24.88 
 
 
839 aa  134  9e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.72 
 
 
930 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.42 
 
 
871 aa  132  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.92 
 
 
831 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  25.6 
 
 
833 aa  132  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.03 
 
 
886 aa  131  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.19 
 
 
866 aa  131  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0695  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.56 
 
 
826 aa  130  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0252  fimbrial usher protein  23.56 
 
 
826 aa  130  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00772695  hitchhiker  0.00000864074 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.71 
 
 
840 aa  130  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  25.25 
 
 
840 aa  128  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  23.65 
 
 
901 aa  127  6e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  23.84 
 
 
863 aa  127  7e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.61 
 
 
828 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.92 
 
 
861 aa  126  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.29 
 
 
837 aa  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.38 
 
 
901 aa  125  4e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.94 
 
 
867 aa  125  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0300  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.45 
 
 
850 aa  125  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  23.6 
 
 
838 aa  125  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  23.6 
 
 
838 aa  125  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.75 
 
 
832 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  21.87 
 
 
844 aa  124  6e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.711297 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.92 
 
 
838 aa  124  6e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.6 
 
 
838 aa  123  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0331  outer-membrane fimbrial usher protein  26.64 
 
 
836 aa  124  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  23.6 
 
 
838 aa  123  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.7 
 
 
880 aa  122  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  22.86 
 
 
871 aa  122  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0614  fimbrial usher protein  23.04 
 
 
826 aa  122  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  23.96 
 
 
838 aa  122  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3270  fimbrial usher protein  25.08 
 
 
881 aa  121  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.142463  normal  0.0139544 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3835  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.81 
 
 
857 aa  121  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.322059 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.26 
 
 
851 aa  121  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.52 
 
 
859 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3089  fimbrial usher protein  25.08 
 
 
881 aa  120  7.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.15 
 
 
872 aa  120  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.97 
 
 
856 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3172  fimbrial usher protein  25.08 
 
 
881 aa  120  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.287175  normal  0.39987 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3153  fimbrial usher protein  25.25 
 
 
881 aa  120  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.804519  normal  0.112503 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0825  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.46 
 
 
845 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0148  putative outer membrane usher protein  22.27 
 
 
866 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.234756  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0330  outer-membrane fimbrial usher protein  26.47 
 
 
836 aa  119  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.428849  normal  0.361792 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4146  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.66 
 
 
846 aa  118  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  26.39 
 
 
836 aa  118  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0185038 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.23 
 
 
852 aa  118  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  22.14 
 
 
888 aa  118  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1524  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.77 
 
 
828 aa  118  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  26.65 
 
 
836 aa  117  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.200021 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.01 
 
 
851 aa  117  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  25.31 
 
 
809 aa  117  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3520  putative outer membrane usher protein  21.77 
 
 
866 aa  117  8.999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.315338  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  25.31 
 
 
809 aa  117  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  25.29 
 
 
809 aa  117  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1547  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.65 
 
 
817 aa  117  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.160729  normal  0.526328 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2108  fimbrial usher protein  24.16 
 
 
854 aa  116  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0164187  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  25.17 
 
 
809 aa  116  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  25.15 
 
 
809 aa  116  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  23.87 
 
 
848 aa  116  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2165  fimbrial usher protein  24.16 
 
 
854 aa  114  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.795647  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.83 
 
 
870 aa  115  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2274  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.16 
 
 
863 aa  115  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  23.83 
 
 
870 aa  114  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1147  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.62 
 
 
828 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1627  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.62 
 
 
828 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>